More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5076 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  100 
 
 
239 aa  485  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  96.23 
 
 
239 aa  464  1e-130  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  84.1 
 
 
239 aa  414  1e-115  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  82.01 
 
 
239 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  81.59 
 
 
239 aa  405  1e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  81.17 
 
 
239 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  81.59 
 
 
239 aa  400  1e-110  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  79.5 
 
 
241 aa  390  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  78.24 
 
 
240 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  76.15 
 
 
240 aa  381  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  79.5 
 
 
239 aa  372  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.07 
 
 
244 aa  251  8e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  51.52 
 
 
242 aa  236  2e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  47.13 
 
 
242 aa  235  6e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  48.33 
 
 
241 aa  233  2e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  49 
 
 
248 aa  232  4e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  50.21 
 
 
243 aa  223  2e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  49.59 
 
 
243 aa  222  4e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.17 
 
 
243 aa  222  5e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.09 
 
 
244 aa  218  6e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0546  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.97 
 
 
244 aa  218  9e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00942051  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.76 
 
 
243 aa  217  1e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.74 
 
 
244 aa  214  1e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  44.63 
 
 
242 aa  212  5e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.33 
 
 
244 aa  211  6e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0165394  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3908  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.33 
 
 
244 aa  209  3e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  1.46224e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.45 
 
 
243 aa  207  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  47.95 
 
 
244 aa  206  3e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.5 
 
 
243 aa  206  4e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  45.08 
 
 
245 aa  206  4e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.5 
 
 
243 aa  206  4e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  7.11088e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.5 
 
 
243 aa  206  4e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.37 
 
 
243 aa  204  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.6082 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.27 
 
 
245 aa  204  8e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3437  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.37 
 
 
259 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00490733  hitchhiker  0.000657001 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.37 
 
 
259 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  3.49077e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.37 
 
 
259 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0123615  normal  0.0473044 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3341  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.37 
 
 
259 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0620938  normal  0.265707 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.63 
 
 
243 aa  202  4e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  1.1142e-06  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.04 
 
 
243 aa  201  6e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  47.52 
 
 
243 aa  200  1e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.52 
 
 
243 aa  200  1e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.52 
 
 
243 aa  200  1e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.52 
 
 
243 aa  200  1e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  3.13548e-07 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.52 
 
 
243 aa  201  1e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.52 
 
 
243 aa  200  1e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.21 
 
 
243 aa  201  1e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4025  hypothetical protein  47.76 
 
 
243 aa  201  1e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00355277  hitchhiker  0.00148636 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  47.52 
 
 
243 aa  200  1e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  47.52 
 
 
243 aa  200  1e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.12 
 
 
243 aa  200  2e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.63 
 
 
243 aa  200  2e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.63 
 
 
243 aa  200  2e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.3307e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.63 
 
 
243 aa  199  3e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  3.60607e-06  hitchhiker  2.21121e-06 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.63 
 
 
243 aa  199  3e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.11 
 
 
243 aa  199  5e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  1.46734e-05 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.56 
 
 
244 aa  198  7e-50  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.72 
 
 
244 aa  198  7e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.72 
 
 
246 aa  197  1e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.87 
 
 
243 aa  197  2e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  5.30934e-05  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.67 
 
 
243 aa  197  2e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.67 
 
 
243 aa  196  3e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.8 
 
 
243 aa  196  3e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.21 
 
 
243 aa  195  5e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.67 
 
 
243 aa  195  5e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.27 
 
 
243 aa  193  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.15 
 
 
246 aa  191  6e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1288  hypothetical protein  42.98 
 
 
242 aa  188  5e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.690176  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.14 
 
 
244 aa  188  6e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.69 
 
 
244 aa  187  1e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.91 
 
 
249 aa  186  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3586  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.11 
 
 
245 aa  185  7e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.982939  normal  0.09223 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0155  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.52 
 
 
242 aa  183  2e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.388772  normal  0.374711 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.62 
 
 
244 aa  182  4e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  43.44 
 
 
244 aa  182  5e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.18 
 
 
255 aa  181  1e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  44.67 
 
 
245 aa  180  2e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  1.39128e-07 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  43.5 
 
 
248 aa  178  6e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.04 
 
 
247 aa  177  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.32 
 
 
251 aa  177  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4766  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.76 
 
 
240 aa  177  2e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.15 
 
 
242 aa  176  2e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.85 
 
 
245 aa  176  2e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  44.63 
 
 
243 aa  175  5e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0207  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.2 
 
 
260 aa  174  9e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.63 
 
 
244 aa  174  1e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.16 
 
 
242 aa  173  2e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.871498  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  41.6 
 
 
249 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4114  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.16 
 
 
242 aa  170  1e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2763  hypothetical protein  42.4 
 
 
249 aa  169  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282244  normal  0.503271 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0966  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.42 
 
 
294 aa  169  3e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.373611  normal  0.312631 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5277  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.86 
 
 
244 aa  168  8e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.27 
 
 
251 aa  167  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  41.6 
 
 
249 aa  167  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.84 
 
 
255 aa  166  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.37 
 
 
250 aa  166  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4814  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.32 
 
 
273 aa  165  6e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0635574 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.43 
 
 
255 aa  165  6e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4078  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.19 
 
 
250 aa  164  9e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.708574  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.02 
 
 
255 aa  164  1e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.155936 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>