40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3485 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009656  PSPA7_3943  lipase family protein  58.8 
 
 
539 aa  655    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3485  lipase family protein  100 
 
 
758 aa  1579    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0992541  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0149  lipase, class 3  53.88 
 
 
727 aa  764    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0816  lipase, class 3  41.86 
 
 
726 aa  415  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.229275  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1028  hypothetical protein  24.94 
 
 
641 aa  93.6  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1781  lipase family protein  31.79 
 
 
277 aa  67  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2065  lipase class 3  34.81 
 
 
324 aa  66.6  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08046  extracellular lipase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G02040)  34.56 
 
 
294 aa  65.1  0.000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1892  lipase, class 3  28.08 
 
 
378 aa  62.4  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.184018  hitchhiker  0.008794 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0870  lipase, class 3  32.33 
 
 
384 aa  60.1  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2407  lipase family protein  31.21 
 
 
357 aa  59.7  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0583209  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5022  lipase family protein  30.34 
 
 
240 aa  56.2  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4974  lipase family protein  29.66 
 
 
240 aa  55.5  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5004  lipase family protein  30.34 
 
 
240 aa  55.8  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1685  lipase, class 3  26.82 
 
 
276 aa  55.8  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5117  lipase family protein  29.66 
 
 
240 aa  55.5  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.611246  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4616  lipase  30.34 
 
 
240 aa  55.8  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00201141  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4594  lipase  29.66 
 
 
240 aa  55.5  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0532925  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4756  lipase family protein  29.66 
 
 
240 aa  55.5  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4704  lipase class 3  29.79 
 
 
240 aa  55.5  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0075  lipase family protein  34.34 
 
 
336 aa  55.1  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.70378  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4993  lipase family protein  29.17 
 
 
240 aa  54.7  0.000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.144902  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3132  lipase, class 3  31.65 
 
 
383 aa  54.3  0.000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.95393  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0272  lipase, class 3  34.11 
 
 
266 aa  54.3  0.000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0244  lipase family protein  28.97 
 
 
240 aa  53.1  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00506661  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3499  lipase class 3  27.08 
 
 
240 aa  52.8  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.304459  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28505  triacylglycerol lipase precursor  25.45 
 
 
350 aa  52  0.00004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1065  galactose-1-phosphate uridyl transferase, class I  32.28 
 
 
299 aa  51.2  0.00007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.228274  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6230  lipase class 3  28.21 
 
 
344 aa  50.4  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.230551  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_10321  predicted protein  31.25 
 
 
234 aa  50.1  0.0002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.0000376906  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0752  lipase class 3  24.36 
 
 
258 aa  48.9  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_24393  predicted protein  27.27 
 
 
694 aa  47.4  0.001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2431  lipase class 3  25.17 
 
 
387 aa  46.2  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2380  lipase class 3  25.17 
 
 
387 aa  46.2  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_33194  predicted protein  37.8 
 
 
672 aa  46.2  0.003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.274614 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05777  extracellular triacylglycerol lipase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G06510)  25.95 
 
 
404 aa  45.1  0.005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004314  predicted lipase  28.89 
 
 
379 aa  45.1  0.006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011697  PHATRDRAFT_50397  predicted protein  22.69 
 
 
891 aa  44.3  0.009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08743  lipase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G02710)  31.96 
 
 
1152 aa  44.3  0.009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.990446 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_17468  predicted protein  36.47 
 
 
1097 aa  43.9  0.01  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>