More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_0987 on replicon NC_011059
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
208 aa  435  1e-121  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  86.83 
 
 
219 aa  384  1e-106  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  84.47 
 
 
214 aa  375  1e-103  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0479  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  80.56 
 
 
159 aa  254  9e-67  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.39 
 
 
215 aa  251  6e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2344  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.21 
 
 
208 aa  248  4e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2355  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.21 
 
 
208 aa  248  4e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2460  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.21 
 
 
208 aa  248  4e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0275713  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.21 
 
 
208 aa  247  8e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187406  hitchhiker  0.0000370659 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.8 
 
 
218 aa  247  1e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  57.79 
 
 
208 aa  244  8e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  62.11 
 
 
204 aa  242  3e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  58.29 
 
 
203 aa  241  3.9999999999999997e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.38 
 
 
205 aa  241  5e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  60.1 
 
 
204 aa  238  2.9999999999999997e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.93 
 
 
204 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  59.16 
 
 
227 aa  234  8e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1885  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.31 
 
 
204 aa  233  1.0000000000000001e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.491413  normal  0.0408488 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  60.32 
 
 
222 aa  231  4.0000000000000004e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  56.06 
 
 
215 aa  231  4.0000000000000004e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.73 
 
 
229 aa  231  5e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.29 
 
 
204 aa  229  2e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1848  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.23 
 
 
239 aa  229  2e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2245  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.2 
 
 
212 aa  228  5e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1770  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.73 
 
 
229 aa  228  6e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2114  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.77 
 
 
212 aa  226  2e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.55 
 
 
204 aa  217  1e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4665  exonuclease, putative  47.09 
 
 
204 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.356009  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4300  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.03 
 
 
204 aa  187  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0011109  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  45.99 
 
 
203 aa  179  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5296  DNA-directed DNA polymerase  45.45 
 
 
205 aa  179  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0646344 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.95 
 
 
212 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.95 
 
 
212 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.95 
 
 
212 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.62 
 
 
203 aa  178  7e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.09 
 
 
204 aa  177  1e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2125  DNA polymerase III, epsilon subunit  50 
 
 
203 aa  174  7e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  48.11 
 
 
203 aa  173  9.999999999999999e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.12 
 
 
203 aa  173  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.72 
 
 
205 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.72 
 
 
205 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4768  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.55 
 
 
203 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.392412  hitchhiker  0.00938493 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4781  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.06 
 
 
201 aa  162  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426974  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4643  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.06 
 
 
211 aa  162  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3729  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.34 
 
 
199 aa  158  5e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0049  DNA-directed DNA polymerase  47.4 
 
 
208 aa  158  6e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00111641  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.39 
 
 
210 aa  153  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0016  DNA-directed DNA polymerase  43.72 
 
 
221 aa  142  5e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.22 
 
 
218 aa  141  7e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0097  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.33 
 
 
211 aa  141  8e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0016  DNA-directed DNA polymerase  43.54 
 
 
218 aa  140  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169701  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.7 
 
 
565 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  41.9 
 
 
1407 aa  135  3.0000000000000003e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  37.85 
 
 
1433 aa  124  1e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  41.4 
 
 
181 aa  118  4.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  40.45 
 
 
1397 aa  117  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  39.38 
 
 
180 aa  114  7.999999999999999e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  36.87 
 
 
1444 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  37.5 
 
 
1433 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  39.76 
 
 
168 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  37.5 
 
 
1433 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  37.5 
 
 
1433 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  37.5 
 
 
1433 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  36.42 
 
 
1442 aa  112  4.0000000000000004e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  40.34 
 
 
1367 aa  112  5e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  40.34 
 
 
1367 aa  112  5e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  36.98 
 
 
1433 aa  111  8.000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  37.37 
 
 
1433 aa  111  9e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  37.57 
 
 
970 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.51 
 
 
921 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  39.77 
 
 
1436 aa  110  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  36.84 
 
 
1433 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  36.84 
 
 
1433 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  36.84 
 
 
1433 aa  109  3e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  39.88 
 
 
1426 aa  109  3e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2155  DNA-directed DNA polymerase  38.79 
 
 
180 aa  108  5e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  35.33 
 
 
170 aa  107  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  39.33 
 
 
1438 aa  107  1e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  39.33 
 
 
1438 aa  107  1e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
909 aa  106  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  31.96 
 
 
1449 aa  106  2e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  35.86 
 
 
1388 aa  105  3e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.75 
 
 
196 aa  105  3e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  31.96 
 
 
1449 aa  106  3e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  37.14 
 
 
1433 aa  105  5e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.88 
 
 
721 aa  104  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  35.42 
 
 
1527 aa  104  1e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  35.94 
 
 
1435 aa  104  1e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  38.55 
 
 
601 aa  103  2e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  41.07 
 
 
616 aa  103  2e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.28 
 
 
476 aa  103  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.2 
 
 
769 aa  103  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  37.72 
 
 
570 aa  103  2e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.5 
 
 
595 aa  102  3e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.24 
 
 
631 aa  102  5e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.53 
 
 
205 aa  100  1e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.59 
 
 
453 aa  100  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  39.18 
 
 
1440 aa  100  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.9 
 
 
462 aa  101  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  33.84 
 
 
1365 aa  100  1e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>