More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0082 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0082  two-component response regulator  100 
 
 		 235 aa  473  1e-132  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00276  two-component response regulator  91.88 
 
 		 235 aa  439  9.999999999999999e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2558  two-component response regulator  69.62 
 
 		 239 aa  341  5e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00933  two-component response regulator  68.78 
 
 		 238 aa  332  2e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004461  aerobic respiration control protein ArcA  67.51 
 
 		 238 aa  333  2e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000105121  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0570  two-component response regulator  67.93 
 
 		 238 aa  332  2e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.275144  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0562  two-component response regulator  68.38 
 
 		 238 aa  332  3e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0531  two-component response regulator  67.51 
 
 		 238 aa  332  4e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4949  two-component response regulator  67.51 
 
 		 238 aa  332  4e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3865  two-component response regulator  67.93 
 
 		 238 aa  332  4e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000288449  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04277  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ArcB or CpxA  67.51 
 
 		 238 aa  331  5e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.896117  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3596  two component transcriptional regulator, winged helix family  67.51 
 
 		 238 aa  331  5e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.895542  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4637  two-component response regulator  67.51 
 
 		 238 aa  331  5e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0297029  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04242  hypothetical protein  67.51 
 
 		 238 aa  331  5e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.889846  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5916  two-component response regulator  67.51 
 
 		 238 aa  331  5e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.284367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5008  two-component response regulator  68.38 
 
 		 238 aa  331  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.80206 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5012  two-component response regulator  68.38 
 
 		 238 aa  331  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0537303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4952  two-component response regulator  67.51 
 
 		 238 aa  331  5e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.198521  normal  0.89803 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4849  two-component response regulator  68.38 
 
 		 238 aa  331  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0271183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5000  two-component response regulator  67.51 
 
 		 238 aa  331  5e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4922  two-component response regulator  68.38 
 
 		 238 aa  331  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000490343  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4956  two-component response regulator  68.38 
 
 		 238 aa  331  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.211871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3655  two-component response regulator  67.51 
 
 		 238 aa  331  5e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0733  two-component response regulator  67.51 
 
 		 238 aa  330  1e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.318798  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1947  two-component response regulator  67.51 
 
 		 238 aa  330  1e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000743409  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3671  two-component response regulator  67.51 
 
 		 238 aa  330  1e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2984  two-component response regulator  67.65 
 
 		 238 aa  330  2e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0811  two-component response regulator  67.09 
 
 		 238 aa  329  3e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3606  two-component response regulator  67.09 
 
 		 238 aa  329  3e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.40472  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3762  two-component response regulator  67.51 
 
 		 239 aa  328  4e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0487627  decreased coverage  0.0000265862 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0815  two-component response regulator  67.51 
 
 		 239 aa  328  4e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000717024  decreased coverage  0.00000744043 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0777  two-component response regulator  67.93 
 
 		 239 aa  328  5.0000000000000004e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000399592  decreased coverage  0.000157294 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0601  two-component response regulator  66.95 
 
 		 238 aa  327  7e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000457476  normal  0.0622951 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0681  two-component response regulator  67.51 
 
 		 238 aa  327  7e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000276194  normal  0.238426 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0533  two-component response regulator  67.23 
 
 		 238 aa  327  9e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3478  two-component response regulator  66.67 
 
 		 238 aa  327  1.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3660  two-component response regulator  67.51 
 
 		 238 aa  325  4.0000000000000003e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0335884  decreased coverage  0.0000000000814721 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3988  two-component response regulator  67.51 
 
 		 238 aa  325  4.0000000000000003e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3842  two-component response regulator  67.51 
 
 		 238 aa  325  4.0000000000000003e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000808868  hitchhiker  0.0000962447 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3719  two-component response regulator  67.51 
 
 		 238 aa  325  4.0000000000000003e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000224737  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0651  two-component response regulator  67.51 
 
 		 238 aa  325  4.0000000000000003e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000404261  normal  0.0778781 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3371  two-component response regulator  67.51 
 
 		 238 aa  325  4.0000000000000003e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000464227  hitchhiker  0.00803379 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0650  two-component response regulator  67.51 
 
 		 238 aa  325  4.0000000000000003e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000223196  hitchhiker  0.00939579 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0678  two-component response regulator  67.51 
 
 		 238 aa  325  4.0000000000000003e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000157437  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1195  two-component response regulator  68.49 
 
 		 238 aa  324  6e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0786  two-component response regulator  67.09 
 
 		 238 aa  322  2e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00613295  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0713  two-component response regulator  65.68 
 
 		 238 aa  318  3.9999999999999996e-86  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4496  two-component response regulator  65.81 
 
 		 233 aa  304  7e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2983  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.15 
 
 		 242 aa  217  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000906081  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1282  two component transcriptional regulator  45.26 
 
 		 249 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1985  DNA-binding transcriptional regulator TorR  44.83 
 
 		 232 aa  204  8e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.156357  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01583  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.04 
 
 		 237 aa  202  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3347  DNA-binding transcriptional regulator TorR  44.73 
 
 		 236 aa  202  4e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000384276  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1150  DNA-binding transcriptional regulator TorR  45.23 
 
 		 236 aa  202  4e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.202106 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1228  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.85 
 
 		 236 aa  201  7e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1322  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.04 
 
 		 234 aa  201  8e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000612091  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3356  DNA-binding transcriptional regulator TorR  44.81 
 
 		 236 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3217  DNA-binding transcriptional regulator TorR  44.81 
 
 		 236 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3730  winged helix family two component transcriptional regulator  41.95 
 
 		 238 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3217  DNA-binding transcriptional regulator TorR  44.81 
 
 		 236 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3367  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.75 
 
 		 236 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003939  TorCAD operon transcriptional regulatory protein TorR  42.8 
 
 		 236 aa  199  1.9999999999999998e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0753413  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2176  two component transcriptional regulator  41.95 
 
 		 238 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2033  two component transcriptional regulator  41.95 
 
 		 238 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.649752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2803  DNA-binding transcriptional regulator TorR  44.26 
 
 		 241 aa  199  3e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131566 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1990  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.75 
 
 		 241 aa  199  3e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.697946  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1112  DNA-binding transcriptional regulator TorR  44.08 
 
 		 236 aa  194  9e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1051  DNA-binding transcriptional regulator TorR  44.08 
 
 		 236 aa  194  9e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.44318 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1047  DNA-binding transcriptional regulator TorR  44.08 
 
 		 236 aa  193  2e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.499715  normal  0.229032 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0983  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.33 
 
 		 236 aa  193  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.291581 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2052  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.67 
 
 		 242 aa  192  3e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.293024  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65880  putative two-component response regulator  41.25 
 
 		 244 aa  192  5e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0780512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1874  two component transcriptional regulator  44.16 
 
 		 235 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1828  DNA-binding transcriptional regulator TorR  41.42 
 
 		 240 aa  190  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3045  two component transcriptional regulator  42.48 
 
 		 232 aa  190  2e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3772  two component transcriptional regulator  42.48 
 
 		 232 aa  190  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5717  putative two-component response regulator  41.25 
 
 		 245 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3534  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.78 
 
 		 243 aa  189  4e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.176306 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2473  DNA-binding response regulator  41.3 
 
 		 242 aa  186  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3241  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.05 
 
 		 237 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00998  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with TorS  41.81 
 
 		 230 aa  181  7e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2647  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.81 
 
 		 230 aa  181  7e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.149157  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2600  DNA-binding transcriptional regulator TorR  41.81 
 
 		 230 aa  181  7e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.394206 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01005  hypothetical protein  41.81 
 
 		 230 aa  181  7e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.89 
 
 		 236 aa  181  7e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1106  DNA-binding transcriptional regulator TorR  41.81 
 
 		 230 aa  181  7e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2130  DNA-binding transcriptional regulator TorR  41.81 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1230  DNA-binding transcriptional regulator TorR  41.81 
 
 		 230 aa  179  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1111  DNA-binding transcriptional regulator TorR  41.81 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.108936  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2320  DNA-binding transcriptional regulator TorR  41.81 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.369642  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4156  DNA-binding transcriptional regulator TorR  40.17 
 
 		 242 aa  176  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  40.26 
 
 		 251 aa  176  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4035  DNA-binding transcriptional regulator TorR  40.17 
 
 		 242 aa  176  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4107  DNA-binding transcriptional regulator TorR  40.17 
 
 		 242 aa  176  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4214  DNA-binding transcriptional regulator TorR  40.17 
 
 		 242 aa  176  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4052  DNA-binding transcriptional regulator TorR  40.17 
 
 		 242 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0545  two component transcriptional regulator  39.57 
 
 		 250 aa  175  5e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0200  two component transcriptional regulator  39.21 
 
 		 243 aa  175  6e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.04 
 
 		 240 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2279  two component transcriptional regulator  41.99 
 
 		 234 aa  172  3.9999999999999995e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.957974 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>