297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_rna37 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010513  Xfasm12_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0012  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  89.7  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.331277  normal  0.288607 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0001  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121503  normal  0.0171671 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00022  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.183053  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0051  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000257936  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0053  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297179  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1064  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt17  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0064  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.138222 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2774  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.12292  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4664  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.016683  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2101  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.995337 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0066  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.355843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0955  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.220816  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2057  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.411321  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1015  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2238  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2776  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00819778  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4662  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0024856  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1229  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1045  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00618881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5027  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0044  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0279967  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1049  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0942593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1199  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.754865 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1244  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.423353 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2240  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.247872 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1410  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.183111 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5025  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000128113  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0043  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027845  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0983  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.55277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0060  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.472015 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  86.02 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0287  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000949487  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0018  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0208522  hitchhiker  0.00000010286 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t30  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0022  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0040  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.851223  normal  0.588712 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0073  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000286061  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0082  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.338045  normal  0.030593 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0059  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00206074  hitchhiker  0.00144451 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0060  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000793536  hitchhiker  0.00142352 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0051  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.656743  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna125  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.714037  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t28  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0189168  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t084  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0175155  normal  0.0606382 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0022  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.058085  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA35  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.189455  normal  0.46537 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0057  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159641  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0059  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00759198  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2453  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0023  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0043  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00175988  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0048  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer01  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0568907  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0048  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0049  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000614407  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4234  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4233  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0064  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000759704  normal  0.0478316 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1356  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00596474  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01622  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 85 bp  69.9  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0040  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.469236  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0064  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.019452  normal  0.0125839 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0007  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0166763  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3166t  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.197881  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0002  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.320544  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0134  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.756856  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R29  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.274063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0086  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0207844  normal  0.661089 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>