263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0008 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03410  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  59.51 
 
 		 689 aa  828    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0152  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  59.51 
 
 		 689 aa  828    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4934  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  59.51 
 
 		 689 aa  830    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.711684 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3849  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  59.51 
 
 		 689 aa  823    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0060  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.04 
 
 		 684 aa  638    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  60.23 
 
 		 689 aa  810    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  59.16 
 
 		 688 aa  833    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  60.09 
 
 		 689 aa  795    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0061  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  59.51 
 
 		 689 aa  838    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  60.52 
 
 		 688 aa  791    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0185  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  47.46 
 
 		 684 aa  635    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0011  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.9 
 
 		 684 aa  642    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0023  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  58.7 
 
 		 689 aa  822    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03361  hypothetical protein  59.51 
 
 		 689 aa  828    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  47.52 
 
 		 691 aa  639    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.04 
 
 		 684 aa  639    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000238485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0163  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  59.94 
 
 		 689 aa  833    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  47.81 
 
 		 696 aa  648    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.06 
 
 		 692 aa  860    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0555063  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0079  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.33 
 
 		 683 aa  640    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248487  decreased coverage  0.0000000000235888 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  50.07 
 
 		 690 aa  676    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  60.67 
 
 		 689 aa  802    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  60.52 
 
 		 689 aa  838    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.19 
 
 		 683 aa  635    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589695  hitchhiker  0.000000000290731 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0070  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  59.13 
 
 		 689 aa  833    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.118047  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4167  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  60.29 
 
 		 689 aa  843    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3868  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  59.51 
 
 		 689 aa  821    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.9 
 
 		 684 aa  637    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000133889  normal  0.112381 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4037  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  59.51 
 
 		 689 aa  825    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.414013 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  57.14 
 
 		 693 aa  752    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0012  glycine--tRNA ligase  48.19 
 
 		 690 aa  639    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.948293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  59.51 
 
 		 689 aa  829    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  60.09 
 
 		 694 aa  810    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.829353  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.88 
 
 		 688 aa  675    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3761  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  59.51 
 
 		 689 aa  828    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.677293  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0160  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  47.76 
 
 		 699 aa  644    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.520924  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4130  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  58.7 
 
 		 689 aa  822    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  59.28 
 
 		 689 aa  813    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  60.52 
 
 		 689 aa  800    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  60.52 
 
 		 689 aa  801    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000499537 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  100 
 
 		 692 aa  1415    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.25 
 
 		 697 aa  635    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0479  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  58.84 
 
 		 688 aa  816    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  59.8 
 
 		 689 aa  834    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  60.81 
 
 		 688 aa  789    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000120926 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  60.81 
 
 		 688 aa  789    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0754706 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0011  glycine--tRNA ligase  48.91 
 
 		 693 aa  650    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.466423 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  60.23 
 
 		 694 aa  840    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0156  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  59.51 
 
 		 689 aa  828    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002000  glycyl-tRNA synthetase beta chain  57.56 
 
 		 688 aa  758    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.06 
 
 		 684 aa  643    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  58.78 
 
 		 689 aa  809    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000639104 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2499  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  56.54 
 
 		 688 aa  769    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3966  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  59.36 
 
 		 689 aa  825    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0043  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  59.74 
 
 		 694 aa  838    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3931  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  59.51 
 
 		 689 aa  825    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3977  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  59.51 
 
 		 689 aa  825    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0016  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  60.81 
 
 		 688 aa  787    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000327788 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.06 
 
 		 685 aa  645    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2965  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  58.28 
 
 		 688 aa  793    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.425514  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.91 
 
 		 684 aa  651    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0025  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  60.52 
 
 		 689 aa  827    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0144037 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3726  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  59.8 
 
 		 688 aa  856    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0038  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.23 
 
 		 693 aa  664    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.903555  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4054  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  59.51 
 
 		 689 aa  828    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  60.43 
 
 		 689 aa  842    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3782  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  58.7 
 
 		 689 aa  822    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00100  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.25 
 
 		 685 aa  632  1e-180  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2055  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.02 
 
 		 697 aa  608  9.999999999999999e-173  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.35855  normal  0.503298 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0207  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.11 
 
 		 692 aa  603  1.0000000000000001e-171  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1773  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.17 
 
 		 697 aa  604  1.0000000000000001e-171  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0663369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2116  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.11 
 
 		 689 aa  602  1.0000000000000001e-171  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2051  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  45.77 
 
 		 692 aa  587  1e-166  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1803  glycyl-tRNA synthetase beta chain  44.23 
 
 		 688 aa  580  1e-164  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2574  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  46.72 
 
 		 693 aa  580  1e-164  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568144 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1804  glycyl-tRNA synthetase beta chain  44.19 
 
 		 688 aa  577  1.0000000000000001e-163  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1221  glycine--tRNA ligase  45.2 
 
 		 696 aa  578  1.0000000000000001e-163  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2050  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  44.65 
 
 		 693 aa  555  1e-156  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0405  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.21 
 
 		 699 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.721596  normal  0.352354 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0686  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.07 
 
 		 699 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.509477  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0524  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.84 
 
 		 697 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0189981 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3535  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  41.85 
 
 		 712 aa  507  9.999999999999999e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.028288 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0507  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.28 
 
 		 710 aa  508  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.524717  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0400  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.11 
 
 		 697 aa  508  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.543468 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0446  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.62 
 
 		 707 aa  508  9.999999999999999e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0415  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.11 
 
 		 697 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.474954  normal  0.979484 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0656  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.23 
 
 		 687 aa  502  1e-141  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.70031e-23 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.92 
 
 		 699 aa  503  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.454838  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0218  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.75 
 
 		 699 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2350  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.75 
 
 		 699 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0701  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.75 
 
 		 699 aa  497  1e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0544  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  42.34 
 
 		 720 aa  497  1e-139  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0889  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.72 
 
 		 722 aa  496  1e-139  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0716  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.61 
 
 		 699 aa  496  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2430  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.75 
 
 		 699 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.726931  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.86 
 
 		 722 aa  496  1e-139  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.40504  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0215  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  42.3 
 
 		 713 aa  496  1e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.101783 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0871  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  43.38 
 
 		 695 aa  498  1e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.306102  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2728  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.75 
 
 		 699 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0599  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.8 
 
 		 688 aa  493  9.999999999999999e-139  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000487119  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>