293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_02148 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010717  PXO_02148  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
180 aa  364  1e-100  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.899687  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  81.18 
 
 
170 aa  294  4e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  74.12 
 
 
170 aa  270  1e-71  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  72.94 
 
 
170 aa  266  8e-71  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  45.78 
 
 
175 aa  155  3e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0885  16S rRNA processing protein RimM  47.06 
 
 
170 aa  149  2e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.230501  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0847  16S rRNA processing protein RimM  47.88 
 
 
167 aa  147  6e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  46.11 
 
 
172 aa  142  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3769  16S rRNA processing protein RimM  43.33 
 
 
181 aa  142  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000183564  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3015  16S rRNA-processing protein RimM  39.66 
 
 
184 aa  142  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00120588  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0428  16S rRNA processing protein RimM  41.18 
 
 
169 aa  134  7.000000000000001e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.709959  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  37.29 
 
 
176 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  37.85 
 
 
176 aa  129  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  39.66 
 
 
189 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2279  16S rRNA-processing protein RimM  40.34 
 
 
175 aa  128  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0459452  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  39.41 
 
 
182 aa  124  9e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  37.08 
 
 
176 aa  124  9e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  36.72 
 
 
176 aa  123  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2005  16S rRNA processing protein RimM  38.5 
 
 
178 aa  123  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000559239  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  40.22 
 
 
178 aa  123  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3102  16S rRNA-processing protein RimM  35.59 
 
 
176 aa  122  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000126118  normal  0.166795 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  36.16 
 
 
176 aa  122  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1288  16S rRNA-processing protein RimM  35.59 
 
 
176 aa  122  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000110365  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  40.35 
 
 
182 aa  122  4e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1211  16S rRNA-processing protein RimM  35.59 
 
 
176 aa  122  4e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000458928  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1255  16S rRNA-processing protein RimM  35.59 
 
 
176 aa  122  4e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000416795  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  40.35 
 
 
182 aa  121  6e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1204  16S rRNA-processing protein RimM  39.31 
 
 
183 aa  120  8e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00134678  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  37.29 
 
 
173 aa  120  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  39.05 
 
 
175 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  37.65 
 
 
183 aa  119  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  37.06 
 
 
182 aa  119  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  37.65 
 
 
183 aa  119  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  37.65 
 
 
183 aa  119  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  37.65 
 
 
183 aa  119  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  37.65 
 
 
183 aa  119  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  39.05 
 
 
175 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  37.65 
 
 
182 aa  118  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  37.65 
 
 
182 aa  118  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  37.65 
 
 
182 aa  118  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  37.65 
 
 
182 aa  118  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  37.65 
 
 
183 aa  118  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  37.65 
 
 
182 aa  118  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  37.65 
 
 
182 aa  118  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  37.65 
 
 
182 aa  118  4.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  37.65 
 
 
183 aa  118  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  34.46 
 
 
176 aa  118  6e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  37.28 
 
 
179 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  37.87 
 
 
178 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  34.46 
 
 
176 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2837  16S rRNA-processing protein RimM  33.9 
 
 
176 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499984  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2919  16S rRNA-processing protein RimM  33.9 
 
 
176 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000363709  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  40.83 
 
 
178 aa  116  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  36.47 
 
 
182 aa  115  3e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  37.87 
 
 
178 aa  115  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  36.47 
 
 
182 aa  115  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0197  16S rRNA processing protein RimM  34.71 
 
 
175 aa  115  3e-25  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2919  16S rRNA-processing protein RimM  34.46 
 
 
176 aa  115  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000569736  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1358  16S rRNA-processing protein RimM  33.9 
 
 
177 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  37.28 
 
 
179 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  39.41 
 
 
182 aa  115  3.9999999999999997e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3016  16S rRNA-processing protein RimM  33.9 
 
 
176 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000828768  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  37.28 
 
 
178 aa  115  5e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
176 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  35.03 
 
 
176 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  37.04 
 
 
189 aa  113  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  37.28 
 
 
178 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  37.65 
 
 
177 aa  112  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  37.65 
 
 
182 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  36.69 
 
 
178 aa  112  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  36.16 
 
 
175 aa  110  7.000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0294  16S rRNA-processing protein RimM  34.86 
 
 
175 aa  110  1.0000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000244736  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  38.51 
 
 
191 aa  109  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2333  16S rRNA processing protein RimM  36.75 
 
 
164 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377156  normal  0.0588442 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1474  16S rRNA-processing protein RimM  38.01 
 
 
184 aa  107  7.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  34.46 
 
 
175 aa  107  9.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002537  16S rRNA processing protein RimM  34.48 
 
 
182 aa  106  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00116484  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1105  16S rRNA-processing protein RimM  34.05 
 
 
193 aa  107  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  35.36 
 
 
202 aa  106  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  40 
 
 
171 aa  105  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  35.16 
 
 
184 aa  105  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  40.24 
 
 
160 aa  105  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  34.48 
 
 
182 aa  105  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  36.21 
 
 
187 aa  105  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  37.72 
 
 
176 aa  105  4e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2702  16S rRNA-processing protein RimM  37.57 
 
 
190 aa  104  5e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.294971  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3354  16S rRNA-processing protein RimM  37.57 
 
 
209 aa  103  9e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0648  16S rRNA processing protein RimM  36.26 
 
 
181 aa  103  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.144328  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1691  16S rRNA-processing protein RimM  34.97 
 
 
213 aa  103  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0551  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
168 aa  97.1  1e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.44188e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1630  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
168 aa  97.4  1e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000568977  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2321  16S rRNA processing protein RimM  32.34 
 
 
177 aa  95.9  3e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3940  16S rRNA-processing protein RimM  35.06 
 
 
192 aa  95.9  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.519471 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0505  16S rRNA processing protein RimM  38.51 
 
 
177 aa  94.7  6e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0465  hypothetical protein  32.94 
 
 
169 aa  94  9e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0441  hypothetical protein  32.94 
 
 
169 aa  94  9e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2018  16S rRNA processing protein RimM  32.34 
 
 
177 aa  94  1e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0112237  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  34.52 
 
 
168 aa  93.6  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  34.32 
 
 
184 aa  92.8  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
173 aa  92  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>