More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_1228 on replicon NC_011059
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011059  Paes_1228  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 243 aa  504  9.999999999999999e-143  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000433811  normal  0.0161608 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1025  two component transcriptional regulator  37.77 
 
 		 239 aa  160  2e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.417875  normal  0.0147454 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1540  two component transcriptional regulator  31.54 
 
 		 260 aa  140  3e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0376  two component transcriptional regulator  29.06 
 
 		 240 aa  137  1e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1099  two component transcriptional regulator  32.75 
 
 		 241 aa  134  9e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000014675  normal  0.683329 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2394  two component transcriptional regulator  32.33 
 
 		 255 aa  124  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0518821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0943  two component transcriptional regulator  29.17 
 
 		 257 aa  107  2e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0399291  normal  0.264545 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0108  two component transcriptional regulator  28.26 
 
 		 246 aa  100  3e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.132513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1563  two component transcriptional regulator  29 
 
 		 219 aa  94.7  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.530345  normal  0.450292 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1874  two component transcriptional regulator  26.75 
 
 		 235 aa  90.5  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5142  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.36 
 
 		 224 aa  90.5  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.555028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  26.29 
 
 		 244 aa  89  6e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1282  two component transcriptional regulator  25.33 
 
 		 249 aa  87  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2473  DNA-binding response regulator  24.58 
 
 		 242 aa  86.7  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  24.14 
 
 		 240 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0051  two component transcriptional regulator  31.58 
 
 		 228 aa  86.3  4e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.480932 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3280  two component transcriptional regulator  29.52 
 
 		 241 aa  84.7  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4240  two component transcriptional regulator  30.09 
 
 		 225 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.735778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2176  two component transcriptional regulator  26.38 
 
 		 238 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  27.16 
 
 		 233 aa  84.3  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0474  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  25.99 
 
 		 238 aa  83.2  0.000000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  26.96 
 
 		 239 aa  83.6  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03240  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  27.11 
 
 		 229 aa  83.6  0.000000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.604152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0417  two component transcriptional regulator  30.81 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2671  two component transcriptional regulator  28.25 
 
 		 240 aa  82.8  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.404243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2279  two component transcriptional regulator  23.11 
 
 		 234 aa  82.4  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.957974 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.39 
 
 		 237 aa  82.4  0.000000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0038  two component transcriptional regulator  30.62 
 
 		 228 aa  82  0.000000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000503825 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3730  winged helix family two component transcriptional regulator  25.96 
 
 		 238 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3871  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.27 
 
 		 227 aa  81.6  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000473157  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0155  two component transcriptional regulator  27.11 
 
 		 243 aa  81.6  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0636837 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2033  two component transcriptional regulator  25.96 
 
 		 238 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.649752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0174  two component transcriptional regulator  27.11 
 
 		 243 aa  81.6  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.947413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0165  two component transcriptional regulator  27.11 
 
 		 243 aa  81.6  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  27.75 
 
 		 239 aa  80.9  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  26.18 
 
 		 233 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  26.18 
 
 		 233 aa  80.5  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1679  transcriptional regulatory protein PhoP, putative  29.2 
 
 		 225 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0191  two component transcriptional regulator  28 
 
 		 244 aa  80.1  0.00000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  27.83 
 
 		 235 aa  80.1  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0536  two component transcriptional regulator  25 
 
 		 233 aa  80.1  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0268  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.76 
 
 		 227 aa  80.1  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.509377 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1898  two component transcriptional regulator  25 
 
 		 245 aa  80.1  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00458999  normal  0.479409 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3709  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  29.2 
 
 		 225 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140607 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  26.64 
 
 		 230 aa  79.3  0.00000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  25.44 
 
 		 242 aa  79.7  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5717  putative two-component response regulator  25.64 
 
 		 245 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1322  DNA-binding transcriptional regulator TorR  24.89 
 
 		 234 aa  79.3  0.00000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000612091  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  26.09 
 
 		 236 aa  79.3  0.00000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65880  putative two-component response regulator  25.64 
 
 		 244 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0780512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1748  DNA-binding response regulator  27.83 
 
 		 389 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4606  two component transcriptional regulator, winged helix family  24.89 
 
 		 237 aa  78.6  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4200  two-component response regulator PhoP  29.65 
 
 		 225 aa  78.6  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.96 
 
 		 236 aa  78.6  0.00000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1990  DNA-binding transcriptional regulator TorR  24.79 
 
 		 241 aa  78.6  0.00000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.697946  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0461  two component transcriptional regulator  27.56 
 
 		 248 aa  78.6  0.00000000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.735267  normal  0.697364 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3772  two component transcriptional regulator  23.45 
 
 		 232 aa  78.6  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3045  two component transcriptional regulator  23.45 
 
 		 232 aa  78.6  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2387  DNA-binding response regulator  26.07 
 
 		 236 aa  78.2  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0074  two component transcriptional regulator  26.09 
 
 		 236 aa  77.8  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1198  two component transcriptional regulator  29.65 
 
 		 225 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4198  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.27 
 
 		 226 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  25.86 
 
 		 243 aa  77  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1884  two component transcriptional regulator  27.31 
 
 		 233 aa  77.4  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  24.07 
 
 		 262 aa  77  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49180  two-component response regulator PhoP  29.2 
 
 		 225 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000831037 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0413  putative transcriptional regulatory protein OmpR  25.55 
 
 		 238 aa  77.8  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.16231  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  25.65 
 
 		 240 aa  77  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2345  two component transcriptional regulator  25.96 
 
 		 252 aa  77.4  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000474063  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1186  winged helix family two component transcriptional regulator  29.65 
 
 		 225 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0212  two component transcriptional regulator  23.71 
 
 		 233 aa  77  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0154  response regulator receiver protein  26.41 
 
 		 237 aa  77  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.13097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0209  two component transcriptional regulator, winged helix family  24.89 
 
 		 251 aa  77  0.0000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  26.96 
 
 		 227 aa  77  0.0000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0439  two component transcriptional regulator  28.32 
 
 		 225 aa  76.6  0.0000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000223011  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1563  DNA-binding response regulator  27.35 
 
 		 231 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1359  DNA-binding response regulator  27.35 
 
 		 231 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0838  DNA-binding response regulator  27.35 
 
 		 231 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1588  DNA-binding response regulator  27.35 
 
 		 230 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4230  two component transcriptional regulator  29.65 
 
 		 241 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0641  DNA-binding response regulator  27.35 
 
 		 231 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.381849  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2374  two component transcriptional regulator  30.62 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1975  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.15 
 
 		 236 aa  76.3  0.0000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0515  DNA-binding response regulator  27.35 
 
 		 231 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2983  two component transcriptional regulator, winged helix family  24.68 
 
 		 242 aa  75.9  0.0000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000906081  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  26.05 
 
 		 229 aa  75.9  0.0000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1763  two component transcriptional regulator, winged helix family  24.17 
 
 		 246 aa  75.5  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.809645  normal  0.127578 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1216  two component transcriptional regulator  28.76 
 
 		 225 aa  75.5  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  24.9 
 
 		 275 aa  75.5  0.0000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0723  transcriptional regulator, response regulator  27.56 
 
 		 225 aa  75.5  0.0000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0545  two component transcriptional regulator  22.82 
 
 		 250 aa  75.5  0.0000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6145  two component transcriptional regulator  25.66 
 
 		 228 aa  75.5  0.0000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.788201 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4630  two component transcriptional regulator  26.61 
 
 		 235 aa  75.1  0.0000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0961185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  26.07 
 
 		 231 aa  75.1  0.0000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.02112 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  28.76 
 
 		 227 aa  75.1  0.0000000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1255  two component transcriptional regulator  27.11 
 
 		 227 aa  75.1  0.0000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2802  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  24.26 
 
 		 246 aa  74.3  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3685  two component transcriptional regulator  27.88 
 
 		 223 aa  75.1  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.25223  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2714  putative two-component response regulator  27.88 
 
 		 224 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.681326  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3388  two component transcriptional regulator  27.27 
 
 		 227 aa  74.7  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>