More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5146 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5146  transcriptional regulator PhaD  100 
 
 		 204 aa  414  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0391  TetR family transcriptional regulator  81.19 
 
 		 206 aa  344  7e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.799275  normal  0.207381 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0458  TetR family transcriptional regulator  78.43 
 
 		 204 aa  339  1e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5798  putative transcriptional regulator  76.85 
 
 		 205 aa  321  4e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66850  TetR family transcriptional regulator  75.86 
 
 		 205 aa  322  4e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5056  TetR family transcriptional regulator  78.43 
 
 		 204 aa  318  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5006  TetR family transcriptional regulator  76.96 
 
 		 204 aa  315  3e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.162058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4880  TetR family transcriptional regulator  76.96 
 
 		 204 aa  314  7e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0527  TetR family transcriptional regulator  78.71 
 
 		 204 aa  308  5e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0603321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1491  TetR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 209 aa  127  9.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2030  TetR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 238 aa  122  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0233695  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3239  TetR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 241 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1320  transcriptional regulator, TetR family  32.21 
 
 		 241 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767739  normal  0.281979 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1857  TetR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 239 aa  119  3e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1105  TetR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 253 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1410  TetR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 239 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0318904  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1037  TetR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 239 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.397518  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0388  TetR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 239 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3529  TetR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 220 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.270662  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1272  TetR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 239 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492888  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1265  TetR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 239 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0761  TetR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 239 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0901  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 236 aa  115  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3496  TetR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 223 aa  115  3.9999999999999997e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.591625 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0938  TetR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 235 aa  114  7.999999999999999e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4798  transcriptional regulator, TetR family  33.98 
 
 		 211 aa  114  8.999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2296  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 252 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1661  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 252 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2273  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 252 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0843228  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1005  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 244 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5600  TetR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 252 aa  112  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.806355 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2311  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 251 aa  112  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.287882  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2189  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 251 aa  112  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0349  transcriptional regulator, TetR family  38.65 
 
 		 237 aa  112  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2237  transcriptional regulator, TetR family  31.88 
 
 		 236 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1914  transcriptional regulator, TetR family  31.4 
 
 		 239 aa  112  5e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4025  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 219 aa  112  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.272144  normal  0.300768 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0551  transcriptional regulator, TetR family  34 
 
 		 220 aa  108  7.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4167  TetR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 247 aa  108  7.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.884497  normal  0.10012 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0535  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 217 aa  107  8.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0588697 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01158  transcriptional regulator PhaD  31.16 
 
 		 221 aa  107  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.334041  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0825  TetR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 222 aa  107  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2086  putative transcription regulator protein  29.95 
 
 		 231 aa  106  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3571  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 227 aa  103  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.713371  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0346  TetR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 221 aa  100  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.202764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4757  regulatory protein, TetR  34.13 
 
 		 220 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0842681 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4186  TetR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 245 aa  98.6  6e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3900  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 215 aa  98.2  7e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.113348  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0419  transcriptional reguator, TetR family  34.13 
 
 		 220 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3937  transcriptional regulator, TetR family protein  28.5 
 
 		 220 aa  97.4  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.353211  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4479  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 215 aa  97.1  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.2045 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4675  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 215 aa  96.7  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4339  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 215 aa  97.1  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4103  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 215 aa  96.7  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0350269  normal  0.346351 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4284  transcriptional regulator, TetR family  28.16 
 
 		 215 aa  97.1  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000936887 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0059  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 215 aa  97.1  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0273669  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5119  TetR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 221 aa  96.3  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3899  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 215 aa  96.3  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3991  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 215 aa  96.3  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0267  HTH-type transcriptional regulator, tetR-family  32.49 
 
 		 214 aa  95.5  5e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04820  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 215 aa  95.5  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0462  putative transcriptional regulator  31.43 
 
 		 215 aa  95.5  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4993  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 221 aa  94.7  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0099  TetR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 211 aa  94.7  9e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0469573  hitchhiker  0.000212753 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5169  TetR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 221 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1581  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 223 aa  93.6  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.223478 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0214  TetR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 218 aa  92  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705047  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0103  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 225 aa  90.9  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.462043 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5344  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 223 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0102  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 218 aa  90.1  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.478027 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3708  TetR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 217 aa  89.7  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.59565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0066  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 215 aa  88.2  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000605842  hitchhiker  0.0000133916 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3614  regulatory protein, TetR  28.16 
 
 		 215 aa  87  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0129268  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0108  TetR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 213 aa  86.7  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002240  transcriptional regulator TetR family  29.24 
 
 		 211 aa  82.4  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00128  TetR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 211 aa  79.3  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2735  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 242 aa  79  0.00000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.329672  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0205  TetR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 208 aa  78.6  0.00000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.555741  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0204  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 191 aa  74.3  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0122947  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1293  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 213 aa  72.4  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.313328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1089  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 227 aa  66.2  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.485393  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5452  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 220 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.44369 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1960  transcriptional regulator, TetR family  32.08 
 
 		 199 aa  60.1  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3888  transcriptional regulator, TetR family  25.23 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.693202 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3466  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 200 aa  59.7  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4170  TetR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 220 aa  58.5  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0130344  normal  0.052898 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1833  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 202 aa  58.5  0.00000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal  0.286062 
 
 
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NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 332 aa  58.2  0.00000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013169  Ksed_14200  transcriptional regulator, TetR family  41.56 
 
 		 227 aa  58.2  0.00000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000918467  decreased coverage  0.00704922 
 
 
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NC_013595  Sros_9308  putative transcriptional regulator, TetR family  45.76 
 
 		 231 aa  56.6  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0733541  normal  1 
 
 
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NC_013216  Dtox_2636  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 198 aa  55.8  0.0000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  39.74 
 
 		 218 aa  55.1  0.0000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
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NC_011772  BCG9842_B5392  transcriptional regulator, TetR family protein  28.65 
 
 		 190 aa  54.7  0.0000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010814  Glov_0196  transcriptional regulator, TetR family  38.71 
 
 		 200 aa  54.3  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011992  Dtpsy_1684  transcriptional regulator, TetR family  26.16 
 
 		 202 aa  53.9  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011004  Rpal_1560  transcriptional regulator, TetR family  26.21 
 
 		 221 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_002936  DET1580  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 195 aa  53.1  0.000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000739015  n/a   
 
 
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NC_011205  SeD_A0521  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.06 
 
 		 217 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0327711  normal  1 
 
 
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NC_011080  SNSL254_A0527  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.06 
 
 		 217 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008726  Mvan_0170  TetR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 192 aa  52.8  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.652591  normal  0.659974 
 
 
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