More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_rna52 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_r00010  16S ribosomal RNA  86.59 
 
 		 1542 bp  1136    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00367496  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00014  16S ribosomal RNA  86.59 
 
 		 1542 bp  1136    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0514001  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00017  16S ribosomal RNA  86.59 
 
 		 1542 bp  1136    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0241491  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0078  16S ribosomal RNA  86.59 
 
 		 1530 bp  1136    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000571707  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SA  16S ribosomal RNA  87.79 
 
 		 1518 bp  1364    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00652559  hitchhiker  0.0000964592 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SB  16S ribosomal RNA  87.79 
 
 		 1518 bp  1364    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SC  16S ribosomal RNA  87.72 
 
 		 1518 bp  1356    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0265668  normal  0.0523023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SD  16S ribosomal RNA  87.72 
 
 		 1518 bp  1356    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0245595  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SE  16S ribosomal RNA  87.72 
 
 		 1518 bp  1356    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0197165  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SF  16S ribosomal RNA  87.79 
 
 		 1518 bp  1364    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.229046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SG  16S ribosomal RNA  87.79 
 
 		 1518 bp  1364    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SA  16S ribosomal RNA  86.81 
 
 		 1473 bp  1277    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00145569  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SB  16S ribosomal RNA  86.81 
 
 		 1473 bp  1277    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000158044  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r001  16S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 1529 bp  1205    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r004  16S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 1529 bp  1207    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r007  16S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 1529 bp  1197    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r012  16S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 1529 bp  1207    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r015  16S ribosomal RNA  85.24 
 
 		 1529 bp  1197    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r018  16S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 1529 bp  1205    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r021  16S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 1529 bp  1207    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r024  16S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 1529 bp  1207    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r027  16S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 1529 bp  1205    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r01  16S ribosomal RNA  86.25 
 
 		 1518 bp  1322    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.380261  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r04  16S ribosomal RNA  86.25 
 
 		 1518 bp  1322    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00569348  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r07  16S ribosomal RNA  86.25 
 
 		 1518 bp  1322    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247431  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r12  16S ribosomal RNA  86.25 
 
 		 1518 bp  1322    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103898  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r15  16S ribosomal RNA  86.25 
 
 		 1518 bp  1322    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.011004  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr01  16S ribosomal RNA  85.43 
 
 		 1509 bp  1225    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr04  16S ribosomal RNA  85.43 
 
 		 1509 bp  1225    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr09  16S ribosomal RNA  85.43 
 
 		 1509 bp  1225    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr01  16S ribosomal RNA  85.5 
 
 		 1509 bp  1233    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr04  16S ribosomal RNA  85.45 
 
 		 1509 bp  1227    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr09  16S ribosomal RNA  85.56 
 
 		 1509 bp  1241    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA13  16S ribosomal RNA  87.3 
 
 		 1538 bp  1459    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000640223  normal  0.0141696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA4  16S ribosomal RNA  87.3 
 
 		 1538 bp  1459    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0210262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA52  16S ribosomal RNA  87.3 
 
 		 1538 bp  1459    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  0.412954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA74  16S ribosomal RNA  87.24 
 
 		 1538 bp  1451    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000835671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA83  16S ribosomal RNA  87.24 
 
 		 1538 bp  1451    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000117688  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0010  16S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 1491 bp  1296    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000216125  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0028  16S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 1491 bp  1296    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0022269  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R1  16S ribosomal RNA  87.79 
 
 		 1527 bp  1364    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000539443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R12  16S ribosomal RNA  87.94 
 
 		 1527 bp  1380    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000170255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R41  16S ribosomal RNA  87.94 
 
 		 1527 bp  1380    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000365903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R60  16S ribosomal RNA  87.94 
 
 		 1527 bp  1380    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000806455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R81  16S ribosomal RNA  87.94 
 
 		 1527 bp  1380    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231997  normal  0.0102575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R94  16S ribosomal RNA  87.94 
 
 		 1527 bp  1380    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000210152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0013  16S ribosomal RNA  87.55 
 
 		 1495 bp  1239    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000161102  normal  0.413867 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0043  16S ribosomal RNA  87.35 
 
 		 1534 bp  1245    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000126976  normal  0.0100443 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0001  16S ribosomal RNA  84.76 
 
 		 1535 bp  1160    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000556781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0007  16S ribosomal RNA  84.81 
 
 		 1535 bp  1162    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000706702  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0015  16S ribosomal RNA  84.93 
 
 		 1535 bp  1191    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120948  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0044  16S ribosomal RNA  84.94 
 
 		 1533 bp  1172    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000361532  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0107  16S ribosomal RNA  84.76 
 
 		 1535 bp  1160    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000137166  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0119  16S ribosomal RNA  84.94 
 
 		 1533 bp  1172    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133633  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0122  16S ribosomal RNA  84.87 
 
 		 1535 bp  1183    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0472105  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0127  16S ribosomal RNA  84.87 
 
 		 1535 bp  1183    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.015081  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0055  16S ribosomal RNA  85.02 
 
 		 1474 bp  1120    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000172207  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0079  16S ribosomal RNA  85.02 
 
 		 1474 bp  1120    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000533753  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0001  16S ribosomal RNA  85.58 
 
 		 1535 bp  1251    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000282718  hitchhiker  0.000910883 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0007  16S ribosomal RNA  85.4 
 
 		 1535 bp  1203    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000150491  normal  0.406366 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0016  16S ribosomal RNA  85.46 
 
 		 1535 bp  1211    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00201681  hitchhiker  0.0000000136741 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0071  16S ribosomal RNA  85.52 
 
 		 1535 bp  1233    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00148247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0123  16S ribosomal RNA  85.61 
 
 		 1535 bp  1219    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0163335  normal  0.34966 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0132  16S ribosomal RNA  85.46 
 
 		 1535 bp  1211    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261242  normal  0.0671955 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0136  16S ribosomal RNA  85.4 
 
 		 1535 bp  1203    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000885648  hitchhiker  0.000140032 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0140  16S ribosomal RNA  85.46 
 
 		 1535 bp  1211    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00248839  normal  0.547637 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0143  16S ribosomal RNA  85.52 
 
 		 1535 bp  1243    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000577207  normal  0.0309772 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0001  16S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 1535 bp  1203    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00134291  hitchhiker  0.00347665 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0007  16S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 1535 bp  1219    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0064778  normal  0.0127919 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0016  16S ribosomal RNA  85.57 
 
 		 1535 bp  1249    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00459376  normal  0.131368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0020  16S ribosomal RNA  85.61 
 
 		 1535 bp  1229    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000189863  hitchhiker  0.00241785 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0026  16S ribosomal RNA  85.74 
 
 		 1535 bp  1235    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0396739  normal  0.0702195 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0071  16S ribosomal RNA  85.61 
 
 		 1535 bp  1229    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00107251  normal  0.159667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0123  16S ribosomal RNA  85.59 
 
 		 1535 bp  1227    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00322133  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0141  16S ribosomal RNA  85.68 
 
 		 1535 bp  1227    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00125257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0144  16S ribosomal RNA  85.68 
 
 		 1535 bp  1237    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0816172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0004  16S ribosomal RNA  89.08 
 
 		 1532 bp  1437    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000674395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0009  16S ribosomal RNA  89.08 
 
 		 1532 bp  1437    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0161785  normal  0.0703142 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0001  16S ribosomal RNA  85.21 
 
 		 1535 bp  1211    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000442431  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0004  16S ribosomal RNA  85.22 
 
 		 1535 bp  1207    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000248814  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0013  16S ribosomal RNA  85.21 
 
 		 1535 bp  1211    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000146432  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0027  16S ribosomal RNA  85.21 
 
 		 1535 bp  1211    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000222685  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0030  16S ribosomal RNA  85.21 
 
 		 1535 bp  1211    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000656968  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0061  16S ribosomal RNA  85.21 
 
 		 1535 bp  1211    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000486947  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0121  16S ribosomal RNA  85.21 
 
 		 1535 bp  1211    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000475957  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0128  16S ribosomal RNA  85.21 
 
 		 1535 bp  1211    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000157224  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0133  16S ribosomal RNA  85.21 
 
 		 1535 bp  1211    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000510938  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08570  16S ribosomal RNA  85.66 
 
 		 1526 bp  1243    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0337059  hitchhiker  0.00000000146404 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55637  16S ribosomal RNA  85.66 
 
 		 1526 bp  1243    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00734417  normal  0.40979 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62090  16S ribosomal RNA  85.66 
 
 		 1526 bp  1243    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.116263  normal  0.0197607 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70910  16S ribosomal RNA  85.66 
 
 		 1526 bp  1243    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.135781 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0001  16S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 1555 bp  1257    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112036  hitchhiker  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0007  16S ribosomal RNA  85.37 
 
 		 1555 bp  1225    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0012678  normal  0.693673 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0016  16S ribosomal RNA  85.44 
 
 		 1555 bp  1233    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0251895  hitchhiker  0.00000000270434 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0069  16S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 1555 bp  1251    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00426901  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0120  16S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 1555 bp  1251    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0520691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0130  16S ribosomal RNA  85.58 
 
 		 1555 bp  1235    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0100831  normal  0.116315 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0136  16S ribosomal RNA  85.58 
 
 		 1555 bp  1235    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000629377  hitchhiker  0.000146985 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0140  16S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 1555 bp  1257    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00908549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0143  16S ribosomal RNA  85.85 
 
 		 1555 bp  1259    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.328707  normal  0.910288 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>