More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_1654 on replicon NC_011059
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  100 
 
 		 290 aa  598  1e-170  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  55.71 
 
 		 293 aa  328  7e-89  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  55.05 
 
 		 283 aa  294  9e-79  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  52.25 
 
 		 295 aa  294  1e-78  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  52.43 
 
 		 295 aa  291  9e-78  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  50.35 
 
 		 287 aa  290  1e-77  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  51.9 
 
 		 296 aa  260  1e-68  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  37.46 
 
 		 297 aa  168  8e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  35.07 
 
 		 284 aa  157  2e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  34.15 
 
 		 288 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  34.15 
 
 		 288 aa  149  5e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  34.15 
 
 		 288 aa  149  5e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  34.15 
 
 		 288 aa  149  5e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  34.15 
 
 		 288 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  34.15 
 
 		 288 aa  149  5e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  34.15 
 
 		 288 aa  149  5e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  34.15 
 
 		 288 aa  149  6e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  33.8 
 
 		 288 aa  149  7e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  32.42 
 
 		 283 aa  148  9e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 280 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  34.72 
 
 		 298 aa  145  8.000000000000001e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  37.89 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  37.89 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 289 aa  142  4e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  34.15 
 
 		 289 aa  142  5e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  33.99 
 
 		 301 aa  142  6e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  33.81 
 
 		 286 aa  142  7e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  32.14 
 
 		 280 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  32.75 
 
 		 289 aa  139  4.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  34.93 
 
 		 289 aa  139  6e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1310  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.5 
 
 		 274 aa  139  6e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.428593  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  33.44 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  31.41 
 
 		 273 aa  137  2e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  32.16 
 
 		 288 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 		 286 aa  136  4e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 286 aa  136  4e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 315 aa  135  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  31.03 
 
 		 277 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  36.65 
 
 		 285 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  34.64 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  34.64 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  32.07 
 
 		 277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  31.23 
 
 		 271 aa  133  3e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  31.71 
 
 		 279 aa  133  3e-30  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  31.34 
 
 		 277 aa  132  5e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  30.28 
 
 		 277 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  32.31 
 
 		 285 aa  131  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  30.28 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  30.88 
 
 		 271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  31.34 
 
 		 277 aa  130  3e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  31.93 
 
 		 279 aa  130  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  31.03 
 
 		 298 aa  129  4.0000000000000003e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  32.53 
 
 		 286 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  32.47 
 
 		 286 aa  129  7.000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  31.23 
 
 		 285 aa  129  7.000000000000001e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  30.28 
 
 		 277 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  30.28 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  30.28 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  30.07 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3294  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  35.9 
 
 		 272 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  30.28 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 		 288 aa  126  3e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  31.71 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  32.63 
 
 		 289 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  30.93 
 
 		 311 aa  125  6e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  31.63 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  31.63 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  33.21 
 
 		 283 aa  124  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  31.63 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  30.32 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1455  quinate/shikimate dehydrogenase  31.63 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.118327 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  32.76 
 
 		 276 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  31.63 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  35.56 
 
 		 296 aa  123  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 		 292 aa  122  5e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3713  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 272 aa  123  5e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  31.21 
 
 		 289 aa  122  6e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  30.1 
 
 		 322 aa  122  6e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  31.6 
 
 		 244 aa  122  7e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  30.63 
 
 		 277 aa  122  7e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4662  shikimate 5-dehydrogenase  34.2 
 
 		 274 aa  122  7e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  29.51 
 
 		 290 aa  122  8e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  28.43 
 
 		 311 aa  121  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  30.66 
 
 		 280 aa  121  9.999999999999999e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  30.99 
 
 		 289 aa  122  9.999999999999999e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  30.82 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4248  shikimate 5-dehydrogenase  36.5 
 
 		 272 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4190  shikimate 5-dehydrogenase  36.5 
 
 		 272 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.901815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4283  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 274 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  32.76 
 
 		 290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  33.92 
 
 		 271 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4369  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 274 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.969771  normal  0.143944 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7058  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  34.78 
 
 		 272 aa  120  3e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.228193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  30.63 
 
 		 269 aa  120  3e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  29.93 
 
 		 286 aa  120  3e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4068  shikimate 5-dehydrogenase  36.74 
 
 		 272 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4084  shikimate 5-dehydrogenase  36.74 
 
 		 272 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  30.6 
 
 		 295 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>