More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4837 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0563  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  75.63 
 
 		 451 aa  656    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  75.8 
 
 		 540 aa  826    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  100 
 
 		 551 aa  1132    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4377  GGDEF  91.83 
 
 		 551 aa  1045    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0623  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  85.07 
 
 		 556 aa  948    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  74.48 
 
 		 451 aa  636    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  73.17 
 
 		 542 aa  814    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0608  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  74.71 
 
 		 452 aa  657    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0597995 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  78.18 
 
 		 459 aa  712    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.195913 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  73.55 
 
 		 542 aa  814    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.76 
 
 		 539 aa  474  1e-132  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.677434  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.11 
 
 		 715 aa  340  2.9999999999999998e-92  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.19 
 
 		 941 aa  334  2e-90  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.73 
 
 		 555 aa  331  2e-89  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4315  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.89 
 
 		 554 aa  330  4e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.554314 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1039  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 393 aa  268  2e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0950507  normal  0.205042 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2118  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.81 
 
 		 546 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2212  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.81 
 
 		 543 aa  254  3e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2127  response regulator  30.15 
 
 		 544 aa  251  2e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2358  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.63 
 
 		 546 aa  249  1e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2104  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.44 
 
 		 546 aa  248  2e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0835719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 550 aa  248  2e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.78 
 
 		 544 aa  247  4e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1887  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.78 
 
 		 544 aa  247  4e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2241  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.44 
 
 		 546 aa  247  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.195601  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3688  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.04 
 
 		 543 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1150  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 547 aa  228  3e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3670  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.43 
 
 		 561 aa  225  1e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2859  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.14 
 
 		 532 aa  210  5e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.757844  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 676 aa  202  9.999999999999999e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.990746 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.22 
 
 		 308 aa  189  8e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.22 
 
 		 308 aa  189  8e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 419 aa  186  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3505  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.93 
 
 		 665 aa  177  3e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.39 
 
 		 322 aa  174  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.9 
 
 		 306 aa  173  6.999999999999999e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 309 aa  170  7e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.4 
 
 		 536 aa  169  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.89 
 
 		 314 aa  169  2e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 306 aa  169  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2752  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  28.05 
 
 		 799 aa  167  5e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 310 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.45 
 
 		 317 aa  164  6e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.45 
 
 		 317 aa  164  6e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.92 
 
 		 317 aa  162  2e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 322 aa  162  2e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33 
 
 		 322 aa  160  5e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  32.54 
 
 		 312 aa  160  6e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 308 aa  159  9e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0377  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.02 
 
 		 314 aa  159  9e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.56 
 
 		 312 aa  159  1e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.11 
 
 		 351 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  33.77 
 
 		 301 aa  158  2e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.84 
 
 		 337 aa  156  7e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  31.56 
 
 		 308 aa  156  9e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  33.22 
 
 		 318 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  30.12 
 
 		 454 aa  156  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  34.85 
 
 		 316 aa  155  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  28.2 
 
 		 460 aa  155  2e-36  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  32.36 
 
 		 302 aa  154  4e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.31 
 
 		 434 aa  154  4e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.69 
 
 		 634 aa  153  7e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.36 
 
 		 469 aa  152  2e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  31.33 
 
 		 305 aa  151  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.56 
 
 		 340 aa  151  3e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.19 
 
 		 322 aa  149  9e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 303 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  27.82 
 
 		 458 aa  149  2.0000000000000003e-34  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0228  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.11 
 
 		 541 aa  147  6e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.91 
 
 		 314 aa  146  8.000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  28.75 
 
 		 457 aa  146  9e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 304 aa  145  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 310 aa  146  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.3 
 
 		 301 aa  146  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 310 aa  145  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.65 
 
 		 360 aa  145  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  30.16 
 
 		 457 aa  145  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.3 
 
 		 300 aa  145  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  35.4 
 
 		 310 aa  144  4e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.97 
 
 		 319 aa  144  5e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  28.27 
 
 		 466 aa  144  5e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.87 
 
 		 457 aa  144  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1525  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.59 
 
 		 316 aa  143  7e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15223e-23 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  28.88 
 
 		 457 aa  143  8e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 308 aa  143  9e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 310 aa  143  9e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  27.78 
 
 		 458 aa  143  9.999999999999999e-33  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1864  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.56 
 
 		 457 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal  0.121309 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.22 
 
 		 310 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 306 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 569 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 443 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05729  putative diguanylate cyclase  31.05 
 
 		 323 aa  142  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.07 
 
 		 301 aa  141  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.37 
 
 		 314 aa  141  3e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.66 
 
 		 314 aa  140  3.9999999999999997e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.65 
 
 		 324 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  31.21 
 
 		 323 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  34.17 
 
 		 335 aa  140  6e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  33.88 
 
 		 457 aa  140  6e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>