104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_rna41 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_rna41  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0027  tRNA-Val  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0025  tRNA-Val  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0254254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0027  tRNA-Val  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0032  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000419269  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0033  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.166955 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2843  hypothetical protein  89.86 
 
 		 399 bp  81.8  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0331098  normal  0.0204354 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0054  tRNA-Val  89.86 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.041835  normal  0.0189876 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0021  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0415147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0100  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0050  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.260163  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0048  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.117873  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0049  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.443386 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0050  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0050  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293545  normal  0.0134461 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0011  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0058  tRNA-Val  89.04 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.400004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0506  tRNA-Val  89.04 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000210489  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1639  tRNA-Val  89.04 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.42917e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0016  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0267125  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0036  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.429203  normal  0.313017 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0013  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.557667  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0059  tRNA-Val  92.16 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412801  normal  0.045511 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0026  tRNA-Val  86.96 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.218598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0023  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0696683  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0032  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0382858 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0031  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000744729  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0015  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0394069 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0035  tRNA-Val  86.57 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.55919  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0014  tRNA-Val  90.2 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.509496  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0025  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000570702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0038  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000120227  normal  0.246953 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0053  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0043  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000280883  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0036  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000106131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0026  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000263702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0040  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000028212  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0036  tRNA-Val  86.11 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0051  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0408927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0014  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.20827  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0020  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000221319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0023  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109055  hitchhiker  0.00000350688 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0026  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00233079  normal  0.0590774 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0028  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840048 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0026  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.445313  normal  0.0911623 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0033  tRNA-Val  89.13 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.929932 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0058  tRNA-Val  84.06 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000337816  normal  0.447594 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-1  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00200335  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02886  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.96324  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.752155  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1826  hypothetical protein  84.21 
 
 		 378 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt21  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1822  hypothetical protein  84.21 
 
 		 367 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt21  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2476  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0044  tRNA-Val  91.67 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0054  tRNA-Val  91.67 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.282022  normal  0.126583 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2123  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0005  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.826199  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0037  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104744  normal  0.385221 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0039  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.654664  normal  0.302741 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0017  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1953  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3351  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0607256  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2318  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0283125  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2359  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1228  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0026  tRNA-Val  84.72 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0014  tRNA-Val  88.64 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0004  tRNA-Val  90 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0044  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0045  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00029215  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0028  tRNA-Val  84.72 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0042  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.408267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0022  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.692684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0020  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0249185  hitchhiker  0.00249648 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0005  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0005  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0024  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.409216  normal  0.339151 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0027  tRNA-Val  93.33 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0045  tRNA-Val  93.33 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.106461  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAValVIMSS1309068  tRNA-Val  93.33 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAValVIMSS1309119  tRNA-Val  93.33 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.255702  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309186  tRNA-Val  93.33 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.8123 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAValVIMSS1309272  tRNA-Val  93.33 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAValVIMSS1309144  tRNA-Val  93.33 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0213338  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0064  tRNA-Val  91.18 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.614158  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0065  tRNA-Val  91.18 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAValVIMSS1309362  tRNA-Val  93.33 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0012  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.734226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0025  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.962727  normal  0.312894 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0022  tRNA-Val  93.33 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.520763  normal  0.905572 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>