108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0066 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0066  chorismate lyase  100 
 
 		 192 aa  402  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.540538  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00071  hypothetical chorismate pyruvate lyase  43.01 
 
 		 189 aa  155  2e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0126  chorismate lyase  39.04 
 
 		 186 aa  108  6e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4229  chorismate lyase  36.22 
 
 		 187 aa  107  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0125  chorismate lyase  36.22 
 
 		 187 aa  107  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0130  chorismate lyase  36.22 
 
 		 191 aa  107  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0129  Chorismate lyase  36.22 
 
 		 187 aa  107  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0126  chorismate lyase  36.79 
 
 		 190 aa  106  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000642839 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4826  chorismate lyase  34.22 
 
 		 186 aa  106  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0131  chorismate pyruvate lyase  36.17 
 
 		 189 aa  105  5e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0120  chorismate lyase  35.64 
 
 		 189 aa  105  6e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126883 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0125  chorismate lyase  35.83 
 
 		 187 aa  103  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.145702  decreased coverage  0.0000000241246 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0125  putative chorismate--pyruvate lyase  35.87 
 
 		 191 aa  102  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4431  chorismate lyase  33.69 
 
 		 187 aa  101  8e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000175928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3623  putative chorismate--pyruvate lyase  33.84 
 
 		 187 aa  98.6  5e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.146311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0095  chorismate lyase  36.6 
 
 		 189 aa  97.8  9e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.179441  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3743  chorismate lyase  32.26 
 
 		 188 aa  95.9  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.219217  hitchhiker  0.000343394 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0729  chorismate pyruvate lyase  30.73 
 
 		 177 aa  92.4  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4148  chorismate lyase  33.69 
 
 		 185 aa  91.7  6e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2420  chorismate--pyruvate lyase  32.28 
 
 		 183 aa  90.9  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.27443  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0510  chorismate pyruvate lyase  29.59 
 
 		 177 aa  89.7  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0048  chorismate lyase  32.51 
 
 		 204 aa  89.7  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6134  hypothetical protein  35.84 
 
 		 178 aa  88.6  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4410  chorismate lyase  38.12 
 
 		 183 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0608691 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002145  chorismate--pyruvate lyase  31.55 
 
 		 179 aa  85.5  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.256754  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0464  chorismate lyase  34.15 
 
 		 187 aa  85.1  5e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70720  hypothetical protein  34.66 
 
 		 178 aa  85.1  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48500  Chorismate lyase  36.99 
 
 		 183 aa  85.5  5e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00273  chorismate lyase  32.45 
 
 		 179 aa  84.7  7e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5603  chorismate lyase  35.26 
 
 		 183 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0157  chorismate lyase  37.91 
 
 		 185 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.426591 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0823  Chorismate lyase  34.18 
 
 		 197 aa  79.7  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2780  hypothetical protein  32.54 
 
 		 176 aa  79  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.176082 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5225  chorismate lyase  37.91 
 
 		 185 aa  79  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.318873 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5317  chorismate lyase  37.91 
 
 		 185 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0226154 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5364  chorismate lyase  37.82 
 
 		 185 aa  78.6  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.327053 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3468  chorismate lyase  31.61 
 
 		 186 aa  77  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.959595 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3024  Chorismate lyase  33.94 
 
 		 192 aa  76.3  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2614  Chorismate lyase  33.94 
 
 		 192 aa  75.5  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.815616 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3058  chorismate lyase  35.67 
 
 		 220 aa  75.1  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0224011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0966  chorismate lyase  30.06 
 
 		 198 aa  74.7  0.0000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0938345  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1335  chorismate--pyruvate lyase, putative  33.54 
 
 		 162 aa  74.3  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5030  chorismate lyase  34.76 
 
 		 186 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.328849 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3594  chorismate lyase  32.53 
 
 		 188 aa  73.2  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4464  chorismate pyruvate lyase  31.1 
 
 		 174 aa  73.6  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3402  Chorismate lyase  32.32 
 
 		 171 aa  73.2  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.750194  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0053  chorismate lyase  33.93 
 
 		 178 aa  72  0.000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.147887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0150  chorismate lyase  33.12 
 
 		 167 aa  72  0.000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5475  chorismate-pyruvate lyase, putative  36.13 
 
 		 186 aa  71.6  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0971  chorismate pyruvate lyase  27.72 
 
 		 171 aa  70.9  0.00000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00931015  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3774  chorismate pyruvate lyase  25.53 
 
 		 174 aa  70.9  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0678  chorismate pyruvate lyase  25.53 
 
 		 174 aa  70.9  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3864  chorismate pyruvate lyase  25.53 
 
 		 174 aa  70.9  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3528  Chorismate lyase  31.9 
 
 		 171 aa  69.7  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2859  chorismate lyase  31.93 
 
 		 194 aa  67  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0710  chorismate lyase  31.61 
 
 		 185 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00949148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2612  chorismate lyase  32.7 
 
 		 180 aa  67  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2439  chorismate lyase  29.34 
 
 		 182 aa  66.6  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.147403 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3015  chorismate lyase  29.67 
 
 		 197 aa  66.2  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651165  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2896  chorismate--pyruvate lyase  28.19 
 
 		 190 aa  65.5  0.0000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0243  chorismate pyruvate lyase  26.75 
 
 		 165 aa  64.3  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2154  chorismate lyase  28.07 
 
 		 185 aa  63.5  0.000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4576  chorismate pyruvate lyase  27.95 
 
 		 165 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.464602  normal  0.0352552 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4575  chorismate pyruvate lyase  27.95 
 
 		 165 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4490  chorismate pyruvate lyase  27.95 
 
 		 165 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.232618  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4627  chorismate pyruvate lyase  27.95 
 
 		 165 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.270664 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1215  chorismate lyase superfamily protein  36.36 
 
 		 184 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4425  chorismate pyruvate lyase  27.95 
 
 		 165 aa  62.8  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000100423 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0141  putative chorismate--pyruvate lyase  27.75 
 
 		 185 aa  62  0.000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.52164  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0658  chorismate lyase  27.98 
 
 		 191 aa  61.6  0.000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2049  chorismate--pyruvate lyase  27.75 
 
 		 185 aa  61.2  0.000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03911  chorismate pyruvate lyase  24.85 
 
 		 165 aa  57.8  0.00000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3954  Chorismate lyase  24.85 
 
 		 165 aa  57.8  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03871  hypothetical protein  24.85 
 
 		 165 aa  57.8  0.00000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.835565  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4279  chorismate pyruvate lyase  24.85 
 
 		 165 aa  57.8  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4592  chorismate pyruvate lyase  24.85 
 
 		 165 aa  57.8  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.65475  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3989  chorismate pyruvate lyase  24.85 
 
 		 165 aa  57.8  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.342551 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4501  chorismate pyruvate lyase  24.85 
 
 		 165 aa  57.8  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4558  chorismate pyruvate lyase  24.85 
 
 		 165 aa  57.8  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5520  chorismate pyruvate lyase  25.15 
 
 		 165 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.272447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3251  chorismate lyase  29.41 
 
 		 183 aa  54.3  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0317  chorismate lyase  27.98 
 
 		 168 aa  54.3  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1946  chorismate lyase family protein  28.14 
 
 		 197 aa  53.1  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.201779  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3252  chorismate lyase  28.66 
 
 		 176 aa  53.1  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000207582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1319  chorismate lyase family protein  28.14 
 
 		 200 aa  53.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0956  chorismate lyase family protein  28.36 
 
 		 200 aa  53.5  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.102377  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1006  chorismate lyase family protein  28.14 
 
 		 200 aa  53.1  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.998133  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0858  chorismate lyase family protein  28.14 
 
 		 201 aa  53.1  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0290  chorismate lyase family protein  28.14 
 
 		 200 aa  53.1  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1159  chorismate--pyruvate lyase  28.14 
 
 		 197 aa  51.6  0.000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1168  chorismate--pyruvate lyase  28.14 
 
 		 200 aa  51.6  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3325  chorismate lyase  29.94 
 
 		 227 aa  51.6  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2084  chorismate lyase  29.56 
 
 		 169 aa  51.2  0.000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.133367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1221  Chorismate lyase  30.19 
 
 		 227 aa  48.5  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0745  Chorismate lyase  27.78 
 
 		 194 aa  48.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00315898  hitchhiker  0.0000132402 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0593  chorismate lyase family protein  27.78 
 
 		 170 aa  48.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0933  chorismate lyase  28.57 
 
 		 204 aa  47  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0289  chorismate lyase  25.3 
 
 		 168 aa  45.8  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4398  chorismate lyase  25.43 
 
 		 186 aa  46.6  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1734  chorismate lyase  27.98 
 
 		 198 aa  45.1  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>