21 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3852 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3852  hypothetical protein  100 
 
 
306 aa  632  1e-180  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.527403  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3853  hypothetical protein  93.2 
 
 
299 aa  570  1e-162  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206514  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69510  hypothetical protein  29.15 
 
 
357 aa  82.4  9e-15  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.133748  normal  0.588689 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0647  hypothetical protein  29.64 
 
 
391 aa  80.1  4e-14  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  normal  0.0829547 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0646  hypothetical protein  29.84 
 
 
377 aa  77.4  3e-13  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.436257  normal  0.112784 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0841  hypothetical protein  27.01 
 
 
338 aa  55.1  1e-06  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01526  hypothetical protein  34.78 
 
 
235 aa  51.2  2e-05  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.663911  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0207  hypothetical protein  28.68 
 
 
309 aa  51.2  2e-05  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.610772  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0038  hypothetical protein  29.03 
 
 
338 aa  50.1  5e-05  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02057  hypothetical protein  35.29 
 
 
247 aa  48.9  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.09997  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02059  hypothetical protein  35.29 
 
 
220 aa  48.5  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1593  hypothetical protein  31.68 
 
 
306 aa  46.6  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.232656  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1618  hypothetical protein  31.68 
 
 
259 aa  46.6  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1774  hypothetical protein  31.68 
 
 
343 aa  46.2  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.000428291  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2244  hypothetical protein  28.43 
 
 
308 aa  46.6  0.0006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0843  hypothetical protein  28.14 
 
 
444 aa  45.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1780  hypothetical protein  29.7 
 
 
343 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0414443  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2855  hypothetical protein  26.32 
 
 
272 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.337244  normal  0.112469 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0040  hypothetical protein  26.62 
 
 
443 aa  45.1  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3917  hypothetical protein  25 
 
 
313 aa  43.1  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.861601  normal  0.472935 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2758  hypothetical protein  21.62 
 
 
308 aa  43.1  0.006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>