More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_04155 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  100 
 
 
874 aa  1764    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2409  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.16 
 
 
729 aa  348  3e-94  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.798311  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4331  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.43 
 
 
921 aa  280  8e-74  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.153837  normal  0.0586924 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.25 
 
 
624 aa  276  1.0000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.533876  normal  0.201744 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2007  putative PAS/PAC sensor protein  31.78 
 
 
692 aa  235  3e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.259838  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6160  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.39 
 
 
1007 aa  196  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.2 
 
 
1363 aa  192  2e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  27.83 
 
 
1002 aa  190  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  28.99 
 
 
1001 aa  187  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  28.74 
 
 
1041 aa  182  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4311  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.43 
 
 
1291 aa  181  5.999999999999999e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  29.37 
 
 
1016 aa  181  7e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2307  mase1 domain family  32.1 
 
 
998 aa  174  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2351  mase1 domain family protein  31.02 
 
 
998 aa  173  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.659224  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  40.35 
 
 
542 aa  173  1e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.59 
 
 
465 aa  173  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2470  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.53 
 
 
719 aa  173  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357603 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2251  PAS domain protein  31.48 
 
 
998 aa  173  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2358  mase1 domain family  31.02 
 
 
998 aa  172  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.922212 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  46.33 
 
 
321 aa  171  4e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1967  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.47 
 
 
1026 aa  171  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2406  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.88 
 
 
1301 aa  169  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0361  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.27 
 
 
1254 aa  169  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.63 
 
 
1109 aa  168  2.9999999999999998e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0904197  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0716  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.87 
 
 
801 aa  168  5e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.317239  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  28.04 
 
 
897 aa  168  5e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6905  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.17 
 
 
635 aa  167  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.2 
 
 
1550 aa  165  4.0000000000000004e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.72 
 
 
1338 aa  161  4e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3905  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.4 
 
 
893 aa  161  6e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.801054  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3792  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.4 
 
 
893 aa  161  6e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.226695 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25 
 
 
827 aa  159  2e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0375  hypothetical protein  31.17 
 
 
972 aa  158  4e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02522  putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase (GGDEF & EAL domains) with PAS/PAC sensor(s) and Response Regulator  28.71 
 
 
427 aa  157  7e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.72 
 
 
326 aa  157  8e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.08 
 
 
506 aa  157  8e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2107  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  26.94 
 
 
617 aa  156  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00105125  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0250  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.83 
 
 
972 aa  156  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.641006  normal  0.187635 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2455  diguanylate cyclase  34.64 
 
 
699 aa  155  2e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  25.89 
 
 
1079 aa  156  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  47.62 
 
 
401 aa  155  2.9999999999999998e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1797  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.9 
 
 
1419 aa  154  8.999999999999999e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  26.78 
 
 
604 aa  153  1e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00702406  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01984  hypothetical protein  29.6 
 
 
898 aa  152  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.931378  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0099  signal transduction histidine kinase-like protein  30.7 
 
 
938 aa  152  2e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.878773 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.14 
 
 
321 aa  152  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.47 
 
 
769 aa  153  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.38 
 
 
1309 aa  152  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0620  signal transduction histidine kinase  30.5 
 
 
725 aa  152  4e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.23 
 
 
837 aa  151  6e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3195  sensor histidine kinase  45.16 
 
 
438 aa  150  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211172  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.7 
 
 
599 aa  150  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3060  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  46.25 
 
 
442 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  42.69 
 
 
343 aa  149  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4179  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.65 
 
 
446 aa  148  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.206948  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4291  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.65 
 
 
446 aa  148  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.64 
 
 
844 aa  147  8.000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.88 
 
 
972 aa  147  9e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.45 
 
 
925 aa  146  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0429  signal transduction histidine kinase  28.82 
 
 
1093 aa  146  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0440  signal transduction histidine kinase  28.82 
 
 
1093 aa  146  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.790224  normal  0.127185 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5751  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
662 aa  146  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2014  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.99 
 
 
904 aa  145  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.48 
 
 
640 aa  145  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  48.41 
 
 
341 aa  145  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  46.45 
 
 
316 aa  144  5e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2310  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  39.05 
 
 
400 aa  144  5e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.40578 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2169  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.5 
 
 
722 aa  144  6e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0648584  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.83 
 
 
953 aa  144  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5521  PAS:GGDEF  35.71 
 
 
663 aa  143  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4442  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.17 
 
 
1267 aa  143  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.41 
 
 
905 aa  144  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  41.61 
 
 
320 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  32.03 
 
 
1047 aa  143  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.152528  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  34.63 
 
 
497 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  31.49 
 
 
1047 aa  143  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.603793  normal  0.591711 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4345  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  28.46 
 
 
890 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5665  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.34 
 
 
345 aa  143  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1117  PAS sensor protein  32.25 
 
 
500 aa  142  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.37 
 
 
1369 aa  142  3e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.73 
 
 
737 aa  142  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2479  putative GAF sensor protein  40.46 
 
 
363 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301075  normal  0.376583 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.23 
 
 
319 aa  141  4.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.51 
 
 
323 aa  141  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4543  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  42.77 
 
 
607 aa  140  7e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38768  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  30.77 
 
 
1494 aa  140  8.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.65 
 
 
878 aa  140  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3258  sensory box protein  28.72 
 
 
1206 aa  140  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3974  signal transduction histidine kinase  34.27 
 
 
635 aa  140  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0272817 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  34.07 
 
 
732 aa  140  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.75 
 
 
953 aa  140  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1267  signal transduction histidine kinase  32.25 
 
 
500 aa  139  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.19 
 
 
1262 aa  139  2e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2737  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.79 
 
 
951 aa  139  2e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000925868 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.97 
 
 
348 aa  139  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  43.67 
 
 
327 aa  139  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.97 
 
 
348 aa  139  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2590  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.78 
 
 
1959 aa  139  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0694001 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  51.9 
 
 
934 aa  139  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2683  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.12 
 
 
1358 aa  139  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.117306 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>