260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_rna36 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_R0073  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna36  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0048  tRNA-Gly  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0048  tRNA-Gly  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0003  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0005  tRNA-Gly  95.83 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0046  tRNA-Gly  95.83 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0027  tRNA-Gly  95.83 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  95.74 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.555629  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0025  tRNA-Gly  95.74 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.633427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0061  tRNA-Gly  95.74 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.944304  normal  0.76215 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3118  tRNA-Gly  95.74 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3090  tRNA-Gly  95.74 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.20543  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1514  tRNA-Gly  95.74 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0267785  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2036  tRNA-Gly  95.74 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0008  tRNA-Gly  95.74 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0353733  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0035  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.987391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0025  tRNA-Gly  95.74 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0025  tRNA-Gly  95.74 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.458906 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0024  tRNA-Gly  95.74 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0781725  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0744  tRNA-Gly  95.74 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2577  tRNA-Gly  95.74 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3055  tRNA-Gly  95.74 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.379519  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0030  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0538391 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0003  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0074  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000352958  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0023  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.333471 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0012  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.286348 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0002    87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462188  normal  0.531526 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0044  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000265162  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4305  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19030  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA7  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151828 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0014  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0069  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.448955  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0073  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.655574 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0022  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.274402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0004  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0024  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.663952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0049  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.83946 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0010  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0009  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.256172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0058  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0028  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0059  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000597216  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0007  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0057  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0022  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS01509  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.555954  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0004  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0033  tRNA-Gly  95.45 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.544366 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0065  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.254895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0046  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.837906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0003  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.856118  normal  0.0346282 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0045  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0153561 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0701067  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0034  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0062  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0121694  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0011  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  2.9187400000000002e-24  normal  0.0779261 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0006  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.328073  hitchhiker  0.00695117 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000110087  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0002  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0003  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.564977  normal  0.743111 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0025  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000880116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0014  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.030133  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0021  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000145093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0012  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0003  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4556  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0053  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0022  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.928948 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4794  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0025  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0712704 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0021  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.829882 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2370  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00487087  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0025  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.896099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14027  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0040  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.983411  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0016  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00107854  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0090  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4697  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00274412  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3796  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000000939303  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0030  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0031  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0043  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0003  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5067  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0063  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0049  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000210611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0078  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000230991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0058  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0056  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.661302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3188  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000469441  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0013  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000407891  normal  0.589115 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0055  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.273578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0067  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.38974  normal  0.157236 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1904  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000012603  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0018  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.268435  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>