More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4977 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_4715  TolC family type I secretion outer membrane protein  82.11 
 
 
477 aa  797  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.133912 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4977  outer membrane efflux protein TolC, putative  100 
 
 
479 aa  960  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4799  TolC family type I secretion outer membrane protein  82.53 
 
 
477 aa  801  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125067  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5705  outer membrane efflux protein  73.47 
 
 
481 aa  693  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65750  putative outer membrane efflux protein precursor  72.97 
 
 
482 aa  687  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0543  Type I secretion outer membrane protein, TolC  95.41 
 
 
479 aa  923  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.991736 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4923  TolC family type I secretion outer membrane protein  82.74 
 
 
477 aa  801  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4976  TolC family type I secretion outer membrane protein  82.77 
 
 
478 aa  792  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0491  Type I secretion outer membrane protein, TolC  80.71 
 
 
477 aa  791  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00611692  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0610  TolC family type I secretion outer membrane protein  77.26 
 
 
480 aa  741  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3077  Type I secretion outer membrane protein, TolC  58.09 
 
 
491 aa  490  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.762548  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0802  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.29 
 
 
453 aa  290  4e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03690  outer membrane channel precursor protein  37.34 
 
 
462 aa  271  2e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  3.44286e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0366  putative secretion protein  36.92 
 
 
454 aa  271  2e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.676066  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2630  Type I secretion outer membrane protein, TolC  37.61 
 
 
489 aa  269  1e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0483  type I secretion outer membrane protein, TolC  38.76 
 
 
440 aa  268  2e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2639  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.79 
 
 
461 aa  261  2e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0430  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.5 
 
 
436 aa  257  3e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  1.14483e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2013  outer membrane channel protein  36.5 
 
 
438 aa  252  1e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.58125e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2675  outer membrane channel protein  36.42 
 
 
441 aa  246  6e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2616  Type I secretion outer membrane protein, TolC  36.09 
 
 
450 aa  245  1e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.930678  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3777  outer membrane channel protein  37.27 
 
 
470 aa  245  1e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4181  outer membrane channel protein  36.28 
 
 
449 aa  243  4e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3904  outer membrane channel protein  35.78 
 
 
435 aa  241  2e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3236  outer membrane channel protein  34.89 
 
 
435 aa  240  5e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  4.56355e-08  hitchhiker  5.11139e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0725  outer membrane channel protein  34.89 
 
 
435 aa  239  6e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.45313e-06  hitchhiker  0.000963429 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0753  outer membrane channel protein  34.89 
 
 
435 aa  238  1e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  5.55232e-06  normal  0.0190145 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3563  outer membrane channel protein  35.62 
 
 
434 aa  238  2e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.35514e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3619  outer membrane channel protein  36.15 
 
 
469 aa  236  8e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0768  outer membrane channel protein  34.67 
 
 
435 aa  235  1e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  3.09945e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4268  outer membrane channel protein  36.7 
 
 
497 aa  236  1e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0102816 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004522  type I secretion TolC precursor  35.57 
 
 
442 aa  233  6e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  3.01167e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0573  outer membrane channel protein  36.43 
 
 
464 aa  232  9e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0654  outer membrane channel protein  36.43 
 
 
464 aa  232  9e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.945309  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3578  outer membrane channel protein  35.51 
 
 
435 aa  232  1e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  4.08694e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0813  outer membrane channel protein  35.51 
 
 
435 aa  232  1e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  6.21601e-07  normal  0.257824 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0806  outer membrane channel protein  35.51 
 
 
435 aa  232  1e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  1.13836e-08  hitchhiker  8.82186e-11 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0544  outer membrane channel protein  35.37 
 
 
448 aa  232  1e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  5.76987e-07  normal  0.601769 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0781  outer membrane channel protein  35.51 
 
 
435 aa  232  1e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.84345e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2534  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.24 
 
 
468 aa  231  2e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4195  outer membrane channel protein  35.4 
 
 
443 aa  230  5e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  6.11538e-05  hitchhiker  0.000431125 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2047  type I secretion outer membrane protein  33.26 
 
 
616 aa  228  1e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2697  type I secretion outer membrane protein, TolC  35.15 
 
 
437 aa  228  1e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02857  hypothetical protein  36.05 
 
 
493 aa  228  2e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0662  outer membrane channel protein  36.05 
 
 
493 aa  228  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.120975  normal  0.0171626 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  36.05 
 
 
493 aa  228  2e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3499  outer membrane channel protein  36.05 
 
 
495 aa  228  2e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0404091  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3213  outer membrane channel protein  36.05 
 
 
495 aa  228  2e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00955114  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0139  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.26 
 
 
616 aa  228  2e-58  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4349  outer membrane channel protein  36.05 
 
 
493 aa  228  2e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.823303  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02907  outer membrane channel precursor protein  36.05 
 
 
493 aa  228  2e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2711  Type I secretion outer membrane protein TolC  33.1 
 
 
493 aa  228  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0323  outer membrane channel protein  36.43 
 
 
463 aa  228  2e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  6.73159e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3468  outer membrane channel protein  35.81 
 
 
495 aa  228  3e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0175451  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0604  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.91 
 
 
478 aa  227  4e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2457  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.78 
 
 
449 aa  226  6e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3926  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.41 
 
 
441 aa  226  6e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3332  outer membrane channel protein  35.99 
 
 
431 aa  226  7e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0563453  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3330  outer membrane channel protein  35.81 
 
 
493 aa  226  7e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0645  type I secretion outer membrane protein, TolC family  34.13 
 
 
488 aa  226  8e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.173394 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0313  outer membrane channel protein  35.38 
 
 
463 aa  225  1e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0736  hypothetical protein  32.43 
 
 
455 aa  226  1e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00869  outer membrane channel protein  34.4 
 
 
445 aa  225  1e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0754  hypothetical protein  32.43 
 
 
455 aa  225  2e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0749  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.7 
 
 
497 aa  224  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3448  outer membrane channel protein  33.84 
 
 
494 aa  223  6e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.203909 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3372  outer membrane channel protein  34.8 
 
 
489 aa  222  1e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.258775 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3444  outer membrane channel protein  34.8 
 
 
489 aa  222  1e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606184  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3367  outer membrane channel protein  34.8 
 
 
489 aa  222  1e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3437  outer membrane channel protein  34.8 
 
 
489 aa  222  1e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3539  outer membrane channel protein  34.8 
 
 
489 aa  221  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.735558  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0284  outer membrane channel protein  35.96 
 
 
465 aa  220  5e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3225  outer membrane channel protein  33.18 
 
 
432 aa  219  1e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  9.29322e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0774  outer membrane channel protein  33.94 
 
 
441 aa  219  1e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  9.83275e-07  unclonable  1.04798e-10 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0695  porin (omp) ABC transporter protein  33.55 
 
 
484 aa  218  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0288188  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0611  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.86 
 
 
464 aa  216  5e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3048  outer membrane channel protein  35.63 
 
 
432 aa  214  2e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  9.73822e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3360  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  33.93 
 
 
444 aa  214  4e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.21716  normal  0.12144 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3457  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.65 
 
 
434 aa  209  7e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0498  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.96 
 
 
494 aa  209  1e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1664  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.94 
 
 
453 aa  206  6e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2180  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.65 
 
 
874 aa  206  8e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  4.61522e-06  normal  0.954774 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3343  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.04 
 
 
452 aa  204  2e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02621  outer membrane protein required for AvrXa21 activity C (raxC)  33.87 
 
 
443 aa  204  3e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2156  outer membrane export factor  32.01 
 
 
452 aa  202  1e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1277  outer membrane protein TolC, putative  34.17 
 
 
479 aa  202  1e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271455  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2069  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.86 
 
 
452 aa  198  2e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1338  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31 
 
 
456 aa  197  3e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0728783  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1041  type I secretion outer membrane efflux protein  34.04 
 
 
451 aa  195  2e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0381  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.53 
 
 
445 aa  193  6e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0230254  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2818  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.05 
 
 
469 aa  193  7e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.282777  normal  0.979363 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1126  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.86 
 
 
450 aa  191  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1304  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.87 
 
 
446 aa  191  2e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  1.51154e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2883  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.2 
 
 
442 aa  191  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00170075  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3723  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.36 
 
 
512 aa  191  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1990  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.6 
 
 
498 aa  190  6e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1746  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.35 
 
 
446 aa  187  3e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2283  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.48 
 
 
480 aa  187  3e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1022  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.58 
 
 
489 aa  180  5e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.15714  normal  0.470087 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1345  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.78 
 
 
455 aa  179  8e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>