More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3900 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1695  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  81.78 
 
 
1159 aa  1962    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.948496  normal  0.574545 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0252  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.14 
 
 
1174 aa  800    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854881  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1292  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  82.04 
 
 
1159 aa  1966    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0372313  normal  0.867611 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2695  sensor histidine kinase  49.05 
 
 
1147 aa  1056    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002203  sensor histidine kinase  48.93 
 
 
1055 aa  995    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0068  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  42.16 
 
 
1156 aa  881    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0939  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  39.65 
 
 
1168 aa  800    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3419  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  37.81 
 
 
1184 aa  795    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.285921  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0316  sensor histidine kinase/response regulator  40.99 
 
 
1174 aa  791    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2742  sensor histidine kinase/response regulator  45.87 
 
 
1145 aa  1007    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0165  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.51 
 
 
1168 aa  788    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.53132  normal  0.851256 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3900  sensory box histidine kinase/response regulator  100 
 
 
1157 aa  2358    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1749  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.07 
 
 
1146 aa  1000    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0353406  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3978  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.99 
 
 
1152 aa  884    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.508831  normal  0.169335 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2531  histidine kinase  45.99 
 
 
1146 aa  998    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.014523  hitchhiker  0.00504999 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2557  histidine kinase  46.55 
 
 
1142 aa  995    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257497  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1585  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  96.37 
 
 
1158 aa  2254    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.484303 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3460  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.98 
 
 
1175 aa  804    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.549126 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00164  sensor histidine kinase  49.31 
 
 
1177 aa  1060    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0860  putative two-component hybrid sensor histidine kinase and response regulator  39.76 
 
 
1169 aa  770    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0827695 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2829  membrane associated response regulator, histidine kinase  50.26 
 
 
1148 aa  1065    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0620  two component sensor kinase/response regulator hybrid  39.71 
 
 
1169 aa  780    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1864  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.6 
 
 
1159 aa  1006    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0562222 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1660  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  85.55 
 
 
1156 aa  2035    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0486727  normal  0.0112915 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4025  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  81.79 
 
 
1159 aa  1952    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0792472  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1792  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.16 
 
 
1146 aa  1000    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.103598  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0409  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.99 
 
 
1171 aa  797    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02256  Multidomain protein, contains Na+/proline symporter PutP-like domain, sensory histidine kinase and receiver domain  38.38 
 
 
1006 aa  648    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.371064  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3139  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.31 
 
 
1161 aa  822    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.305564 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00719  Multidomain protein contains Na+/proline symporter PutP-like domain, sensory histidine kinase and receiver domain  37.67 
 
 
1147 aa  739    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2348  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  45.92 
 
 
1145 aa  1001    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4538  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.38 
 
 
1172 aa  745    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02752  two-component system sensor protein  42.54 
 
 
1150 aa  865    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2060  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.77 
 
 
1111 aa  655    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.749505  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1753  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.07 
 
 
1146 aa  1001    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4564  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  40.52 
 
 
1169 aa  744    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.519353  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2627  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.4 
 
 
1116 aa  645    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.594612  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1250  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  82.2 
 
 
1158 aa  1958    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0252543 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0898  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.68 
 
 
1172 aa  961    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.149338  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0058  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  42.53 
 
 
1170 aa  774    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950876  normal  0.562732 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1424  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.44 
 
 
1152 aa  757    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.68675 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4823  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  39.95 
 
 
1169 aa  767    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1534  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.46 
 
 
1140 aa  969    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.254728  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2078  sensor histidine kinase/response regulator  46.74 
 
 
1141 aa  978    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.45474  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2522  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.86 
 
 
1146 aa  983    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00042371 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0523  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  39.38 
 
 
1179 aa  777    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.183484 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0224  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.03 
 
 
1167 aa  793    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0837  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  40.19 
 
 
1168 aa  751    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.303418 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0869  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.45 
 
 
1316 aa  646    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0225926  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0274  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  39.35 
 
 
1169 aa  756    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.41273  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2613  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.71 
 
 
1166 aa  825    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0523  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.95 
 
 
1145 aa  785    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1985  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.74 
 
 
1138 aa  757    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0090  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  40.65 
 
 
1163 aa  795    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2361  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.69 
 
 
1146 aa  1006    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00248753 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3284  multi-sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
1168 aa  806    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.431447 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0663  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.92 
 
 
1172 aa  802    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.564919 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2433  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.93 
 
 
1146 aa  986    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0799381 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3255  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.8 
 
 
1177 aa  717    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0680649  normal  0.187811 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1470  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  45.72 
 
 
1140 aa  991    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1829  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  39.3 
 
 
1185 aa  813    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3169  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.88 
 
 
1168 aa  812    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1850  putative two-component sensor  79.48 
 
 
1159 aa  1891    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460329  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21700  putative two-component sensor  79.4 
 
 
1159 aa  1890    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0921  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.22 
 
 
1169 aa  761    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306622  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35230  integral membrane sensor hybrid histidine protein kinase  76.21 
 
 
1161 aa  1809    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234785  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2724  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.58 
 
 
1140 aa  1007    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178694  hitchhiker  0.00103188 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2030  histidine kinase  41.99 
 
 
927 aa  474  1e-132  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.182465 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4149  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.98 
 
 
919 aa  472  1.0000000000000001e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1502  Histidine kinase  42.46 
 
 
919 aa  469  9.999999999999999e-131  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1631  sensor histidine kinase  42.53 
 
 
903 aa  462  9.999999999999999e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.857286 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0236  histidine kinase  42.79 
 
 
935 aa  461  9.999999999999999e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00442274 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2650  ATP-binding region ATPase domain protein  40.9 
 
 
913 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.574534  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1897  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.52 
 
 
1088 aa  448  1.0000000000000001e-124  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3779  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.62 
 
 
920 aa  433  1e-120  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2045  histidine kinase  36.93 
 
 
906 aa  422  1e-116  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189516  normal  0.433786 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0666  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.79 
 
 
917 aa  420  9.999999999999999e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.220304  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1904  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.76 
 
 
932 aa  413  1e-113  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.636099  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5112  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.28 
 
 
901 aa  406  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1408  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.12 
 
 
897 aa  405  1e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.263667  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1507  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.81 
 
 
896 aa  395  1e-108  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.808684  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2428  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.79 
 
 
945 aa  395  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.396366 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0262  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.03 
 
 
545 aa  392  1e-107  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.446369  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0291  sensor histidine kinase  41.65 
 
 
545 aa  389  1e-106  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2648  putative phytochrome sensor protein  39.09 
 
 
1087 aa  384  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02398  sensor histidine kinase  42.23 
 
 
881 aa  379  1e-103  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1586  putative phytochrome sensor protein  39.18 
 
 
1087 aa  379  1e-103  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0975529 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3355  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.53 
 
 
880 aa  374  1e-102  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0607488  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0169  Na+/solute symporter  38.16 
 
 
894 aa  376  1e-102  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0827667  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2693  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.88 
 
 
893 aa  376  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.194917  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1803  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.01 
 
 
894 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.27583 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0294  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.16 
 
 
1071 aa  375  1e-102  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.565561 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2061  Na+/solute symporter  37 
 
 
671 aa  373  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.274324 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1474  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.34 
 
 
894 aa  369  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0715  Na+/solute symporter  36.35 
 
 
1039 aa  370  1e-100  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.723376  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1429  hypothetical protein  36.79 
 
 
910 aa  365  4e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2922  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.45 
 
 
883 aa  365  4e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.301068 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2045  putative GAF sensor protein  36.93 
 
 
1079 aa  361  4e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0456906  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2100  putative phytochrome sensor protein  36.96 
 
 
1082 aa  360  6e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.758651  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2659  serine phosphatase  33.58 
 
 
1083 aa  346  1e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.623664  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>