98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_04054 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010717  PXO_04054  LysM domain protein  100 
 
 
366 aa  745  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3586  Peptidoglycan-binding LysM  64.23 
 
 
377 aa  461  1e-128  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1930  hypothetical protein  61.33 
 
 
384 aa  434  1e-120  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1866  peptidoglycan-binding LysM  61.07 
 
 
384 aa  432  1e-120  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0194  peptidoglycan-binding LysM  34.62 
 
 
383 aa  188  1e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00210  lysin domain-containing protein  35.07 
 
 
341 aa  185  1e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0120002  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0056  peptidoglycan-binding LysM  33.77 
 
 
345 aa  185  1e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0021  hypothetical protein  34.52 
 
 
341 aa  183  4e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.156222  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0022  hypothetical protein  33.51 
 
 
352 aa  179  5e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.124597  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0044  peptidoglycan-binding LysM  32.78 
 
 
338 aa  179  6e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00180  peptidoglycan-binding LysM protein  31.1 
 
 
341 aa  169  8e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0309659  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0018  peptidoglycan-binding LysM  31.06 
 
 
341 aa  169  8e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  1.9767e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0020  peptidoglycan-binding LysM  32.88 
 
 
341 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0176  LysM domain protein  32.33 
 
 
341 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2842  LysM domain-containing protein  34.46 
 
 
341 aa  161  1e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2274  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  32.23 
 
 
389 aa  158  2e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00514615 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2519  hypothetical protein  31.69 
 
 
345 aa  156  6e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3735  peptidoglycan-binding LysM  31.64 
 
 
365 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.315042  hitchhiker  0.00230648 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0044  LysM domain-containing protein  31.04 
 
 
346 aa  154  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.764087  normal  0.149636 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2087  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  30.71 
 
 
393 aa  154  2e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3013  peptidoglycan-binding LysM  32.04 
 
 
345 aa  154  2e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2649  hypothetical protein  31.69 
 
 
345 aa  152  1e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0039  peptidoglycan-binding LysM  31.28 
 
 
369 aa  151  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.357546 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2629  peptidoglycan-binding LysM  29.41 
 
 
338 aa  150  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.829323  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0036  peptidoglycan-binding LysM  32.49 
 
 
367 aa  148  2e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.971795  normal  0.107314 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0282  putative signal peptide protein  30.89 
 
 
387 aa  146  5e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0025  peptidoglycan-binding LysM  31.44 
 
 
368 aa  146  6e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0188  peptidoglycan-binding LysM  32.35 
 
 
350 aa  145  1e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000749903 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0025  peptidoglycan-binding LysM  30.67 
 
 
374 aa  143  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0077  peptidoglycan-binding LysM  28.85 
 
 
360 aa  143  4e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.820269 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0032  peptidoglycan-binding LysM  30.95 
 
 
376 aa  142  9e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0033  peptidoglycan-binding LysM  30.95 
 
 
376 aa  142  9e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0032  peptidoglycan-binding LysM  30.67 
 
 
362 aa  142  1e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0032  Peptidoglycan-binding LysM  30.95 
 
 
376 aa  142  1e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  2.35775e-06 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0028  peptidoglycan-binding LysM  30.95 
 
 
376 aa  142  1e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0025  peptidoglycan-binding LysM  29.38 
 
 
369 aa  141  2e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2464  peptidoglycan-binding LysM  29.89 
 
 
377 aa  140  4e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.175579 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0033  LysM domain-containing protein  30.94 
 
 
378 aa  139  7e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5114  Peptidoglycan-binding LysM  31.11 
 
 
405 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0834  peptidoglycan-binding LysM  29.34 
 
 
401 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0036  peptidoglycan-binding LysM  30.03 
 
 
374 aa  137  3e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.43599e-05 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0021  LysM domain-containing protein  28.07 
 
 
361 aa  137  3e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2136  hypothetical protein  28.8 
 
 
377 aa  137  3e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0028  peptidoglycan-binding LysM  29.76 
 
 
374 aa  137  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.198583 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4640  peptidoglycan-binding LysM  29.05 
 
 
408 aa  135  1e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.132875  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0030  peptidoglycan-binding LysM  29.22 
 
 
374 aa  134  2e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.772252  hitchhiker  0.00540943 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3395  Peptidoglycan-binding LysM  29.6 
 
 
419 aa  134  2e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4050  peptidoglycan-binding LysM  29.6 
 
 
426 aa  134  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.021914  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4687  peptidoglycan-binding LysM  29.95 
 
 
417 aa  132  9e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0349  peptidoglycan-binding LysM  30.91 
 
 
394 aa  132  1e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0885534 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0020  peptidoglycan-binding LysM  32.35 
 
 
343 aa  131  2e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.732804  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0096  Peptidoglycan-binding LysM  29 
 
 
349 aa  129  8e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00023  Peptidoglycan-binding LysM  27.01 
 
 
367 aa  125  8e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.574097  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3861  peptidoglycan-binding LysM  28.64 
 
 
409 aa  125  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4083  peptidoglycan-binding LysM  28.43 
 
 
420 aa  125  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164352  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0013  peptidoglycan-binding LysM-like protein  26.76 
 
 
403 aa  124  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3879  peptidoglycan-binding LysM  27.41 
 
 
430 aa  124  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  27.59 
 
 
390 aa  118  1e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  28.34 
 
 
395 aa  119  1e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3409  peptidoglycan-binding LysM  29.47 
 
 
388 aa  119  1e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392654  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  28.34 
 
 
364 aa  119  1e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00390  hypothetical protein  27.67 
 
 
364 aa  117  4e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3566  peptidoglycan-binding LysM  27.42 
 
 
358 aa  113  4e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2472  hypothetical protein  26.37 
 
 
391 aa  112  9e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0018  LysM domain protein  26.12 
 
 
349 aa  110  4e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0019  Peptidoglycan-binding LysM  26.12 
 
 
349 aa  110  4e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0024  peptidoglycan-binding LysM  27.45 
 
 
359 aa  109  6e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002058  LysM domain-containing protein  25.27 
 
 
364 aa  108  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0076  putative cell wall degradation enzyme  25.21 
 
 
353 aa  107  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2701  peptidoglycan-binding LysM  65.31 
 
 
440 aa  86.3  7e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0501  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  25.27 
 
 
429 aa  85.5  1e-15  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2794  Peptidoglycan-binding LysM  25.82 
 
 
440 aa  85.5  2e-15  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0244523  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2887  Peptidoglycan-binding LysM  35.22 
 
 
440 aa  85.1  2e-15  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2695  peptidoglycan-binding LysM  60 
 
 
435 aa  84.3  3e-15  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0516695  normal  0.123815 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0889  peptidoglycan-binding LysM  33.92 
 
 
333 aa  80.9  3e-14  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  3.0411e-06  hitchhiker  3.23717e-12 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0409  LysM domain-containing protein  24.59 
 
 
333 aa  78.6  2e-13  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.22112e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2551  LysM domain-containing protein  27.46 
 
 
335 aa  77.8  3e-13  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2866  hypothetical protein  26.52 
 
 
329 aa  77  5e-13  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0530  peptidoglycan-binding LysM  40.96 
 
 
331 aa  76.3  7e-13  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3268  Peptidoglycan-binding LysM  22.38 
 
 
339 aa  72.4  1e-11  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000361142  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3691  peptidoglycan-binding LysM  40.54 
 
 
340 aa  70.9  3e-11  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  2.7016e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2713  Peptidoglycan-binding LysM  40.74 
 
 
335 aa  68.9  1e-10  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.292431  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1527  Peptidoglycan-binding LysM  42.47 
 
 
338 aa  66.6  7e-10  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27524e-30 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0537  peptidoglycan-binding LysM  51.06 
 
 
394 aa  62.4  1e-08  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  2.01658e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0326  LysM domain protein  40.32 
 
 
377 aa  52.8  8e-06  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0219877  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0300  Allergen V5/Tpx-1 related  43.4 
 
 
205 aa  45.8  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.022059  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2004  LysM domain/BON superfamily protein  40.38 
 
 
161 aa  45.8  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1039  LysM domain-containing protein  46 
 
 
243 aa  45.1  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.99986e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1910  peptidoglycan-binding LysM  35.29 
 
 
382 aa  45.1  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.937907 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0431  peptidoglycan-binding LysM  38.33 
 
 
543 aa  45.1  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000410197  normal  0.723763 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2915  Peptidoglycan-binding LysM  44.44 
 
 
566 aa  44.7  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8593  Peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 
356 aa  43.9  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.902374  normal  0.799796 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0662  putative cell wall turnover protein  41.67 
 
 
185 aa  43.1  0.007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0972  peptidoglycan-binding LysM  35.09 
 
 
546 aa  43.1  0.008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2637  LysM domain-containing protein  42.55 
 
 
454 aa  43.1  0.008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1211  NLP/P60 protein  41.82 
 
 
338 aa  43.1  0.008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  1.71376e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2281  LysM domain-containing protein  38.3 
 
 
357 aa  43.1  0.008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0169093  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6887  transcriptional regulator, SARP family  44.23 
 
 
935 aa  42.7  0.009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.691511  normal  0.899507 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>