More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pars_1355 on replicon NC_009376
Organism: Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009376  Pars_1355  geranylgeranyl reductase  100 
 
 
358 aa  714    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0520333 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0388  geranylgeranyl reductase  73.95 
 
 
362 aa  533  1e-150  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.1431 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1739  geranylgeranyl reductase  73.39 
 
 
358 aa  503  1e-141  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.539865  normal  0.0147858 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1119  geranylgeranyl reductase  70.03 
 
 
367 aa  493  9.999999999999999e-139  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.920793 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  35.47 
 
 
362 aa  196  6e-49  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  33.97 
 
 
398 aa  130  3e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  34.14 
 
 
375 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  32.82 
 
 
398 aa  127  3e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  28.92 
 
 
370 aa  127  3e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  32.56 
 
 
378 aa  121  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5969  geranylgeranyl reductase  34.63 
 
 
409 aa  111  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.365894  normal  0.508891 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  30.43 
 
 
434 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  30.64 
 
 
387 aa  109  7.000000000000001e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0630  geranylgeranyl reductase  32.6 
 
 
373 aa  107  3e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.685888 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  28.49 
 
 
384 aa  107  3e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  26.39 
 
 
382 aa  106  6e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  29.27 
 
 
424 aa  105  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  27.38 
 
 
376 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  27.52 
 
 
425 aa  104  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  32.88 
 
 
379 aa  104  3e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2299  geranylgeranyl reductase  33.55 
 
 
374 aa  103  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.650791  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  32.73 
 
 
435 aa  103  6e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  30.34 
 
 
419 aa  102  9e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  31.03 
 
 
423 aa  102  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0064  geranylgeranyl reductase  32.89 
 
 
373 aa  101  2e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.535363  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  29.74 
 
 
384 aa  100  4e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  28.53 
 
 
368 aa  100  5e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  31.75 
 
 
430 aa  99.8  7e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  29.76 
 
 
413 aa  99.4  8e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  32.03 
 
 
434 aa  99  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  28.62 
 
 
385 aa  98.6  1e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  27.78 
 
 
418 aa  98.2  2e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0277  geranylgeranyl hydrogenase  32.05 
 
 
394 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1920  geranylgeranyl reductase  32.05 
 
 
394 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.571775 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1603  geranylgeranyl reductase  31.46 
 
 
374 aa  97.4  3e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  31.27 
 
 
457 aa  97.8  3e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  26.49 
 
 
389 aa  97.4  3e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0982  geranylgeranyl reductase  30.19 
 
 
384 aa  96.3  7e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0176875  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  30.28 
 
 
445 aa  95.9  9e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0508  geranylgeranyl reductase  31.67 
 
 
376 aa  95.5  1e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1161  geranylgeranyl reductase  32.34 
 
 
429 aa  94.7  2e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1330  geranylgeranyl reductase  26.13 
 
 
376 aa  93.6  4e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  29.91 
 
 
431 aa  93.6  4e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0133  geranylgeranyl reductase  28.23 
 
 
368 aa  93.2  6e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  29.81 
 
 
393 aa  93.2  7e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  30.49 
 
 
426 aa  91.7  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  29.13 
 
 
376 aa  90.9  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  27.07 
 
 
403 aa  90.1  5e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  29.13 
 
 
423 aa  89.7  7e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2633  geranylgeranyl reductase  29.18 
 
 
421 aa  89.4  8e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  31.83 
 
 
400 aa  88.6  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2536  geranylgeranyl reductase  29.97 
 
 
382 aa  88.6  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000189662 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  29.94 
 
 
430 aa  88.2  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6208  monooxygenase FAD-binding protein  33.15 
 
 
403 aa  88.2  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00171157  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  28.74 
 
 
423 aa  87.8  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0808  geranylgeranyl reductase  36.24 
 
 
406 aa  87.4  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.967973  hitchhiker  0.000310699 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0660  geranylgeranyl reductase  31.8 
 
 
406 aa  87.4  3e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0877902 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1018  geranylgeranyl reductase  31.44 
 
 
394 aa  86.7  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175097  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  27.51 
 
 
384 aa  86.3  7e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  28.66 
 
 
393 aa  86.3  7e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1711  geranylgeranyl reductase  33.44 
 
 
365 aa  85.9  9e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2391  geranylgeranyl reductase  30.69 
 
 
375 aa  85.5  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1823  geranylgeranyl reductase  28.53 
 
 
406 aa  85.1  0.000000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.626977  normal  0.601961 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05771  NAD binding site  26.26 
 
 
376 aa  85.1  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.161819  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1294  geranylgeranyl reductase  27.42 
 
 
420 aa  83.6  0.000000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.730528  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0327  geranylgeranyl reductase  33.96 
 
 
373 aa  83.2  0.000000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.252383  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  27.14 
 
 
379 aa  82.8  0.000000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2189  geranylgeranyl reductase  31.82 
 
 
383 aa  82.8  0.000000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  27.48 
 
 
401 aa  82.8  0.000000000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3265  geranylgeranyl reductase  27.91 
 
 
406 aa  82.8  0.000000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0200135 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  27.03 
 
 
431 aa  82  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0862  geranylgeranyl reductase  37.46 
 
 
387 aa  81.6  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3712  geranylgeranyl reductase  31.83 
 
 
402 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.407055  hitchhiker  0.000489008 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3481  geranylgeranyl reductase  31.21 
 
 
374 aa  81.3  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3528  geranylgeranyl reductase  30.77 
 
 
394 aa  80.1  0.00000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.673829 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1664  geranylgeranyl reductase  28.12 
 
 
407 aa  80.1  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3751  geranylgeranyl reductase  28.43 
 
 
406 aa  79.3  0.00000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0101048  hitchhiker  0.000524672 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1852  NAD binding site  24.92 
 
 
376 aa  79  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  29.67 
 
 
440 aa  78.2  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03150  geranylgeranyl reductase family protein  28.91 
 
 
424 aa  78.6  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.992088  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1343  geranylgeranyl reductase  26.61 
 
 
411 aa  78.6  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  26.58 
 
 
395 aa  77.8  0.0000000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4038  geranylgeranyl reductase  27.83 
 
 
406 aa  77.8  0.0000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.670598  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2826  geranylgeranyl reductase  28.79 
 
 
443 aa  77.8  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0858816 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0311  hypothetical protein  27.92 
 
 
409 aa  77  0.0000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172492  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1497  geranylgeranyl reductase  27.18 
 
 
418 aa  76.6  0.0000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  29.3 
 
 
396 aa  76.3  0.0000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05221  NAD binding site  27.16 
 
 
375 aa  75.9  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08231  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  28.43 
 
 
445 aa  75.5  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.891697  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05761  NAD binding site  27.03 
 
 
377 aa  74.7  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.680324  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0631  geranylgeranyl reductase  26.63 
 
 
402 aa  75.1  0.000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05461  NAD binding site  27.03 
 
 
377 aa  75.1  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3990  geranylgeranyl reductase  30.55 
 
 
400 aa  74.3  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.407707  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1602  geranylgeranyl reductase  33.65 
 
 
405 aa  74.7  0.000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.157827  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3131  geranylgeranyl reductase  28.22 
 
 
444 aa  73.9  0.000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4822  geranylgeranyl reductase  30.07 
 
 
397 aa  73.6  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.47928  normal  0.0333239 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4276  geranylgeranyl reductase  26.67 
 
 
405 aa  73.6  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5289  geranylgeranyl reductase  30.07 
 
 
397 aa  73.2  0.000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.683475  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  27.95 
 
 
443 aa  72.4  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5367  geranylgeranyl reductase  30.25 
 
 
397 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.707854 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>