297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_rna9 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_rna9  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.475347  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0047  tRNA-Ser  97.85 
 
 		 93 bp  168  1e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00947013  normal  0.245138 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0008  tRNA-Ser  94.62 
 
 		 93 bp  145  2e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.183333  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0008  tRNA-Ser  94.62 
 
 		 93 bp  145  2e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  90.32 
 
 		 93 bp  113  8.000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  90.32 
 
 		 93 bp  113  8.000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 93 bp  111  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 95 bp  111  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 95 bp  111  3e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer02  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 97 bp  107  5e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0015  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 93 bp  105  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  90.32 
 
 		 94 bp  105  2e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0656  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 95 bp  105  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  90.32 
 
 		 92 bp  105  2e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0072  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 93 bp  95.6  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00236568  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0025  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 93 bp  95.6  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00144133  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0027  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 93 bp  95.6  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0021  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 93 bp  95.6  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.724963  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0203  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 93 bp  95.6  2e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.829329  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  93.24 
 
 		 93 bp  91.7  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  93.15 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 93 bp  89.7  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 92 bp  89.7  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  89.04 
 
 		 94 bp  81.8  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0043  tRNA-Ser  91.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.710531 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0045  tRNA-Ser  89.25 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0076  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 93 bp  79.8  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000654825  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0078  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 93 bp  79.8  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000727042  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0075  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00050  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000206027  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0020  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.35698e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3291  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 95 bp  75.8  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.24422e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0024  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000116075  hitchhiker  0.00382686 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3011  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 95 bp  75.8  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00423056  hitchhiker  0.0000219403 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3027  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 95 bp  75.8  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000838388  decreased coverage  0.00000641147 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0031  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000107168  unclonable  0.00000000962394 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3941  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 95 bp  75.8  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000307752  normal  0.728872 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0074  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000641426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4692  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 95 bp  75.8  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.17965e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5063  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000188963  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2944  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 95 bp  75.8  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000934837  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2976  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 95 bp  75.8  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000227205  decreased coverage  0.0000509713 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3134  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 95 bp  75.8  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000254951  hitchhiker  0.00502595 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2817  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 95 bp  75.8  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000020425  hitchhiker  0.000210656 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0008  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.1071  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0039  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000174136  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  87.34 
 
 		 95 bp  69.9  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0068  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 96 bp  67.9  0.0000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0021  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.690365 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3130t  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0038  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0662946  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0030  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.924636  hitchhiker  0.0000671123 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0029  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.373926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0060  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0006  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.214474  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0030  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0033  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0043  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.626616  normal  0.0403391 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3128t  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0021  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.753643 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  85.54 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna107  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000883231  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna105  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000135439  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4314  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.650713  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 94 bp  60  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03505  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03508  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0007  tRNA-Ser  84.42 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.12584  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  84.42 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 88 bp  56  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 88 bp  56  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 92 bp  56  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0010  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.710813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0037  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675311 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0657  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.96086  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 92 bp  56  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0010  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.600875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 92 bp  56  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 92 bp  56  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>