More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5244 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5244  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 234 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0299  transcriptional regulator GntR  96.58 
 
 		 234 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0307  GntR family transcriptional regulator  74.67 
 
 		 234 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5458  GntR family transcriptional regulator  75.54 
 
 		 235 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0202698 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1915  GntR domain-containing protein  71.3 
 
 		 227 aa  311  5.999999999999999e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.249377 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2597  GntR domain-containing protein  43.53 
 
 		 230 aa  188  5e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000130942 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3389  GntR domain protein  43.53 
 
 		 230 aa  186  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.422325  hitchhiker  0.000247854 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0567  GntR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 234 aa  184  9e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.837361  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0566  GntR domain-containing protein  43.59 
 
 		 239 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0821673  normal  0.241322 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0540  GntR domain-containing protein  43.59 
 
 		 239 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0230635  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3731  GntR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 230 aa  178  8e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.069841  normal  0.381268 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2462  GntR family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 230 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3461  GntR family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 230 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.488404  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3324  GntR family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 230 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3459  GntR family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 230 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3424  GntR family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 230 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.332431  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1242  GntR family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 230 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0381  GntR family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 230 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1202  GntR family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 230 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2741  GntR domain-containing protein  43.1 
 
 		 240 aa  176  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0412292  normal  0.462713 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0645  GntR domain-containing protein  42.67 
 
 		 230 aa  174  9e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0612  GntR domain-containing protein  42.67 
 
 		 240 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.151617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0162  GntR-like  42.67 
 
 		 291 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.496913  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5075  GntR domain-containing protein  41.41 
 
 		 262 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.805672  normal  0.0518495 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  31.14 
 
 		 239 aa  104  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2978  GntR domain-containing protein  34.82 
 
 		 229 aa  103  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0212  GntR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 255 aa  103  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2102  transcription regulator protein  32.46 
 
 		 254 aa  102  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 233 aa  102  4e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4879  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 234 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  32.73 
 
 		 233 aa  98.6  7e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1885  GntR domain-containing protein  32.58 
 
 		 234 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.219739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3484  GntR domain-containing protein  33.03 
 
 		 232 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0607093  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2254  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 232 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.385472  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  37.33 
 
 		 255 aa  94.7  9e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0195  putative transcriptional regulator  35.05 
 
 		 228 aa  94  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.361489  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1728  GntR domain-containing protein  32.88 
 
 		 234 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01470  putative transcriptional regulator  35.38 
 
 		 228 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.763826 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0011  GntR domain protein  32.62 
 
 		 254 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0016  GntR domain protein  32.62 
 
 		 254 aa  90.1  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6461  GntR domain protein  29.72 
 
 		 257 aa  87.8  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0712738  hitchhiker  0.00000516822 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  29.91 
 
 		 245 aa  87  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0231  GntR domain-containing protein  33.48 
 
 		 268 aa  86.7  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 229 aa  85.1  9e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 255 aa  84.3  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  36.49 
 
 		 233 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  30.22 
 
 		 241 aa  83.6  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  33.49 
 
 		 253 aa  84  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3974  GntR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 231 aa  83.2  0.000000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  29.11 
 
 		 231 aa  82.8  0.000000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 225 aa  82.8  0.000000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  31.7 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3963  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 269 aa  81.6  0.000000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  28.51 
 
 		 226 aa  81.6  0.000000000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0699  GntR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 223 aa  80.5  0.00000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  29.47 
 
 		 223 aa  80.5  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  31.25 
 
 		 248 aa  80.1  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3345  DNA-binding transcriptional repressor LldR  32.95 
 
 		 268 aa  80.5  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.956466  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  33.18 
 
 		 235 aa  80.5  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  28.77 
 
 		 227 aa  80.1  0.00000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2107  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 244 aa  80.1  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0604546  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  31.25 
 
 		 246 aa  80.1  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  29.78 
 
 		 235 aa  80.1  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  30.41 
 
 		 241 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3756  GntR domain protein  34.86 
 
 		 234 aa  79.7  0.00000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1229  GntR domain-containing protein  34.8 
 
 		 249 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1255  GntR domain-containing protein  34.8 
 
 		 234 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5755  GntR domain protein  32.35 
 
 		 234 aa  79.3  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 249 aa  79.3  0.00000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5470  GntR domain protein  35.94 
 
 		 233 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 255 aa  79  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2307  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  31.78 
 
 		 259 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.672341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0637  GntR domain-containing protein  33.6 
 
 		 252 aa  78.6  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.108013  normal  1 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0035  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 233 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.840145  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  33.02 
 
 		 253 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  30.73 
 
 		 255 aa  78.2  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3004  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 230 aa  78.2  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0317071  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0034  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  31.1 
 
 		 256 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  27.85 
 
 		 238 aa  77  0.0000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 255 aa  77.8  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  32.27 
 
 		 253 aa  77  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3744  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  29.72 
 
 		 263 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1666  GntR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 255 aa  76.6  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 265 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5756  GntR domain protein  32.86 
 
 		 236 aa  76.6  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.294858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2695  GntR domain-containing protein  30.67 
 
 		 255 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0648967 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1034  GntR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 255 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.369271  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6102  GntR domain-containing protein  32.73 
 
 		 235 aa  76.3  0.0000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  27.7 
 
 		 244 aa  76.3  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1453  GntR domain protein  32.14 
 
 		 231 aa  75.9  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2019  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  29.72 
 
 		 254 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.230363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4937  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  30.95 
 
 		 256 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100111 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5490  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  30.95 
 
 		 256 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.290272  hitchhiker  0.000168771 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0164  transcriptional regulator PdhR  32.54 
 
 		 254 aa  75.9  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0170  transcriptional regulator PdhR  32.54 
 
 		 254 aa  75.9  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0164  transcriptional regulator PdhR  32.54 
 
 		 254 aa  75.9  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.754019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  33.93 
 
 		 235 aa  75.5  0.0000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0173  transcriptional regulator PdhR  32.54 
 
 		 254 aa  75.9  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0149565  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4037  GntR domain protein  30.18 
 
 		 226 aa  75.5  0.0000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0165  transcriptional regulator PdhR  32.54 
 
 		 254 aa  75.9  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>