More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_04173 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_04080  D-alanine/D-serine/glycine transporter  68.33 
 
 		 470 aa  634    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000357991  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04043  hypothetical protein  68.33 
 
 		 470 aa  634    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000255427  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3785  amino acid permease-associated region  68.33 
 
 		 470 aa  634    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000255253  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0405  D-alanine/D-serine/glycine permease  85.16 
 
 		 457 aa  709    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0728357 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4840  D-alanine/D-serine/glycine permease  74.09 
 
 		 468 aa  671    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.317801  normal  0.122354 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4816  D-alanine/D-serine/glycine permease  69.23 
 
 		 469 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.343115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1825  D-alanine/D-serine/glycine permease  72.31 
 
 		 466 aa  642    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.20063 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4776  D-alanine/D-serine/glycine permease  68.33 
 
 		 470 aa  634    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471149  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4718  D-alanine/D-serine/glycine permease  74.32 
 
 		 468 aa  672    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0967735  normal  0.0466612 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0378  D-alanine/D-serine/glycine permease  68.78 
 
 		 469 aa  638    Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000253333  normal  0.311262 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4896  D-alanine/D-serine/glycine permease  73.18 
 
 		 473 aa  661    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.673653  normal  0.259186 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4632  D-alanine/D-serine/glycine permease  73.64 
 
 		 468 aa  668    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.75325  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5725  D-alanine/D-serine/glycine permease  68.33 
 
 		 470 aa  634    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00067927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04173  D-alanine/D-serine/glycine permease  100 
 
 		 440 aa  873    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2672  D-alanine/D-serine/glycine permease  71.92 
 
 		 470 aa  641    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.164346  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3739  D-alanine/D-serine/glycine permease  75.23 
 
 		 482 aa  649    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0151839  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4676  D-alanine/D-serine/glycine permease  69.23 
 
 		 469 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00205284  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3798  D-alanine/D-serine/glycine permease  68.33 
 
 		 470 aa  634    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000560112  normal  0.948087 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2608  D-alanine/D-serine/glycine permease  72.89 
 
 		 487 aa  641    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.737465 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4666  D-alanine/D-serine/glycine permease  69.23 
 
 		 469 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0386097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1591  D-alanine/D-serine/glycine permease  72.37 
 
 		 470 aa  647    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.892948  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4759  D-alanine/D-serine/glycine permease  69.09 
 
 		 467 aa  642    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.329595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4794  D-alanine/D-serine/glycine permease  69.09 
 
 		 467 aa  642    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.489012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3098  D-alanine/D-serine/glycine permease  71.75 
 
 		 474 aa  647    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4749  D-alanine/D-serine/glycine permease  68.33 
 
 		 470 aa  634  1e-180  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000228678  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2045  D-alanine/D-serine/glycine permease  71.75 
 
 		 471 aa  632  1e-180  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00488299  normal  0.01176 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2361  D-alanine/D-serine/glycine permease  71.75 
 
 		 474 aa  632  1e-180  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.149802  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2259  D-alanine/D-serine/glycine permease  71.75 
 
 		 471 aa  632  1e-180  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.046598  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4458  D-alanine/D-serine/glycine permease  68.64 
 
 		 467 aa  634  1e-180  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000362617  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4685  D-alanine/D-serine/glycine permease  68.41 
 
 		 467 aa  618  1e-176  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000407821  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1516  amino acid permease-associated region  71.4 
 
 		 469 aa  613  9.999999999999999e-175  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.413789  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1448  amino acid permease-associated region  70.78 
 
 		 473 aa  600  1e-170  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30130  gamma-aminobutyrate permease-like transporter  67.58 
 
 		 503 aa  575  1.0000000000000001e-163  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.362555 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0983  amino acid permease-associated region  65.99 
 
 		 473 aa  570  1e-161  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.604277  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0916  D-serine/D-alanine/glycine transporter  63.49 
 
 		 466 aa  567  1e-160  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.104508  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3773  amino acid permease-associated region  61.82 
 
 		 502 aa  553  1e-156  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4275  amino acid permease-associated region  61.28 
 
 		 467 aa  544  1e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0539  amino acid permease-associated region  64.22 
 
 		 513 aa  524  1e-147  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11719  D-serine/alanine/glycine transporter protein cycA  60 
 
 		 556 aa  498  1e-139  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.636709  normal  0.17883 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2200  amino acid permease-associated region  56.98 
 
 		 467 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2472  amino acid permease-associated region  55.33 
 
 		 485 aa  475  1e-133  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3611  amino acid permease-associated region  58.5 
 
 		 493 aa  477  1e-133  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0051  amino acid permease family protein  59.68 
 
 		 467 aa  464  9.999999999999999e-131  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.450318  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1260  amino acid permease family protein  53.53 
 
 		 452 aa  467  9.999999999999999e-131  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0056  amino acid permease family protein  59.68 
 
 		 467 aa  467  9.999999999999999e-131  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1753  amino acid permease-associated region  54.02 
 
 		 453 aa  458  9.999999999999999e-129  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0124899  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1787  amino acid permease-associated region  54.02 
 
 		 453 aa  458  9.999999999999999e-129  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2394  amino acid permease-associated region  52.86 
 
 		 472 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2017  amino acid permease family protein  49.89 
 
 		 458 aa  448  1e-125  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.000181843  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2142  amino acid permease family protein  47.61 
 
 		 459 aa  444  1e-123  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2513  amino acid permease-associated region  50.45 
 
 		 469 aa  440  9.999999999999999e-123  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0665501  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2464  amino acid permease-associated region  50.45 
 
 		 469 aa  440  9.999999999999999e-123  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.025431  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4992  amino acid permease-associated region  44.67 
 
 		 475 aa  397  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0100  amino acid permease-associated region  47.82 
 
 		 449 aa  384  1e-105  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000148817  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0103  gamma-aminobutyrate permease related permease  47.6 
 
 		 449 aa  378  1e-104  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000103198  hitchhiker  0.00000046337 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1301  amino acid permease-associated region  47.14 
 
 		 448 aa  377  1e-103  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0762  amino acid permease family protein  43.78 
 
 		 463 aa  370  1e-101  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.561238  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0821  amino acid permease family protein  43.78 
 
 		 463 aa  370  1e-101  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000433182  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0748  amino acid permease family protein  43.78 
 
 		 463 aa  368  1e-100  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000194828 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0659  amino acid permease family protein  43.78 
 
 		 463 aa  368  1e-100  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000492464  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0603  amino acid permease; proline-specific permease  43.78 
 
 		 463 aa  367  1e-100  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000034111  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0604  amino acid permease; proline-specific permease  43.78 
 
 		 463 aa  368  1e-100  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000017445  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0693  amino acid permease family protein  43.78 
 
 		 463 aa  368  1e-100  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.890997  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0725  amino acid permease family protein  43.55 
 
 		 463 aa  366  1e-100  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.050872  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0663  gamma-aminobutyrate permease related permease  44.44 
 
 		 457 aa  367  1e-100  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3525  amino acid permease-associated region  43.67 
 
 		 462 aa  365  1e-100  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3389  amino acid permease-associated region  42.86 
 
 		 464 aa  364  2e-99  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4610  amino acid permease family protein  43.09 
 
 		 463 aa  362  5.0000000000000005e-99  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000638139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0584  amino acid permease-associated region  43.78 
 
 		 463 aa  362  9e-99  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000395475  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4894  amino acid permease-associated region  43.51 
 
 		 459 aa  362  1e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0608  amino acid permease-associated region  42.86 
 
 		 463 aa  360  2e-98  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000166726  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1646  amino acid transporter  44.34 
 
 		 460 aa  354  1e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.815643  normal  0.134679 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5984  amino acid permease-associated region  44.11 
 
 		 460 aa  354  2e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3996  amino acid permease-associated region  44.11 
 
 		 460 aa  354  2e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4371  amino acid permease-associated region  44.11 
 
 		 460 aa  354  2e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5031  amino acid ABC transporter permease  44.21 
 
 		 467 aa  349  5e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.912254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0172  amino acid permease-associated region  44.44 
 
 		 468 aa  349  5e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4905  amino acid permease-associated region  43.98 
 
 		 467 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.963785  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1480  amino acid permease  44.7 
 
 		 462 aa  347  2e-94  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000231717  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2440  amino acid permease  42.27 
 
 		 461 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1560  amino acid permease  41.91 
 
 		 461 aa  347  2e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0433  amino acid permease-associated region  43.98 
 
 		 467 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.537388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1170  amino acid permease  42.27 
 
 		 485 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.247985  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0717  amino acid permease  42.92 
 
 		 447 aa  344  2e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3129  amino acid permease  42.46 
 
 		 468 aa  344  2e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0745  amino acid permease  42.92 
 
 		 447 aa  344  2e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.527192  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1709  amino acid permease  42.92 
 
 		 447 aa  344  2e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5081  amino acid permease-associated region  43.52 
 
 		 467 aa  343  4e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0324065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4250  amino acid permease-associated region  43.65 
 
 		 471 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.254584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0803  amino acid permease-associated region  42.69 
 
 		 463 aa  342  5.999999999999999e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0480085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2459  amino acid permease-associated region  40.72 
 
 		 462 aa  342  5.999999999999999e-93  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167644  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2091  amino acid permease-associated region  41.88 
 
 		 455 aa  342  9e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.180943  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3101  putative proline-specific permease  41.36 
 
 		 450 aa  341  2e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4834  amino acid permease-associated region  43.32 
 
 		 458 aa  341  2e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.558883 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0036  amino acid permease  42.55 
 
 		 468 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0439  putative proline-specific permease  42.89 
 
 		 476 aa  341  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.37513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0445  putative proline-specific permease  42.89 
 
 		 476 aa  340  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3814  amino acid permease  42.55 
 
 		 468 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.756679  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1244  proline-specific permease  41.59 
 
 		 485 aa  341  2e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3874  amino acid permease  42.55 
 
 		 468 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>