More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5220 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 330 aa  673    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  84.85 
 
 		 330 aa  570  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  62.76 
 
 		 334 aa  420  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  60.06 
 
 		 337 aa  375  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 353 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 353 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 353 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  37.43 
 
 		 353 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 353 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 337 aa  199  6e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  38.81 
 
 		 337 aa  195  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 337 aa  189  7e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 344 aa  186  4e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 341 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1230  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 350 aa  150  3e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.593917  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 349 aa  149  7e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  30.63 
 
 		 344 aa  148  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 347 aa  143  3e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4254  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 343 aa  144  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4268  AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 367 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 348 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  28.62 
 
 		 333 aa  139  7e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  27.07 
 
 		 345 aa  136  5e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  28.4 
 
 		 348 aa  130  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  28.23 
 
 		 358 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  28.87 
 
 		 346 aa  126  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 342 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  29.25 
 
 		 340 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 344 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  27.55 
 
 		 343 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 345 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 359 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 335 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 		 338 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  27.04 
 
 		 343 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 343 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 375 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 345 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 365 aa  113  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  26.28 
 
 		 347 aa  112  9e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2560  AraC family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 344 aa  111  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.480763  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 340 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0593  putative transcriptional regulator  27.94 
 
 		 348 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273832 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  28.79 
 
 		 333 aa  110  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 357 aa  109  6e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  26.52 
 
 		 347 aa  109  6e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  25.08 
 
 		 338 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  28.48 
 
 		 333 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4331  transcriptional regulator, AraC family  30.51 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  28.75 
 
 		 343 aa  107  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 		 352 aa  108  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 332 aa  107  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  29.63 
 
 		 362 aa  106  4e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  24.28 
 
 		 360 aa  105  7e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  24.84 
 
 		 345 aa  106  7e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  27.69 
 
 		 356 aa  105  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4528  helix-turn-helix domain-containing protein  26.84 
 
 		 345 aa  105  9e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  27.38 
 
 		 356 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  26.43 
 
 		 335 aa  104  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1673  helix-turn-helix, AraC type  26.55 
 
 		 346 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  25.32 
 
 		 337 aa  104  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 340 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 366 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 366 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  27.42 
 
 		 365 aa  103  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  24.7 
 
 		 337 aa  103  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  24.23 
 
 		 335 aa  103  4e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  26.28 
 
 		 338 aa  103  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  24.23 
 
 		 335 aa  102  7e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 372 aa  102  7e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3194  AraC family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 330 aa  102  7e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.857429  hitchhiker  0.00472645 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  26.55 
 
 		 343 aa  102  7e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2075  helix-turn-helix domain-containing protein  27.21 
 
 		 348 aa  101  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000856929  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5360  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 366 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.401219 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  28.32 
 
 		 352 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 336 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3805  transcriptional regulator, AraC family  27.61 
 
 		 346 aa  100  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256933  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3901  helix-turn-helix, AraC type  26.25 
 
 		 366 aa  99.8  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 339 aa  100  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 339 aa  99.8  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6811  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 366 aa  99.8  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 346 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  24.48 
 
 		 353 aa  99  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 345 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 342 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6759  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 369 aa  98.2  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.902706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 351 aa  98.2  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 341 aa  97.4  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 341 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4290  AraC family transcriptional regulator  28.13 
 
 		 336 aa  97.4  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.431185 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  27.43 
 
 		 339 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3167  AraC family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 343 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 369 aa  96.3  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1559  AraC family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 369 aa  96.3  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565202  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 346 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 364 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4360  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 345 aa  95.5  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 340 aa  95.1  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5360  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 356 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.307827  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>