More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3454 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 296 aa  594  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  92.23 
 
 		 296 aa  551  1e-156  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2430  LysR family transcriptional regulator  77.82 
 
 		 301 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2595  LysR family transcriptional regulator  75.43 
 
 		 301 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3121  LysR family transcriptional regulator  75.09 
 
 		 301 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.739955  normal  0.0893475 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2736  LysR family transcriptional regulator  74.4 
 
 		 301 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  72.85 
 
 		 301 aa  417  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  74.05 
 
 		 306 aa  420  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  75.09 
 
 		 306 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  70.21 
 
 		 297 aa  397  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  69.44 
 
 		 297 aa  392  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  67.36 
 
 		 296 aa  392  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1671  LysR family transcriptional regulator  63.89 
 
 		 296 aa  356  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  53.61 
 
 		 293 aa  332  4e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 297 aa  252  7e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01942  probable transcriptional regulator  41.75 
 
 		 287 aa  213  2.9999999999999995e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.22412  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 297 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 297 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 299 aa  165  6.9999999999999995e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.85 
 
 		 297 aa  165  9e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 297 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 322 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  34.48 
 
 		 297 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 		 317 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 317 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 		 317 aa  162  9e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 317 aa  162  9e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 		 317 aa  162  9e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 317 aa  162  9e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 317 aa  162  9e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 310 aa  156  4e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 307 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 307 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 302 aa  152  7e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 307 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 307 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.1 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 322 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 310 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 314 aa  151  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 305 aa  151  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 307 aa  149  4e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 307 aa  149  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 364 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 302 aa  146  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 298 aa  145  6e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 295 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 305 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3863  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 307 aa  139  6e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5612  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 294 aa  139  6e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 300 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 300 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 300 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18480  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 309 aa  137  1e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  33.45 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  29.51 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  33.81 
 
 		 308 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2671  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.73 
 
 		 313 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00916902  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 305 aa  135  7.000000000000001e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 299 aa  135  8e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 299 aa  135  9e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.39 
 
 		 304 aa  133  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>