More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0092 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0092  ribosomal protein L11 methyltransferase  100 
 
 
292 aa  600  1.0000000000000001e-171  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03936  ribosomal protein L11 methyltransferase  72.26 
 
 
292 aa  439  9.999999999999999e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.165718  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0540  ribosomal protein L11 methyltransferase  64.85 
 
 
293 aa  398  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3845  ribosomal protein L11 methyltransferase  63.48 
 
 
295 aa  397  1e-109  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.393013  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3687  ribosomal protein L11 methyltransferase  63.14 
 
 
295 aa  395  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.768619  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0239  ribosomal protein L11 methyltransferase  60.75 
 
 
295 aa  387  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4421  ribosomal protein L11 methyltransferase  62.46 
 
 
293 aa  386  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00260494  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0243  ribosomal protein L11 methyltransferase  60.41 
 
 
295 aa  387  1e-106  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3214  methyltransferase of 50S ribosomal subunit protein L11  61.09 
 
 
311 aa  386  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.450631 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3442  ribosomal protein L11 methyltransferase  61.09 
 
 
293 aa  381  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.116345  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002195  ribosomal protein L11 methyltransferase  59.52 
 
 
295 aa  384  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00271176  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2687  ribosomal protein L11 methyltransferase  62.12 
 
 
295 aa  384  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000011349  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0395  ribosomal protein L11 methyltransferase  60.75 
 
 
293 aa  378  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0454  ribosomal protein L11 methyltransferase  61.09 
 
 
293 aa  379  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.281322  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3886  ribosomal protein L11 methyltransferase  60.75 
 
 
293 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.393855  hitchhiker  0.00000257617 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00173  ribosomal protein L11 methyltransferase  58.16 
 
 
295 aa  379  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0388  ribosomal protein L11 methyltransferase  61.09 
 
 
293 aa  379  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000022526  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2837  ribosomal protein L11 methyltransferase  59.18 
 
 
294 aa  379  1e-104  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.104112  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3963  ribosomal protein L11 methyltransferase  60.75 
 
 
293 aa  378  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00574631  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0401  ribosomal protein L11 methyltransferase  61.43 
 
 
293 aa  380  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0130632  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3624  ribosomal protein L11 methyltransferase  61.43 
 
 
293 aa  380  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000162524  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1210  ribosomal protein L11 methyltransferase  61.09 
 
 
306 aa  379  1e-104  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000191055  normal  0.886421 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0400  ribosomal protein L11 methyltransferase  61.43 
 
 
293 aa  380  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0151894  normal  0.0533338 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3938  ribosomal protein L11 methyltransferase  60.41 
 
 
293 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000797733  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4079  ribosomal protein L11 methyltransferase  60.41 
 
 
293 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0139274  normal  0.0416888 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0446  ribosomal protein L11 methyltransferase  59.73 
 
 
293 aa  372  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.119875  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0506  ribosomal protein L11 methyltransferase  58.02 
 
 
293 aa  362  4e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0662184  hitchhiker  0.00329443 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4117  ribosomal protein L11 methyltransferase  57 
 
 
293 aa  361  8e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0350894  hitchhiker  0.000425949 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0455  ribosomal protein L11 methyltransferase  57.34 
 
 
293 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000781607  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0331  ribosomal protein L11 methyltransferase  60.41 
 
 
293 aa  353  2e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0201798  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3646  ribosomal protein L11 methyltransferase  61.43 
 
 
293 aa  352  2.9999999999999997e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.135295  decreased coverage  0.000138763 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0566  ribosomal protein L11 methyltransferase  54.98 
 
 
296 aa  352  2.9999999999999997e-96  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0178303  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3681  ribosomal protein L11 methyltransferase  61.09 
 
 
293 aa  352  5e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.463059  normal  0.132587 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3575  ribosomal protein L11 methyltransferase  61.09 
 
 
293 aa  352  5e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.12838  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3574  ribosomal protein L11 methyltransferase  61.09 
 
 
293 aa  352  5e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00265065  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3743  ribosomal protein L11 methyltransferase  60.41 
 
 
293 aa  350  1e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.324261  normal  0.113519 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03117  ribosomal protein L11 methyltransferase  61.09 
 
 
293 aa  350  2e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.491501  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0447  ribosomal protein L11 methyltransferase  61.09 
 
 
293 aa  350  2e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00106973  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03068  hypothetical protein  61.09 
 
 
293 aa  350  2e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3554  ribosomal protein L11 methyltransferase  61.09 
 
 
293 aa  350  2e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000257294  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3451  ribosomal protein L11 methyltransferase  61.09 
 
 
293 aa  350  2e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000753069  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3642  ribosomal protein L11 methyltransferase  61.09 
 
 
293 aa  350  2e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000842217  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4576  ribosomal protein L11 methyltransferase  61.09 
 
 
293 aa  350  2e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000190936  normal  0.106325 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0447  ribosomal protein L11 methyltransferase  61.09 
 
 
293 aa  350  2e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0137973  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3743  ribosomal protein L11 methyltransferase  61.09 
 
 
293 aa  350  2e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000451998  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0391  ribosomal protein L11 methyltransferase  58.7 
 
 
293 aa  345  4e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000998179  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3697  ribosomal protein L11 methyltransferase  60.41 
 
 
293 aa  345  4e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3224  ribosomal protein L11 methyltransferase  55.63 
 
 
295 aa  332  3e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.105508  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2983  ribosomal protein L11 methyltransferase  52.38 
 
 
296 aa  318  5e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.599101  normal  0.251528 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4693  ribosomal protein L11 methyltransferase  52.72 
 
 
292 aa  295  7e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4818  ribosomal protein L11 methyltransferase  52.38 
 
 
292 aa  293  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.983059  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4608  ribosomal protein L11 methyltransferase  52.04 
 
 
292 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.393114  normal  0.0610739 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4871  ribosomal protein L11 methyltransferase  52.04 
 
 
292 aa  291  6e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0712  ribosomal protein L11 methyltransferase  52.38 
 
 
292 aa  287  2e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0617  ribosomal protein L11 methyltransferase  52.04 
 
 
292 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00809563  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2286  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  49.49 
 
 
299 aa  285  5.999999999999999e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64140  ribosomal protein L11 methyltransferase  52.04 
 
 
294 aa  285  7e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.258424  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4862  ribosomal protein L11 methyltransferase  51.7 
 
 
292 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.656873  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5570  ribosomal protein L11 methyltransferase  51.7 
 
 
294 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.626004  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3446  ribosomal protein L11 methyltransferase  51.01 
 
 
298 aa  278  7e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4402  ribosomal protein L11 methyltransferase  50.34 
 
 
292 aa  277  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1050  ribosomal protein L11 methyltransferase  46.08 
 
 
292 aa  274  1.0000000000000001e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00582001  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0367  ribosomal protein L11 methyltransferase  46.21 
 
 
290 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06940  ribosomal protein L11 methyltransferase  50.68 
 
 
292 aa  273  3e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.174775  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0442  ribosomal protein L11 methyltransferase  47.3 
 
 
294 aa  270  2e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0810  ribosomal protein L11 methyltransferase  46.26 
 
 
292 aa  265  5e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1047  ribosomal protein L11 methyltransferase  46.46 
 
 
293 aa  249  3e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0527  ribosomal protein L11 methyltransferase  45.59 
 
 
289 aa  237  2e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0503  ribosomal protein L11 methyltransferase  45.59 
 
 
289 aa  236  5.0000000000000005e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1622  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.04 
 
 
307 aa  232  6e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174777  unclonable  0.000000000413669 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0608  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  44.07 
 
 
294 aa  229  4e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217984  hitchhiker  0.0000000198415 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1470  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.14 
 
 
308 aa  226  4e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.456616  unclonable  0.00000118267 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1648  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.36 
 
 
308 aa  223  3e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.411566  hitchhiker  0.000715669 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2751  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.98 
 
 
304 aa  222  4.9999999999999996e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0180  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.94 
 
 
296 aa  216  4e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0841101 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0023  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  41.14 
 
 
295 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1372  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.55 
 
 
303 aa  213  1.9999999999999998e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.71577  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03000  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.77 
 
 
301 aa  211  1e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3066  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.93 
 
 
304 aa  211  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3428  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.13 
 
 
300 aa  207  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.244966  normal  0.0610073 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0228  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.58 
 
 
328 aa  207  1e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00278387  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3686  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.46 
 
 
300 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0572  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.79 
 
 
300 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000573675 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2781  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.13 
 
 
300 aa  205  9e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2631  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.46 
 
 
300 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0120  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.46 
 
 
300 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0603  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.46 
 
 
300 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0529  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.21 
 
 
300 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.579214  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0505  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.21 
 
 
300 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2003  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.12 
 
 
293 aa  202  5e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.221022  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0530  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.79 
 
 
300 aa  201  8e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.982055  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3937  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.6 
 
 
296 aa  201  9.999999999999999e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0015501  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2623  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.49 
 
 
298 aa  198  7.999999999999999e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.906319 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3033  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.49 
 
 
298 aa  198  7.999999999999999e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2867  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.67 
 
 
297 aa  198  9e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712304  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3281  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.46 
 
 
300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3502  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.46 
 
 
300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1283  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.46 
 
 
300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0424  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.46 
 
 
300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3505  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.12 
 
 
302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>