42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0058 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0058  hypothetical protein  100 
 
 
139 aa  290  3e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00063  hypothetical protein  47.12 
 
 
157 aa  109  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1149  hypothetical protein  48.51 
 
 
153 aa  105  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1955  hypothetical protein  36.76 
 
 
149 aa  105  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4139  hypothetical protein  41.88 
 
 
137 aa  105  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.384863 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3977  hypothetical protein  42.73 
 
 
137 aa  101  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1107  hypothetical protein  36.67 
 
 
135 aa  97.4  5e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.977512  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0950  hypothetical protein  53.01 
 
 
119 aa  97.1  7e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.000580743  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3229  hypothetical protein  39.6 
 
 
146 aa  94.7  4e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0570  hypothetical protein  37.78 
 
 
134 aa  93.2  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.198807 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1996  hypothetical protein  28.57 
 
 
146 aa  64.3  0.0000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000045203  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1998  hypothetical protein  28.33 
 
 
146 aa  62.4  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.001435  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2532  hypothetical protein  25.62 
 
 
143 aa  57  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2474  hypothetical protein  25.62 
 
 
145 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000241237  normal  0.0265077 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1988  hypothetical protein  25.62 
 
 
145 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000081199  hitchhiker  0.000000000773885 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2358  hypothetical protein  25.62 
 
 
145 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000446127  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2371  hypothetical protein  25.62 
 
 
145 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000054432  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01733  ABC-type phosphate transport system, periplasmic component  29.31 
 
 
135 aa  55.1  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00119694  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0342  hypothetical protein  25.6 
 
 
138 aa  50.4  0.000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000322969  normal  0.532005 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1301  hypothetical protein  30.1 
 
 
136 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0515359  normal  0.898737 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3219  hypothetical protein  30.1 
 
 
136 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00997135  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3076  hypothetical protein  30.1 
 
 
136 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.127053  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3066  hypothetical protein  31.07 
 
 
136 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0730491  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3646  ABC-type phosphate transport system, periplasmic component  24.76 
 
 
137 aa  48.1  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.432193  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0606  hypothetical protein  27.66 
 
 
136 aa  48.1  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2582  hypothetical protein  27.55 
 
 
148 aa  47.8  0.00005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0582  hypothetical protein  22.39 
 
 
142 aa  47.4  0.00006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00151271  hitchhiker  0.00238722 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4505  hypothetical protein  26.37 
 
 
136 aa  45.8  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.646006  normal  0.20017 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0132  hypothetical protein  25.76 
 
 
141 aa  45.8  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3761  hypothetical protein  26 
 
 
148 aa  45.8  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2333  hypothetical protein  23.97 
 
 
131 aa  45.4  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0104783  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0621  hypothetical protein  25.77 
 
 
135 aa  45.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.2697 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3366  hypothetical protein  27.18 
 
 
140 aa  45.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.745172  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2857  ABC-type phosphate transport system, periplasmic component  21.21 
 
 
147 aa  45.1  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01220  ABC-type phosphate transport system, periplasmic component  26.36 
 
 
139 aa  44.7  0.0005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1422  hypothetical protein  23.39 
 
 
142 aa  44.7  0.0005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.795296  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4120  hypothetical protein  24.55 
 
 
141 aa  43.5  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0525047  normal  0.115459 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0483  hypothetical protein  26.05 
 
 
142 aa  42.7  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1643  hypothetical protein  26.67 
 
 
137 aa  43.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00917227  normal  0.51587 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0317  hypothetical protein  31.65 
 
 
160 aa  42.4  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.173375  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1951  phosphate binding protein  26.67 
 
 
303 aa  41.6  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2871  hypothetical protein  22.86 
 
 
145 aa  40  0.009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>