More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3482 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3482  Rhs element Vgr protein  100 
 
 		 675 aa  1402    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0192027  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5436  Rhs element Vgr protein  50.88 
 
 		 680 aa  653    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0454  Rhs element Vgr protein  51.11 
 
 		 671 aa  641    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2044  Rhs element Vgr protein  50.07 
 
 		 680 aa  635    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.909849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5597  Rhs element Vgr protein  61.03 
 
 		 1118 aa  764    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0820  Rhs element Vgr protein  48.24 
 
 		 694 aa  655    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.476122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3949  Rhs element Vgr protein  68.6 
 
 		 691 aa  988    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.809054  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43080  hypothetical protein  48.61 
 
 		 680 aa  636    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.00000000176027  normal  0.282542 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4488  Rhs element Vgr protein  50.63 
 
 		 702 aa  639    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5415  Rhs element Vgr protein  51.04 
 
 		 678 aa  632  1e-180  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69550  hypothetical protein  48.39 
 
 		 680 aa  633  1e-180  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.256731  normal  0.401785 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0107  Rhs element Vgr protein  50.39 
 
 		 693 aa  629  1e-179  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21450  hypothetical protein  49.27 
 
 		 688 aa  620  1e-176  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2631  Rhs element Vgr protein  47.47 
 
 		 684 aa  615  1e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18985  hypothetical protein  51.04 
 
 		 808 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000261066  normal  0.267032 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3849  Rhs element Vgr protein  47.16 
 
 		 675 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0153  Rhs element Vgr protein  46.72 
 
 		 689 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5574  Rhs element Vgr protein  50.41 
 
 		 741 aa  601  1e-170  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151496 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67230  hypothetical protein  49.35 
 
 		 790 aa  601  1e-170  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4385  Rhs element Vgr protein  47.52 
 
 		 763 aa  595  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2538  Rhs element Vgr protein  45.84 
 
 		 680 aa  587  1e-166  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2329  Rhs element Vgr protein  54.17 
 
 		 968 aa  535  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0115  vgrG protein  36.43 
 
 		 694 aa  364  4e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1212  Rhs element Vgr protein  34.53 
 
 		 699 aa  362  1e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2513  type VI secretion system Vgr family protein  34.21 
 
 		 682 aa  360  6e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1026  vgrG protein  34.13 
 
 		 1095 aa  359  9.999999999999999e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1183  Rhs element Vgr protein  33.83 
 
 		 694 aa  358  1.9999999999999998e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_36  VgrG protein, VgrG-2  32.93 
 
 		 754 aa  353  8e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0014  vgrG protein  34.53 
 
 		 1017 aa  352  2e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2151  Rhs element Vgr protein  35.81 
 
 		 706 aa  351  2e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1194  Rhs element Vgr protein  36.09 
 
 		 655 aa  348  2e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3719  Rhs element Vgr protein  33.33 
 
 		 723 aa  346  8.999999999999999e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.331309  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1358  VgrG preotein, VgrG-2  30.8 
 
 		 754 aa  345  1e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000448  VgrG protein  33.88 
 
 		 692 aa  342  1e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000107078  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01965  hypothetical protein  33.44 
 
 		 771 aa  341  2e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3035  type VI secretion system Vgr family protein  34.53 
 
 		 683 aa  339  8e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05870  hypothetical protein  33.74 
 
 		 692 aa  339  9.999999999999999e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2825  type VI secretion system Vgr family protein  34.23 
 
 		 678 aa  338  1.9999999999999998e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0345  type VI secretion system Vgr family protein  34.77 
 
 		 619 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2565  Rhs element Vgr protein  33.82 
 
 		 687 aa  336  7.999999999999999e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.125293  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2579  Rhs element Vgr protein  33.82 
 
 		 687 aa  336  7.999999999999999e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0472026  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2572  Rhs element Vgr protein  33.82 
 
 		 687 aa  336  7.999999999999999e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0544876  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0648  type VI secretion system Vgr family protein  34.33 
 
 		 609 aa  334  3e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1607  type VI secretion system Vgr family protein  35.23 
 
 		 616 aa  332  1e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2188  type VI secretion system Vgr family protein  33.82 
 
 		 656 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.33539  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0401  type VI secretion system Vgr family protein  33.83 
 
 		 740 aa  330  6e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2559  type VI secretion system Vgr family protein  34.56 
 
 		 618 aa  330  6e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0328  Rhs element Vgr protein  33.83 
 
 		 740 aa  329  8e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1216  type VI secretion system Vgr family protein  33.33 
 
 		 683 aa  329  1.0000000000000001e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2696  type VI secretion system Vgr family protein  36.15 
 
 		 615 aa  329  1.0000000000000001e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.187576  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0418  type VI secretion system Vgr family protein  35 
 
 		 617 aa  328  2.0000000000000001e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1155  type VI secretion system Vgr family protein  36.58 
 
 		 706 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0542625  normal  0.843476 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1502  type VI secretion system Vgr family protein  34.83 
 
 		 617 aa  328  2.0000000000000001e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3238  type VI secretion system Vgr family protein  32.97 
 
 		 678 aa  327  6e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0696  putative VgrG protein  32.58 
 
 		 741 aa  326  8.000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0764  type VI secretion system Vgr family protein  32.58 
 
 		 741 aa  326  8.000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0650  Rhs element Vgr protein  33.38 
 
 		 727 aa  325  1e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0732792  normal  0.0253872 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3454  type VI secretion system Vgr family protein  33.55 
 
 		 655 aa  325  2e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0838  Rhs element Vgr protein  33.14 
 
 		 697 aa  322  9.999999999999999e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2888  hypothetical protein  34.56 
 
 		 668 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1162  type VI secretion system Vgr family protein  34.99 
 
 		 617 aa  320  3.9999999999999996e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.754803  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0286  Rhs element Vgr protein:Gp5-like  31.16 
 
 		 709 aa  319  1e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.856224 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1145  Rhs element Vgr protein  34.15 
 
 		 706 aa  318  2e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2614  vgrG protein  31.54 
 
 		 722 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0110775 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33960  hypothetical protein  35.96 
 
 		 668 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000148732  normal  0.101757 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0339  putative VgrG protein  34.24 
 
 		 732 aa  311  2.9999999999999997e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3533  type VI secretion system Vgr family protein  33.01 
 
 		 725 aa  309  1.0000000000000001e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2557  type VI secretion system Vgr family protein  32.19 
 
 		 726 aa  307  3e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.482945  normal  0.0643046 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4257  type VI secretion system Vgr family protein  33.39 
 
 		 610 aa  306  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3234  type VI secretion system Vgr family protein  30.74 
 
 		 722 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0053  type VI secretion system Vgr family protein  33.79 
 
 		 617 aa  306  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50870  Rhs element Vgr protein  35.05 
 
 		 668 aa  304  3.0000000000000004e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2117  Rhs element Vgr protein  32.36 
 
 		 722 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3489  hypothetical protein  31.71 
 
 		 767 aa  302  1e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.159566  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3133  Rhs element Vgr protein  31.76 
 
 		 767 aa  301  2e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.054847  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2371  Rhs element Vgr protein  31.87 
 
 		 725 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2858  type VI secretion system Vgr family protein  32.94 
 
 		 692 aa  295  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.374803  normal  0.207801 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3415  Rhs element Vgr protein  33.77 
 
 		 669 aa  295  3e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0169  hypothetical protein  32.13 
 
 		 741 aa  294  4e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3386  vgrG protein  32.68 
 
 		 725 aa  293  7e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.160309  normal  0.824381 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1234  Vgr family type VI secretion system  30.68 
 
 		 704 aa  291  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.270466 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4049  vgrG protein  33.08 
 
 		 771 aa  291  4e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.253476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01160  hypothetical protein  32.11 
 
 		 741 aa  291  4e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4009  Rhs element Vgr protein  33.16 
 
 		 756 aa  289  1e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0849352  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3177  Rhs family protein  32.37 
 
 		 697 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1114  type VI secretion system Vgr family protein  30.51 
 
 		 713 aa  287  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3486  Rhs element Vgr protein  32.64 
 
 		 774 aa  286  8e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.740933  normal  0.610265 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0300  type VI secretion system Vgr family protein  33.11 
 
 		 794 aa  286  9e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00004  Rhs element Vgr protein, putative  32.82 
 
 		 748 aa  285  3.0000000000000004e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2735  Rhs element Vgr protein  33.28 
 
 		 788 aa  285  3.0000000000000004e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0298298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3868  type VI secretion system Vgr family protein  32.48 
 
 		 730 aa  284  3.0000000000000004e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0373872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2127  Rhs element Vgr protein  32.41 
 
 		 748 aa  283  9e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.519632 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2047  Rhs element Vgr protein  34.29 
 
 		 572 aa  282  2e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0245  type VI secretion system Vgr family protein  31.14 
 
 		 713 aa  281  2e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0243  type VI secretion system Vgr family protein  31.14 
 
 		 713 aa  281  2e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0241  Rhs element Vgr protein  32.81 
 
 		 907 aa  282  2e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4483  type VI secretion system Vgr family protein  32.84 
 
 		 778 aa  281  4e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0163  hypothetical protein  31.94 
 
 		 646 aa  279  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.766784  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0251  type VI secretion system Vgr family protein  31.26 
 
 		 713 aa  279  1e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.830075 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3752  Rhs element Vgr protein  32.7 
 
 		 755 aa  279  1e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.617325 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>