More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4562 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4562  dipeptide ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 336 aa  664    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  98.81 
 
 		 336 aa  660    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0349667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0812  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  94.35 
 
 		 336 aa  636    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153061  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  93.15 
 
 		 336 aa  624  1e-178  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  92.56 
 
 		 336 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  92.56 
 
 		 336 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  93.15 
 
 		 336 aa  623  1e-177  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0840  alkaline phosphatase  89.58 
 
 		 336 aa  594  1e-169  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  87.5 
 
 		 336 aa  593  1e-168  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  84.82 
 
 		 336 aa  580  1e-164  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12510  dipeptide ABC transporter, inner membrane permease component  82.74 
 
 		 336 aa  548  1e-155  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0113626  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  75.6 
 
 		 336 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  75 
 
 		 336 aa  503  1e-141  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  74.4 
 
 		 336 aa  503  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  74.7 
 
 		 336 aa  501  1e-141  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  74.4 
 
 		 336 aa  502  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.3 
 
 		 336 aa  502  1e-141  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  74.4 
 
 		 336 aa  500  1e-140  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.7 
 
 		 336 aa  499  1e-140  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.7 
 
 		 336 aa  499  1e-140  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  74.4 
 
 		 336 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  73.59 
 
 		 337 aa  497  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0244  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  75.89 
 
 		 336 aa  489  1e-137  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3377  dipeptide ABC transporter, permease protein  74.85 
 
 		 338 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3302  dipeptide ABC transporter, permease protein  74.85 
 
 		 338 aa  488  1e-137  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0257  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  75.6 
 
 		 336 aa  488  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0183254  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0438  dipeptide ABC transporter, permease protein  75.6 
 
 		 336 aa  488  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.287178  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2970  dipeptide ABC transporter, permease protein  74.85 
 
 		 338 aa  488  1e-137  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2120  dipeptide ABC transporter, permease protein  74.85 
 
 		 338 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.192679  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  69.64 
 
 		 336 aa  472  1e-132  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  68.15 
 
 		 336 aa  472  1e-132  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  64.9 
 
 		 351 aa  453  1.0000000000000001e-126  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.37 
 
 		 336 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1583  alkaline phosphatase  66.27 
 
 		 335 aa  451  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.354079  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.48 
 
 		 336 aa  448  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1691  alkaline phosphatase  65.77 
 
 		 336 aa  450  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.218764 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.67 
 
 		 334 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0103751  normal  0.0395583 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  64.31 
 
 		 339 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  64.6 
 
 		 339 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  63.72 
 
 		 339 aa  441  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  63.72 
 
 		 339 aa  441  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0391  Nickel-transporting ATPase  64.07 
 
 		 334 aa  443  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.941274  normal  0.201292 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  63.72 
 
 		 339 aa  443  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  63.72 
 
 		 339 aa  441  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  63.72 
 
 		 339 aa  441  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  64.01 
 
 		 339 aa  442  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.77 
 
 		 334 aa  440  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  63.42 
 
 		 339 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0169  Alkaline phosphatase  63.42 
 
 		 339 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4911  dipeptide transporter permease DppB  63.42 
 
 		 381 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  63.42 
 
 		 339 aa  440  9.999999999999999e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  63.42 
 
 		 339 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4074  dipeptide transporter permease DppB  64.01 
 
 		 339 aa  439  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03345  hypothetical protein  63.42 
 
 		 339 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  63.42 
 
 		 339 aa  439  9.999999999999999e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  63.42 
 
 		 339 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  63.42 
 
 		 339 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  63.42 
 
 		 339 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  63.42 
 
 		 339 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  64.01 
 
 		 339 aa  439  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1530  dipeptide ABC transporter, permease protein  64.18 
 
 		 335 aa  439  9.999999999999999e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.755182  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0330  nickel-transporting ATPase  62.57 
 
 		 334 aa  435  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0802428 
 
 
-
 
NC_004310  BR1585  dipeptide ABC transporter, permease protein  64.18 
 
 		 335 aa  437  1e-121  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.280526  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  63.99 
 
 		 336 aa  434  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.47 
 
 		 334 aa  435  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.58 
 
 		 335 aa  436  1e-121  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.39 
 
 		 335 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3232  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  62.39 
 
 		 335 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.624237  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.47 
 
 		 334 aa  426  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.186843  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  62.39 
 
 		 335 aa  427  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1527  nickel-transporting ATPase  59.52 
 
 		 338 aa  388  1e-107  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.86 
 
 		 338 aa  385  1e-106  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0353588 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  54.95 
 
 		 333 aa  379  1e-104  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.24 
 
 		 334 aa  350  2e-95  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.54 
 
 		 334 aa  337  9.999999999999999e-92  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.8 
 
 		 333 aa  331  1e-89  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.73 
 
 		 345 aa  330  2e-89  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.16813  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.45 
 
 		 334 aa  323  2e-87  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.45 
 
 		 334 aa  321  9.999999999999999e-87  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0480  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.64 
 
 		 334 aa  316  3e-85  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00673258  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.46 
 
 		 332 aa  309  4e-83  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.02 
 
 		 335 aa  302  4.0000000000000003e-81  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.948745  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.06 
 
 		 334 aa  302  5.000000000000001e-81  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  45.51 
 
 		 339 aa  298  1e-79  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.57 
 
 		 346 aa  295  5e-79  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.25 
 
 		 334 aa  295  8e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.143224 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0245  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.97 
 
 		 339 aa  286  4e-76  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.76239  normal  0.869294 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5350  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  45 
 
 		 359 aa  282  6.000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.48 
 
 		 347 aa  281  1e-74  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.699223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0717  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  44.51 
 
 		 337 aa  278  8e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.529173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4050  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.03 
 
 		 337 aa  276  3e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.208624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.79 
 
 		 308 aa  275  9e-73  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4120  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.01 
 
 		 338 aa  274  1.0000000000000001e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0727691 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2348  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.64 
 
 		 338 aa  271  1e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.73 
 
 		 315 aa  271  1e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.25 
 
 		 334 aa  270  2e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751345  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.43 
 
 		 337 aa  270  2e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.678107  normal  0.316578 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.73 
 
 		 337 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.298379  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1964  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.6 
 
 		 334 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.18 
 
 		 309 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>