More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0122 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  63.3 
 
 		 964 aa  1239    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 964 aa  1958    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  36.84 
 
 		 1047 aa  597  1e-169  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  36.27 
 
 		 1036 aa  563  1.0000000000000001e-159  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  32.92 
 
 		 882 aa  395  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  32.74 
 
 		 900 aa  390  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  32.38 
 
 		 887 aa  387  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  32.77 
 
 		 887 aa  385  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  31.52 
 
 		 881 aa  366  1e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  31.64 
 
 		 859 aa  353  1e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  30.97 
 
 		 869 aa  345  2e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  30.73 
 
 		 870 aa  345  2.9999999999999997e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  29.3 
 
 		 880 aa  338  3.9999999999999995e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  30.83 
 
 		 888 aa  330  8e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 874 aa  329  2.0000000000000001e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  30.94 
 
 		 874 aa  328  4.0000000000000003e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  29.43 
 
 		 878 aa  323  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  29.75 
 
 		 878 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  30.57 
 
 		 872 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  29.75 
 
 		 878 aa  322  3e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  30.16 
 
 		 927 aa  321  3.9999999999999996e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  29.65 
 
 		 878 aa  320  7e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  30.11 
 
 		 875 aa  315  1.9999999999999998e-84  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  29.76 
 
 		 892 aa  313  1e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  29.25 
 
 		 874 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  31.06 
 
 		 892 aa  307  7e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  28.98 
 
 		 845 aa  303  1e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  27.61 
 
 		 875 aa  288  4e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  27.96 
 
 		 868 aa  288  4e-76  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  27.81 
 
 		 868 aa  287  7e-76  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  29.04 
 
 		 926 aa  285  3.0000000000000004e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  28.38 
 
 		 951 aa  260  7e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  28.38 
 
 		 951 aa  259  2e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 		 951 aa  258  4e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  27.47 
 
 		 902 aa  245  1.9999999999999999e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  28.47 
 
 		 961 aa  236  2.0000000000000002e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 		 943 aa  226  1e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  27.06 
 
 		 978 aa  226  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  25.46 
 
 		 998 aa  224  6e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  25.46 
 
 		 998 aa  224  8e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  25.33 
 
 		 998 aa  223  9e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 		 915 aa  217  9.999999999999999e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  26.85 
 
 		 1006 aa  212  3e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 		 922 aa  207  5e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  25.57 
 
 		 934 aa  203  9.999999999999999e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  24.85 
 
 		 885 aa  194  5e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  25.85 
 
 		 908 aa  191  4e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1072  TonB-dependent receptor, plug  49.37 
 
 		 271 aa  191  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  24.95 
 
 		 924 aa  187  6e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 936 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  24.09 
 
 		 921 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  24.04 
 
 		 838 aa  184  8.000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 961 aa  184  9.000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  23.62 
 
 		 912 aa  182  4e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02198  TonB-dependent receptor  24.1 
 
 		 1048 aa  177  9e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.533301  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 938 aa  174  5e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  33.92 
 
 		 1097 aa  172  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  23.38 
 
 		 944 aa  169  2e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  35.03 
 
 		 1109 aa  169  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  36.27 
 
 		 894 aa  169  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01579  TonB-dependent receptor  35.92 
 
 		 889 aa  168  5e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.419044  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  34.82 
 
 		 967 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  24.37 
 
 		 959 aa  165  5.0000000000000005e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  31.08 
 
 		 934 aa  162  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  34.98 
 
 		 990 aa  162  3e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  24.23 
 
 		 946 aa  161  6e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  28.35 
 
 		 994 aa  160  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  33.92 
 
 		 958 aa  159  2e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  33.85 
 
 		 1011 aa  159  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  31.87 
 
 		 1074 aa  159  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  31.27 
 
 		 948 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  32.48 
 
 		 919 aa  154  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  32.7 
 
 		 982 aa  153  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  32.7 
 
 		 982 aa  153  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  33.66 
 
 		 1013 aa  152  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  35.49 
 
 		 1017 aa  151  5e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  23.96 
 
 		 1013 aa  151  6e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  34.68 
 
 		 968 aa  150  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  32.63 
 
 		 998 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  35.74 
 
 		 990 aa  149  4.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  32.3 
 
 		 998 aa  148  5e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  33.11 
 
 		 957 aa  147  1e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  36.03 
 
 		 914 aa  147  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  33 
 
 		 945 aa  146  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  36.21 
 
 		 1008 aa  145  3e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  32.14 
 
 		 836 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  29 
 
 		 987 aa  143  9.999999999999999e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  34.43 
 
 		 1035 aa  141  4.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  34.73 
 
 		 933 aa  141  7.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  35.23 
 
 		 936 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  33.88 
 
 		 993 aa  140  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  30.64 
 
 		 978 aa  138  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1843  TonB-dependent receptor  33.64 
 
 		 1083 aa  137  7.000000000000001e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  unclonable  0.0000000198025  decreased coverage  0.000327731 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  36.91 
 
 		 927 aa  135  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2137  TonB-dependent receptor  31.87 
 
 		 1013 aa  135  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  29.87 
 
 		 931 aa  135  3e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  33.56 
 
 		 1009 aa  135  3e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  32.48 
 
 		 984 aa  135  3.9999999999999996e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  31.17 
 
 		 939 aa  135  5e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  31.17 
 
 		 939 aa  135  5e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>