More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3584 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3546  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.38 
 
 		 688 aa  690    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  100 
 
 		 646 aa  1320    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  91.95 
 
 		 646 aa  1226    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2377  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  55.42 
 
 		 688 aa  711    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  53.55 
 
 		 847 aa  682    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1939  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.32 
 
 		 691 aa  654    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0201512 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  55.83 
 
 		 830 aa  688    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2228  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.81 
 
 		 688 aa  692    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.899414 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.56 
 
 		 858 aa  680    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.15 
 
 		 686 aa  681    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  73.55 
 
 		 999 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  74.38 
 
 		 1086 aa  600  1e-170  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  72.36 
 
 		 1086 aa  598  1e-169  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  72.9 
 
 		 1092 aa  597  1e-169  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.69 
 
 		 1089 aa  592  1e-168  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  58.38 
 
 		 1381 aa  588  1e-166  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.98 
 
 		 998 aa  578  1e-164  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.29 
 
 		 957 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  72.85 
 
 		 1050 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  49.63 
 
 		 956 aa  567  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.04 
 
 		 695 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  69.43 
 
 		 1095 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  48.53 
 
 		 827 aa  561  1e-158  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  57.14 
 
 		 977 aa  561  1e-158  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  69.73 
 
 		 492 aa  560  1e-158  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.7 
 
 		 916 aa  559  1e-158  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  56.41 
 
 		 1092 aa  555  1e-157  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.41 
 
 		 1103 aa  555  1e-157  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  55.66 
 
 		 692 aa  550  1e-155  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.09 
 
 		 573 aa  549  1e-155  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  67.41 
 
 		 537 aa  549  1e-155  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.66 
 
 		 889 aa  549  1e-155  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  54.92 
 
 		 1022 aa  543  1e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  67.53 
 
 		 890 aa  532  1e-150  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  54.69 
 
 		 1165 aa  513  1e-144  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  65.74 
 
 		 772 aa  513  1e-144  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  66.5 
 
 		 845 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  59.51 
 
 		 695 aa  491  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.88 
 
 		 1065 aa  490  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  45.58 
 
 		 1065 aa  488  1e-136  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  46.69 
 
 		 691 aa  476  1e-133  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  43.96 
 
 		 691 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  62.21 
 
 		 812 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  58.65 
 
 		 695 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2229  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.95 
 
 		 553 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.638317 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.14 
 
 		 1215 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  59.31 
 
 		 728 aa  453  1.0000000000000001e-126  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.9 
 
 		 814 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.9 
 
 		 979 aa  444  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3545  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.89 
 
 		 553 aa  442  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.70141  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  57.44 
 
 		 556 aa  437  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.85 
 
 		 941 aa  436  1e-121  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2378  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.34 
 
 		 551 aa  435  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.81922 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  58.91 
 
 		 754 aa  431  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  47.22 
 
 		 939 aa  430  1e-119  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.44 
 
 		 845 aa  430  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.03 
 
 		 1164 aa  427  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.19 
 
 		 1225 aa  428  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1329  PAS sensor protein  45.66 
 
 		 1164 aa  423  1e-117  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.488954 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.24 
 
 		 827 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  46.82 
 
 		 1225 aa  425  1e-117  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  55.5 
 
 		 676 aa  420  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  56.04 
 
 		 676 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.99 
 
 		 689 aa  412  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.38 
 
 		 922 aa  411  1e-113  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.96 
 
 		 864 aa  403  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  54.02 
 
 		 558 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4533  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.85 
 
 		 785 aa  396  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.955834 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  50.51 
 
 		 573 aa  398  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4051  PAS sensor protein  41.19 
 
 		 783 aa  395  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.688401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4421  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.19 
 
 		 783 aa  392  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2652  histidine kinase  55.64 
 
 		 556 aa  385  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.32 
 
 		 943 aa  387  1e-106  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  48.99 
 
 		 548 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  52.17 
 
 		 571 aa  380  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.64 
 
 		 966 aa  380  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.3 
 
 		 1631 aa  377  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.63 
 
 		 622 aa  376  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0092  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.92 
 
 		 742 aa  377  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.39 
 
 		 818 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4726  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.75 
 
 		 625 aa  372  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.73 
 
 		 762 aa  375  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0144  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.2 
 
 		 764 aa  369  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.131271 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  51.26 
 
 		 416 aa  370  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.79 
 
 		 789 aa  367  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.83 
 
 		 689 aa  366  1e-100  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  50 
 
 		 727 aa  368  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.29 
 
 		 1651 aa  368  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.1 
 
 		 943 aa  369  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.38 
 
 		 814 aa  365  1e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.37 
 
 		 727 aa  364  3e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.13 
 
 		 905 aa  363  6e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6011  histidine kinase  52.59 
 
 		 743 aa  363  6e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0568406  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.87 
 
 		 741 aa  362  1e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.65 
 
 		 1646 aa  361  2e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2026  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.93 
 
 		 964 aa  361  2e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.54 
 
 		 810 aa  359  8e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  45.54 
 
 		 726 aa  359  9e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5761  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.74 
 
 		 708 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.88 
 
 		 1067 aa  358  1.9999999999999998e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>