More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pars_2310 on replicon NC_009376
Organism: Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009376  Pars_2310  DNA repair and recombination protein RadA  100 
 
 
333 aa  680    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.469487  hitchhiker  0.00856648 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1953  DNA repair and recombination protein RadA  91.29 
 
 
330 aa  630  1e-180  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0713  DNA repair and recombination protein RadA  91.29 
 
 
330 aa  631  1e-180  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.33185 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2081  DNA repair and recombination protein RadA  89.19 
 
 
332 aa  629  1e-179  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1118  DNA repair and recombination protein RadA  66.67 
 
 
358 aa  486  1e-136  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1017  DNA repair and recombination protein RadA  63.64 
 
 
358 aa  434  1e-121  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.103289  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0430  DNA repair and recombination protein RadA  52.92 
 
 
324 aa  333  3e-90  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1226  DNA repair and recombination protein RadA  53.07 
 
 
324 aa  325  8.000000000000001e-88  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2099  DNA repair and recombination protein RadA  50.79 
 
 
325 aa  324  2e-87  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2338  DNA repair and recombination protein RadA  51.55 
 
 
325 aa  324  2e-87  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.901889  normal  0.0155582 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0040  DNA repair and recombination protein RadA  50.93 
 
 
327 aa  319  3.9999999999999996e-86  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0009  DNA repair and recombination protein RadA  51.13 
 
 
324 aa  319  5e-86  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.416037  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1386  DNA repair and recombination protein RadA  50.63 
 
 
388 aa  317  2e-85  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2033  DNA repair and recombination protein RadA  50.62 
 
 
325 aa  315  5e-85  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.507845  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2940  DNA repair and recombination protein RadA  47.32 
 
 
407 aa  311  6.999999999999999e-84  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00873973  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0885  DNA repair and recombination protein RadA  52.65 
 
 
322 aa  311  1e-83  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0637  DNA repair and recombination protein RadA  47.06 
 
 
329 aa  306  4.0000000000000004e-82  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1185  DNA repair and recombination protein RadA  46.53 
 
 
349 aa  302  6.000000000000001e-81  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1273  DNA repair and recombination protein RadA  45.48 
 
 
348 aa  293  3e-78  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1831  DNA repair and recombination protein RadA  45.16 
 
 
343 aa  291  2e-77  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1918  DNA repair and recombination protein RadA  49.06 
 
 
324 aa  289  4e-77  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0211  DNA repair and recombination protein RadA  44.44 
 
 
343 aa  286  2e-76  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2624  DNA repair and recombination protein RadA  43.27 
 
 
343 aa  280  2e-74  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.387482 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0982  DNA repair and recombination protein RadA  44.69 
 
 
322 aa  277  2e-73  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0368  DNA repair and recombination protein RadA  44.62 
 
 
322 aa  275  9e-73  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0537  DNA repair and recombination protein RadA  45.43 
 
 
322 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1450  DNA repair and recombination protein RadA  43.71 
 
 
322 aa  272  6e-72  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0942903  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0469  DNA repair and recombination protein RadA  44.24 
 
 
322 aa  271  1e-71  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01237  UvsC protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:P78579]  43.35 
 
 
348 aa  266  4e-70  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.523208  normal 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_54533  Rad51 DNA recombination/repair protein  43.91 
 
 
350 aa  263  4e-69  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.724719  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09092  meiotic recombination protein (Dmc1), putative (AFU_orthologue; AFUA_7G02200)  42.72 
 
 
658 aa  248  1e-64  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.515485  normal 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_33041  predicted protein  41.46 
 
 
343 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0526282 
 
 
-
 
NC_006682  CNM01780  meiotic recombination-related protein, putative  41.69 
 
 
323 aa  240  2.9999999999999997e-62  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.51774  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA06990  recombinase, putative  44.13 
 
 
365 aa  235  7e-61  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1023  Rad51-like  42.22 
 
 
315 aa  232  6e-60  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.973197  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_17346  predicted protein  39.49 
 
 
358 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.908819  normal  0.780808 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0743  Rad51-like  46.53 
 
 
250 aa  195  1e-48  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1633  Rad51 domain-containing protein  35.28 
 
 
307 aa  156  4e-37  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.11008  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0486  Rad51-like protein  34.19 
 
 
311 aa  154  2e-36  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.100378  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2031  Rad51-like protein  35.26 
 
 
314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000000738645 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1396  Fis family transcriptional regulator  34.39 
 
 
312 aa  144  2e-33  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.358472  normal  0.485282 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0762  Fis family transcriptional regulator  34.94 
 
 
312 aa  142  9.999999999999999e-33  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0530008 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_17626  predicted protein  30.82 
 
 
358 aa  124  2e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0870528  hitchhiker  0.00372316 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2123  DNA repair and recombination protein RadB  34.93 
 
 
225 aa  114  3e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1039  DNA repair and recombination protein RadB  33.06 
 
 
243 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0926  DNA repair and recombination protein RadB  33.19 
 
 
221 aa  108  9.000000000000001e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0907  DNA repair and recombination protein RadB  34.2 
 
 
227 aa  106  6e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0491  DNA repair and recombination protein RadB  34.19 
 
 
227 aa  105  2e-21  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1272  hypothetical protein  33.05 
 
 
224 aa  102  1e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.998309 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2159  DNA repair and recombination protein RadB  33.61 
 
 
224 aa  102  1e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_50387  predicted protein  28.88 
 
 
351 aa  101  2e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.142215  normal  0.0213314 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1786  DNA repair and recombination protein RadB  34.04 
 
 
235 aa  100  4e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.729381  normal  0.0464986 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_54137  Rad51 DNA recombination/repair protein  29.5 
 
 
363 aa  100  4e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0260  DNA repair and recombination protein RadB  31.47 
 
 
224 aa  100  5e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.92433 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2158  DNA repair and recombination protein RadB  34.33 
 
 
235 aa  97.1  3e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2453  ATPase  28.94 
 
 
234 aa  97.4  3e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.695737 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0988  DNA repair and recombination protein RadB  31.72 
 
 
216 aa  95.9  8e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0377224  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0274  DNA repair and recombination protein RadB  31.28 
 
 
215 aa  94.4  3e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.944285  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10145  DNA repair protein (Rad57), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G12520)  39.18 
 
 
554 aa  93.6  4e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.263483 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1640  DNA repair and recombination protein RadB  30.4 
 
 
215 aa  93.6  5e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.301627  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1629  DNA repair and recombination protein RadB  35.02 
 
 
235 aa  88.2  2e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.554742  normal  0.462396 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0087  RecA/RadA recombinase-like protein  32.74 
 
 
217 aa  85.5  0.000000000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.439691 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2429  DNA repair and recombination protein RadB  30.25 
 
 
226 aa  84.3  0.000000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1490  DNA repair and recombination protein RadB  29.82 
 
 
213 aa  84.3  0.000000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.695224  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0077  DNA repair and recombination protein RadB  30.26 
 
 
275 aa  83.2  0.000000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.327122  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0886  recA protein  26.72 
 
 
356 aa  72.4  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0360  recA protein  29.38 
 
 
339 aa  72  0.00000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000245068  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_58642  predicted protein  29.61 
 
 
541 aa  70.5  0.00000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  hitchhiker  0.00988886  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0090  recombinase A  27.75 
 
 
333 aa  69.3  0.00000000009  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.999196  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1162  recA protein  27.91 
 
 
356 aa  68.9  0.0000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.501327  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2695  recombinase A  30.41 
 
 
360 aa  68.6  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.611822  decreased coverage  0.00221105 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_40092  Rad51 DNA recombination/repair protein  26.91 
 
 
456 aa  67.8  0.0000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4152  recombinase A  31.13 
 
 
343 aa  67.8  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1525  recA protein  30.09 
 
 
353 aa  67.4  0.0000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000245316  unclonable  4.38442e-19 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0074  recA protein  30.05 
 
 
344 aa  67  0.0000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1833  recA protein  30.56 
 
 
363 aa  66.6  0.0000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0352919  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1949  recombinase A  28.1 
 
 
376 aa  66.2  0.0000000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0005  recA protein  28.78 
 
 
355 aa  66.2  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0310986  normal  0.0651314 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0131  recombinase A  27.91 
 
 
365 aa  66.2  0.0000000008  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1567  recombinase A  30.52 
 
 
363 aa  66.2  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000432957 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1324  recombinase A  29.11 
 
 
354 aa  65.9  0.000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.427425 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0727  recombinase A  31.31 
 
 
347 aa  65.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.794192  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0986  recA protein  27.23 
 
 
356 aa  65.5  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000028976  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17531  recombinase A  28.57 
 
 
365 aa  64.7  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  unclonable  0.00363576  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1549  recA protein  30.09 
 
 
362 aa  64.7  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.00000000000205683  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16811  recombinase A  28.57 
 
 
367 aa  64.7  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3295  recombinase A  29.33 
 
 
358 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.303399  normal  0.877549 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3340  recombinase A  28.69 
 
 
353 aa  65.1  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0317597  unclonable  0.0000000139477 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0530  recA protein  29.39 
 
 
327 aa  64.7  0.000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2747  recombinase A  28.34 
 
 
357 aa  64.7  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0440  recombinase A  28.85 
 
 
358 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0671  recombinase A  28.85 
 
 
358 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.180955 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1208  recombinase A  27.94 
 
 
353 aa  64.7  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3161  recombinase A  27.5 
 
 
336 aa  64.7  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3103  recA protein  28.63 
 
 
343 aa  64.7  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000175278  normal  0.820651 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1046  recombinase A  28.34 
 
 
355 aa  64.7  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.558521 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3430  recombinase A  27.94 
 
 
357 aa  64.3  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0381  recombinase A  28.57 
 
 
374 aa  64.3  0.000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.620471  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1255  hypothetical protein  29.77 
 
 
344 aa  64.3  0.000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000979449  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1126  recombinase A  27.94 
 
 
357 aa  64.3  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>