47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_02074 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_02074  HsdS polypeptide, part of CfrA family  100 
 
 		 151 aa  313  6e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  54.21 
 
 		 471 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  49.57 
 
 		 575 aa  122  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  50.49 
 
 		 442 aa  110  9e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  43.93 
 
 		 538 aa  99.4  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  45.05 
 
 		 368 aa  97.4  5e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  46.46 
 
 		 436 aa  90.5  6e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  45.28 
 
 		 180 aa  89.7  1e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0307222  normal  0.460019 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  39.81 
 
 		 575 aa  85.1  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  38.94 
 
 		 237 aa  84.7  4e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  40 
 
 		 360 aa  83.2  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4139  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.16 
 
 		 238 aa  80.5  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  41.9 
 
 		 401 aa  80.1  0.000000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  41.38 
 
 		 386 aa  79.3  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  34.86 
 
 		 392 aa  79  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  35.51 
 
 		 397 aa  77  0.00000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  30.5 
 
 		 458 aa  74.7  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  38.24 
 
 		 433 aa  74.3  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  36.36 
 
 		 584 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  35.77 
 
 		 585 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  38.24 
 
 		 426 aa  71.6  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  35.96 
 
 		 451 aa  70.5  0.000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  34.58 
 
 		 435 aa  69.7  0.00000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  33.88 
 
 		 429 aa  68.2  0.00000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  35.24 
 
 		 386 aa  63.5  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  32.79 
 
 		 557 aa  60.8  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  28.37 
 
 		 589 aa  57.8  0.00000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  38.55 
 
 		 485 aa  57.8  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  36.54 
 
 		 412 aa  57.4  0.00000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  40.85 
 
 		 595 aa  57.4  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  35.09 
 
 		 479 aa  56.2  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  40.74 
 
 		 392 aa  54.7  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  34.58 
 
 		 514 aa  54.7  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  31.53 
 
 		 547 aa  52.8  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  30.83 
 
 		 447 aa  49.7  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  31.82 
 
 		 390 aa  48.5  0.00003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  26.47 
 
 		 437 aa  47.4  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  34.18 
 
 		 380 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  22.31 
 
 		 428 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.35 
 
 		 464 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  23.36 
 
 		 435 aa  44.7  0.0005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02274  transposase and inactivated derivatives  100 
 
 		 223 aa  43.5  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  23.73 
 
 		 492 aa  43.1  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.51 
 
 		 386 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.72 
 
 		 390 aa  42  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00574  transposase and inactivated derivatives  90 
 
 		 223 aa  41.6  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  25.89 
 
 		 407 aa  40.4  0.009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>