65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0073 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  100 
 
 
279 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  51.57 
 
 
279 aa  272  3e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  45.96 
 
 
282 aa  266  4e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  49.21 
 
 
302 aa  266  4e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  48.81 
 
 
304 aa  263  3e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  48.81 
 
 
302 aa  263  3e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  46.98 
 
 
317 aa  259  3e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  45.26 
 
 
311 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  48 
 
 
295 aa  254  1.0000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  48.21 
 
 
270 aa  251  1e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  45.63 
 
 
298 aa  250  2e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  47.83 
 
 
309 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  47.43 
 
 
315 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  47.04 
 
 
315 aa  247  1e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  46.31 
 
 
337 aa  247  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  43.88 
 
 
279 aa  246  3e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  44.56 
 
 
284 aa  246  4e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  45.77 
 
 
315 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  43.68 
 
 
298 aa  243  3e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  45.42 
 
 
279 aa  240  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  45.49 
 
 
309 aa  240  2e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  45.36 
 
 
292 aa  240  2e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  45.49 
 
 
306 aa  240  2e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  45.45 
 
 
282 aa  239  5e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  46.59 
 
 
281 aa  236  4e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  44.36 
 
 
306 aa  233  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  45.1 
 
 
295 aa  231  7.000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  41.84 
 
 
291 aa  228  7e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  44.05 
 
 
290 aa  227  1e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  44.75 
 
 
303 aa  223  2e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  42.28 
 
 
283 aa  222  4e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  42.32 
 
 
272 aa  221  9.999999999999999e-57  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000250691  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  43.55 
 
 
288 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  40.48 
 
 
281 aa  219  3.9999999999999997e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  42.46 
 
 
375 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  40.23 
 
 
271 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  42.46 
 
 
326 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  44.18 
 
 
312 aa  211  2e-53  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  44.92 
 
 
282 aa  209  4e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  43.51 
 
 
302 aa  204  1e-51  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  41.11 
 
 
272 aa  203  2e-51  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  38.1 
 
 
275 aa  203  2e-51  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  38.77 
 
 
269 aa  198  1.0000000000000001e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  39.2 
 
 
266 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  35.59 
 
 
282 aa  186  4e-46  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  35.94 
 
 
282 aa  186  4e-46  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000183031  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  38 
 
 
275 aa  183  3e-45  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  34.52 
 
 
282 aa  179  4.999999999999999e-44  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  26.21 
 
 
831 aa  52.8  0.000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1534  DNA ligase, ATP-dependent  27 
 
 
432 aa  50.4  0.00003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120841  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  27.47 
 
 
864 aa  50.1  0.00005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  28.44 
 
 
412 aa  49.7  0.00006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  23.62 
 
 
306 aa  49.3  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE00160  expressed protein  26.42 
 
 
674 aa  49.3  0.00007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.377444  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  37.21 
 
 
845 aa  49.3  0.00008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_56005  predicted protein  23.96 
 
 
719 aa  48.5  0.0001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.410085 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  27.52 
 
 
437 aa  47.4  0.0003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  27.52 
 
 
437 aa  47  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  26.58 
 
 
828 aa  46.6  0.0004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  28.17 
 
 
530 aa  46.6  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  25.69 
 
 
437 aa  45.8  0.0007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  27.23 
 
 
901 aa  45.8  0.0008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0798  ATP-dependent DNA ligase  24.81 
 
 
648 aa  43.9  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109452  normal  0.0163574 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  25.32 
 
 
843 aa  43.1  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  26.33 
 
 
358 aa  43.1  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>