165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0064 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0064  rhomboid-like protein  100 
 
 		 292 aa  592  1e-168  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00069  putative glpG protein  52.65 
 
 		 287 aa  277  1e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0123  putative glpG protein  47.32 
 
 		 295 aa  230  3e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3712  rhomboid family protein  41.99 
 
 		 278 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00085785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2898  integral membrane protein  38.68 
 
 		 279 aa  194  1e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.345638  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002143  protein GlpG  41.55 
 
 		 280 aa  191  8e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00412305  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0098  rhomboid family protein  39.72 
 
 		 278 aa  191  9e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.351068  hitchhiker  0.00489186 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0062  rhomboid family protein  40.57 
 
 		 278 aa  188  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.015636  hitchhiker  0.000000313005 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3467  membrane serine peptidase  38.79 
 
 		 280 aa  187  2e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.97939 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00275  peptidase  40.07 
 
 		 280 aa  186  5e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3941  rhomboid family protein  37.72 
 
 		 283 aa  183  3e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000502611  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3904  rhomboid family protein  37.37 
 
 		 281 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00422303  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3995  rhomboid family protein  38.43 
 
 		 280 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.0215487 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3903  rhomboid family protein  37.72 
 
 		 280 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000174103  normal  0.392188 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0104  rhomboid family protein  36.65 
 
 		 279 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.465909  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4107  rhomboid family protein  37.72 
 
 		 280 aa  178  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000304779  normal  0.532773 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3618  rhomboid-like protein  36.14 
 
 		 280 aa  177  2e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000228786  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4671  glpG protein  37.91 
 
 		 280 aa  175  6e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0055  rhomboid family protein  36.69 
 
 		 281 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000850289  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4483  rhomboid family protein  36.69 
 
 		 281 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0141048  hitchhiker  0.00806857 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4288  Rhomboid family protein  36.69 
 
 		 281 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0527453  hitchhiker  0.00000054615 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2417  glpG protein  37.63 
 
 		 277 aa  172  5e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140187  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4343  rhomboid family protein  35.97 
 
 		 281 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000172668  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3996  intramembrane serine protease GlpG  34.86 
 
 		 278 aa  166  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0158  intramembrane serine protease GlpG  34.86 
 
 		 278 aa  166  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0095  glpG protein  37.92 
 
 		 276 aa  166  5e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000920194  normal  0.0164253 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4639  intramembrane serine protease GlpG  35.4 
 
 		 278 aa  162  5.0000000000000005e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3756  intramembrane serine protease GlpG  36.26 
 
 		 259 aa  162  6e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3900  intramembrane serine protease GlpG  34.92 
 
 		 276 aa  160  3e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3930  intramembrane serine protease GlpG  34.86 
 
 		 277 aa  159  6e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03275  predicted intramembrane serine protease  34.58 
 
 		 276 aa  159  7e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.989873  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0290  Rhomboid family protein  34.58 
 
 		 276 aa  159  7e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3791  intramembrane serine protease GlpG  36.36 
 
 		 274 aa  159  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.666891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3704  intramembrane serine protease GlpG  34.58 
 
 		 276 aa  159  7e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.144478 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4732  intramembrane serine protease GlpG  34.58 
 
 		 276 aa  159  7e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03227  hypothetical protein  34.58 
 
 		 276 aa  159  7e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3621  intramembrane serine protease GlpG  34.58 
 
 		 276 aa  159  7e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0290  intramembrane serine protease GlpG  34.58 
 
 		 276 aa  159  7e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4123  intramembrane serine protease GlpG  34.84 
 
 		 277 aa  159  8e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3832  intramembrane serine protease GlpG  36.36 
 
 		 276 aa  158  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.555662 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3894  intramembrane serine protease GlpG  36.36 
 
 		 276 aa  158  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.478877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3716  intramembrane serine protease GlpG  36.36 
 
 		 276 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3833  intramembrane serine protease GlpG  34.68 
 
 		 276 aa  158  1e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.286062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3725  intramembrane serine protease GlpG  36.36 
 
 		 274 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3806  intramembrane serine protease GlpG  34.58 
 
 		 276 aa  158  1e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0312  intramembrane serine protease GlpG  34.93 
 
 		 274 aa  152  8e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.984732  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0230  intramembrane serine protease GlpG  36.43 
 
 		 280 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.838462  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2164  rhomboid family protein  38.32 
 
 		 290 aa  119  7.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185285 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1574  rhomboid family protein  36.49 
 
 		 292 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.227659 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2052  hypothetical protein  33.46 
 
 		 286 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00391881  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3791  rhomboid family protein  32.41 
 
 		 284 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2014  rhomboid family protein  37.14 
 
 		 295 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1546  rhomboid family protein  33.7 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493035  normal  0.546364 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3728  rhomboid family protein  33.74 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2197  rhomboid-like protein  32.14 
 
 		 289 aa  106  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0162  rhomboid family GlpG protein  31.6 
 
 		 289 aa  105  6e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.562352  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24240  hypothetical protein  33.88 
 
 		 286 aa  105  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00172141  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34050  Rhomboid family membrane protease  34.13 
 
 		 281 aa  103  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2070  rhomboid family protein  42 
 
 		 224 aa  102  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0122974  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1687  rhomboid-like protein  31.95 
 
 		 290 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205514  normal  0.563357 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1735  GntR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 340 aa  93.2  5e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1309  rhomboid-like protein  38.1 
 
 		 285 aa  91.7  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1385  Rhomboid family protein  26.64 
 
 		 293 aa  89.7  5e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.149194  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2942  rhomboid family protein  30.33 
 
 		 286 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00975184  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  30.11 
 
 		 486 aa  71.6  0.00000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  31.51 
 
 		 569 aa  66.6  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  23.49 
 
 		 519 aa  63.9  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  26.88 
 
 		 487 aa  63.5  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  26.88 
 
 		 487 aa  63.5  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0235  rhomboid family protein  27.06 
 
 		 190 aa  58.5  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0221  rhomboid-like protein  27.65 
 
 		 190 aa  58.9  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0249  rhomboid family protein  27.06 
 
 		 190 aa  58.5  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0260  rhomboid family protein  27.65 
 
 		 190 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0223  rhomboid-like protein  27.65 
 
 		 190 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  26.87 
 
 		 386 aa  57.8  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  25.69 
 
 		 223 aa  58.2  0.0000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  26.76 
 
 		 327 aa  57  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5244  Rhomboid family protein  35.37 
 
 		 306 aa  56.6  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159225  hitchhiker  0.00568338 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  26.17 
 
 		 358 aa  55.8  0.0000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0269  rhomboid family protein  28.46 
 
 		 190 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0283  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 190 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  27.59 
 
 		 389 aa  54.3  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  23.74 
 
 		 356 aa  53.9  0.000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  26 
 
 		 554 aa  53.5  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  35.56 
 
 		 290 aa  53.5  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  26.42 
 
 		 303 aa  53.5  0.000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1635  Rhomboid family protein  34.11 
 
 		 318 aa  53.1  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  25.16 
 
 		 371 aa  52.8  0.000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  27.08 
 
 		 271 aa  52.8  0.000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  22.91 
 
 		 342 aa  52.4  0.000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42439  predicted protein  27.13 
 
 		 570 aa  52.4  0.000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00659721  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  23.46 
 
 		 342 aa  52  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3276  Rhomboid family protein  28.68 
 
 		 430 aa  51.6  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0058  Rhomboid family protein  35.29 
 
 		 302 aa  52  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  36.67 
 
 		 275 aa  50.8  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  24.61 
 
 		 279 aa  51.2  0.00002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  24.62 
 
 		 227 aa  51.2  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0788  Rhomboid family protein  29.93 
 
 		 288 aa  51.2  0.00002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  20.83 
 
 		 396 aa  50.8  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  26.58 
 
 		 226 aa  51.2  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>