More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_1790 on replicon NC_011059
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011059  Paes_1790  RNA modification enzyme, MiaB family  100 
 
 
452 aa  915    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0115132  normal  0.0236064 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1996  MiaB-like tRNA modifying enzyme  59.23 
 
 
451 aa  530  1e-149  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.320678  normal  0.0920131 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1728  MiaB-like tRNA modifying enzyme  53.67 
 
 
438 aa  435  1e-121  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.479022  decreased coverage  0.00502843 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0422  RNA modification protein  51.25 
 
 
446 aa  427  1e-118  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0536856  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0352  RNA modification enzyme, MiaB family  50.45 
 
 
458 aa  421  1e-116  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.135679  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0459  MiaB-like tRNA modifying enzyme  50.56 
 
 
453 aa  417  9.999999999999999e-116  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.240377  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0566  hypothetical protein  44.78 
 
 
470 aa  378  1e-103  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.59061  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  44.61 
 
 
441 aa  311  1e-83  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2937  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.86 
 
 
439 aa  306  7e-82  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.673839  normal  0.173134 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1770  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.05 
 
 
435 aa  305  2.0000000000000002e-81  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000207484  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1350  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.47 
 
 
449 aa  300  5e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.306215  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0444  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.16 
 
 
442 aa  296  4e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0474351  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6578  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.39 
 
 
425 aa  296  6e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.745679  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0223  hypothetical protein  37.35 
 
 
441 aa  294  2e-78  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.180201 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09066  putative Fe-S oxidoreductase  37.88 
 
 
458 aa  293  4e-78  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.276137  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1737  2-methylthioadenine synthetase  38.02 
 
 
438 aa  291  1e-77  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5039  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38 
 
 
444 aa  286  5e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0874  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.56 
 
 
431 aa  281  2e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00249518 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1992  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.72 
 
 
471 aa  279  7e-74  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.130467  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1643  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.07 
 
 
429 aa  278  2e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.119605  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2570  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.96 
 
 
429 aa  276  7e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005255 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1017  RNA modification enzyme, MiaB family  36.76 
 
 
449 aa  273  5.000000000000001e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2053  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.05 
 
 
450 aa  273  5.000000000000001e-72  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2282  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.05 
 
 
434 aa  273  7e-72  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.05 
 
 
434 aa  272  8.000000000000001e-72  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1211  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.23 
 
 
495 aa  272  1e-71  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.496163 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1333  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.32 
 
 
449 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2221  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.03 
 
 
444 aa  270  4e-71  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000670309 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1857  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.92 
 
 
432 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000114049  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1144  hypothetical protein  36.63 
 
 
448 aa  268  2e-70  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1490  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.12 
 
 
444 aa  267  2.9999999999999995e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2433  RNA modification enzyme, MiaB family  35.7 
 
 
451 aa  266  4e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000747616  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2241  RNA modification enzyme, MiaB family  34.09 
 
 
454 aa  263  4e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150078  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4391  hypothetical protein  36.87 
 
 
450 aa  263  4.999999999999999e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115711  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4443  RNA modification enzyme, MiaB family  36.87 
 
 
450 aa  263  4.999999999999999e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4161  RNA modification protein  36.64 
 
 
450 aa  262  8e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.556145  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4209  hypothetical protein  36.32 
 
 
450 aa  261  1e-68  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4535  hypothetical protein  36.32 
 
 
450 aa  261  1e-68  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4429  hypothetical protein  36.41 
 
 
450 aa  261  2e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111241  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0807  RNA modification enzyme, MiaB family  36.41 
 
 
450 aa  261  2e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137858  decreased coverage  2.64257e-22 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4332  RNA modification enzyme, MiaB family  36.41 
 
 
450 aa  260  3e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16472e-48 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3036  RNA modification protein  35.84 
 
 
450 aa  260  3e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0366508  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4047  hypothetical protein  36.41 
 
 
450 aa  261  3e-68  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4057  hypothetical protein  36.41 
 
 
450 aa  261  3e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3217  RNA modification enzyme, MiaB family  38.63 
 
 
435 aa  260  3e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000221997  hitchhiker  0.000000785503 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0150  RNA modification protein  37.87 
 
 
434 aa  260  3e-68  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.839753  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2568  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.95 
 
 
434 aa  259  7e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2316  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.89 
 
 
427 aa  258  1e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1668  RNA modification protein  37.08 
 
 
448 aa  257  3e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1634  RNA modification protein  37.08 
 
 
448 aa  257  3e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.654078  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1164  RNA modification enzyme, MiaB family  34.7 
 
 
431 aa  256  4e-67  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2224  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.86 
 
 
442 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.490633  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1282  RNA modification enzyme, MiaB family  35.89 
 
 
434 aa  251  2e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12760  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.09 
 
 
438 aa  249  8e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00265105  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2492  RNA modification protein  36.54 
 
 
436 aa  249  1e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131013  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0611  RNA modification enzyme, MiaB family  38.59 
 
 
437 aa  246  9e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.920211  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.9 
 
 
456 aa  245  9.999999999999999e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000454579  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0166  RNA modification protein  37.74 
 
 
440 aa  243  3.9999999999999997e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.684419  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0174  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.43 
 
 
430 aa  243  3.9999999999999997e-63  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0588  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.91 
 
 
450 aa  242  9e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0962192  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1050  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.8 
 
 
438 aa  239  8e-62  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4295  RNA modification enzyme, MiaB family  37.47 
 
 
439 aa  238  2e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00281289  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0522  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.91 
 
 
420 aa  233  7.000000000000001e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1711  hypothetical protein  36.45 
 
 
436 aa  232  9e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0674  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.23 
 
 
429 aa  229  9e-59  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0503  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.42 
 
 
408 aa  228  1e-58  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1182  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.36 
 
 
441 aa  228  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0484271  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1560  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35 
 
 
411 aa  228  2e-58  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.51 
 
 
423 aa  221  9.999999999999999e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2775  2-methylthioadenine synthetase  36.07 
 
 
422 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.254506  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0360  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.91 
 
 
422 aa  220  5e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.106341  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1294  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.38 
 
 
409 aa  219  7.999999999999999e-56  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1402  RNA modification enzyme, MiaB family  36.99 
 
 
462 aa  219  8.999999999999998e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0926  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.22 
 
 
427 aa  219  1e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.084888  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1749  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.07 
 
 
451 aa  218  2e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000349639  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0214  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.5 
 
 
420 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0176423 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0785  MiaB family tRNA modification protein  33.58 
 
 
429 aa  217  4e-55  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0319  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.48 
 
 
419 aa  216  9e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1187  RNA modification enzyme, MiaB family  30.7 
 
 
446 aa  215  9.999999999999999e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0386779 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1886  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.1 
 
 
468 aa  215  9.999999999999999e-55  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00000824769  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0789  tRNA 2-methylthioadenosine synthase  30.71 
 
 
411 aa  215  9.999999999999999e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.594901  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0626  RNA modification enzyme, MiaB family  36.41 
 
 
439 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.196268  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6072  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.2 
 
 
449 aa  214  1.9999999999999998e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0928741  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1933  hypothetical protein  35.15 
 
 
427 aa  214  2.9999999999999995e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2299  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.22 
 
 
466 aa  214  2.9999999999999995e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.198843  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1860  hypothetical protein  35.15 
 
 
427 aa  214  2.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.17951  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0217  MiaB family tRNA modification protein  31.19 
 
 
412 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2810  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.21 
 
 
421 aa  213  7.999999999999999e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.756102  normal  0.266811 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4866  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.5 
 
 
449 aa  207  4e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0252  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.8 
 
 
423 aa  206  5e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136132  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0412  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.41 
 
 
437 aa  206  6e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.908018  normal  0.498454 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1331  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.49 
 
 
417 aa  206  8e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000562047  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0969  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.68 
 
 
421 aa  206  8e-52  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1414  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.09 
 
 
420 aa  205  1e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0298  RNA modification enzyme, MiaB family  34.09 
 
 
431 aa  204  2e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0515  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.96 
 
 
443 aa  204  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.481565  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0373  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.48 
 
 
434 aa  204  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.215959  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3747  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.71 
 
 
424 aa  203  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.771272  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0018  MiaB family tRNA modification protein  32.83 
 
 
427 aa  202  9.999999999999999e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0935  MiaB-like radical SAM protein  35.1 
 
 
425 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>