20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_B0076 on replicon NC_004632
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004632  PSPTO_B0076  trbC protein  100 
 
 		 762 aa  1562    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0068  TraG/TraD family conjugal transfer protein  99.21 
 
 		 762 aa  1550    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0075  TrbC  40.99 
 
 		 763 aa  505  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0356259 
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0057  hypothetical protein  39.28 
 
 		 590 aa  361  3e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0209487  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0512  hypothetical protein  28.76 
 
 		 783 aa  273  6e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0488  hypothetical protein  28.76 
 
 		 783 aa  273  1e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0366  IcmO  31.02 
 
 		 792 aa  259  9e-68  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1816  IcmO protein  31.02 
 
 		 792 aa  259  1e-67  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03523  TrbC-like protein  39.64 
 
 		 387 aa  247  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.236251  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3686  DotL  30.72 
 
 		 786 aa  233  9e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00900266  normal  0.235831 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0057  hypothetical protein  29.34 
 
 		 952 aa  231  4e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.889998  hitchhiker  0.00629192 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0122  putative type IV secretion system protein IcmO/DotL  30.22 
 
 		 934 aa  218  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4265  hypothetical protein  27 
 
 		 950 aa  196  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03474  hypothetical protein  36.26 
 
 		 171 aa  110  9.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.481674  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0361  sex pilus assembly and mating pair formation  24.11 
 
 		 589 aa  68.6  0.0000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.398823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1251  lipoprotein, putative  21.48 
 
 		 619 aa  50.8  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  25.58 
 
 		 634 aa  49.7  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3242  hypothetical protein  21.04 
 
 		 612 aa  46.2  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0314  hypothetical protein  20.79 
 
 		 425 aa  45.8  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0632  hypothetical protein  25.93 
 
 		 708 aa  45.4  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>