More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3444 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  100 
 
 		 170 aa  353  5e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  82.35 
 
 		 170 aa  291  3e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15910  transcriptional activator RfaH  44.87 
 
 		 153 aa  134  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  43.2 
 
 		 178 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  44.17 
 
 		 182 aa  131  5e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  37.04 
 
 		 167 aa  114  6.9999999999999995e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  41.32 
 
 		 174 aa  112  2.0000000000000002e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  37.65 
 
 		 167 aa  112  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  41.78 
 
 		 162 aa  110  7.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  34.97 
 
 		 177 aa  107  8.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  38.89 
 
 		 174 aa  103  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  35.58 
 
 		 168 aa  102  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  35.58 
 
 		 168 aa  102  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  35.58 
 
 		 168 aa  102  4e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  34.97 
 
 		 168 aa  101  6e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  34.52 
 
 		 166 aa  100  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  38.31 
 
 		 162 aa  99  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  38.16 
 
 		 162 aa  98.6  3e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  32.34 
 
 		 169 aa  98.6  3e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  38.31 
 
 		 162 aa  98.2  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  36.18 
 
 		 162 aa  98.6  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  38.31 
 
 		 162 aa  98.2  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  38.31 
 
 		 162 aa  98.2  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  38.31 
 
 		 162 aa  98.2  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  32.52 
 
 		 166 aa  97.8  6e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  32.52 
 
 		 166 aa  97.8  6e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  35.33 
 
 		 167 aa  97.8  6e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  35.58 
 
 		 166 aa  97.4  9e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  33.13 
 
 		 166 aa  96.7  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  40 
 
 		 175 aa  96.3  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  36.84 
 
 		 162 aa  95.5  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  37.01 
 
 		 162 aa  95.1  4e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  31.87 
 
 		 170 aa  95.1  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  37.09 
 
 		 162 aa  94.4  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  37.09 
 
 		 162 aa  94  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  37.09 
 
 		 162 aa  94  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  37.09 
 
 		 162 aa  94  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  37.09 
 
 		 162 aa  94  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  37.09 
 
 		 162 aa  94  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  38.51 
 
 		 163 aa  93.2  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  37.09 
 
 		 162 aa  94  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  37.09 
 
 		 162 aa  94  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  37.09 
 
 		 162 aa  94  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  36 
 
 		 165 aa  92.8  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  31.9 
 
 		 166 aa  93.2  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  31.58 
 
 		 179 aa  92.4  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  32.28 
 
 		 166 aa  91.3  6e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0279  transcriptional activator RfaH  37.16 
 
 		 162 aa  89.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3937  transcriptional activator RfaH  37.16 
 
 		 161 aa  89.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1908  transcriptional activator RfaH  36.49 
 
 		 162 aa  87  1e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00305393 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  30.06 
 
 		 168 aa  87  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  29.41 
 
 		 173 aa  85.9  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  32.08 
 
 		 165 aa  84.7  5e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  32.56 
 
 		 175 aa  81.3  0.000000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  28.14 
 
 		 174 aa  79.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  34.12 
 
 		 173 aa  80.1  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  31.45 
 
 		 184 aa  77.8  0.00000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  29.41 
 
 		 179 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  27.12 
 
 		 194 aa  77.4  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3694  NusG antitermination factor  26.74 
 
 		 172 aa  75.5  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000043421  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  26.55 
 
 		 194 aa  75.9  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1477  NusG antitermination factor  27.01 
 
 		 187 aa  73.2  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0560518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  30.3 
 
 		 174 aa  70.1  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1930  NusG antitermination factor  26.16 
 
 		 175 aa  70.5  0.00000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000062864  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  27.01 
 
 		 188 aa  69.3  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0405  NusG antitermination factor  24.29 
 
 		 175 aa  68.2  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000272103  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  29.58 
 
 		 168 aa  67.8  0.00000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0438  transcription termination/antitermination factor NusG  27.11 
 
 		 204 aa  67.4  0.00000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2473  transcription antitermination protein nusG  24.12 
 
 		 175 aa  67  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147395  decreased coverage  0.00105272 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2727  transcription antitermination protein NusG  25.42 
 
 		 173 aa  65.9  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.00000000231541  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2413  transcription antitermination protein NusG  25.42 
 
 		 173 aa  65.9  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.000000000134964  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  27.56 
 
 		 182 aa  65.1  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  29.37 
 
 		 154 aa  65.1  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0887  transcription antitermination protein nusG  29.49 
 
 		 182 aa  65.1  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.769632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2725  NusG antitermination factor  28.67 
 
 		 181 aa  64.3  0.0000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0672465  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2719  transcription antitermination protein nusG  25.71 
 
 		 177 aa  63.9  0.0000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00403072  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0307  NusG antitermination factor  23.84 
 
 		 172 aa  63.5  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000155754  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0643  NusG antitermination factor  24.19 
 
 		 190 aa  63.5  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.313093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0273  NusG antitermination factor  23.16 
 
 		 175 aa  63.5  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000233733  hitchhiker  0.00819689 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2700  transcription antitermination protein NusG  22.99 
 
 		 176 aa  63.2  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0835  transcription antitermination protein nusG  26.62 
 
 		 176 aa  62.4  0.000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000261776  normal  0.0934709 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01040  NusG antitermination factor  25.71 
 
 		 176 aa  62  0.000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.9624500000000004e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  23.43 
 
 		 184 aa  60.8  0.000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1181  NusG antitermination factor  25 
 
 		 185 aa  60.5  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00327311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1512  NusG antitermination factor  25.71 
 
 		 181 aa  60.5  0.00000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000324122  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf093  transcription antitermination protein NusG  26.34 
 
 		 197 aa  59.7  0.00000002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  hitchhiker  0.00871231  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0854  transcription antitermination protein NusG  25.57 
 
 		 174 aa  60.1  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000907525  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2347  NusG antitermination factor  24.86 
 
 		 203 aa  59.3  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00861255  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0180  transcription antitermination protein nusG  22.16 
 
 		 174 aa  59.7  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000727534  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08690  transcription antitermination protein nusG  22.29 
 
 		 178 aa  58.2  0.00000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000619667  hitchhiker  0.000000019364 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  24.16 
 
 		 170 aa  58.2  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.296838 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6306  NusG antitermination factor  28.3 
 
 		 160 aa  58.2  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.343168 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2041  NusG antitermination factor  23.73 
 
 		 176 aa  58.2  0.00000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000215719  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0093  transcription antitermination protein NusG  23.3 
 
 		 177 aa  57.8  0.00000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0973  transcription antitermination protein NusG  24.14 
 
 		 176 aa  57.8  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943054 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1422  transcription antitermination protein nusG  26.14 
 
 		 185 aa  57.4  0.00000009  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.002098  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0176  transcription antitermination protein NusG  28.67 
 
 		 176 aa  57  0.0000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0141603  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  25 
 
 		 170 aa  56.6  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0355  transcription antiterminator  23.73 
 
 		 183 aa  57  0.0000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000436573 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1321  transcription antitermination protein NusG  28.89 
 
 		 176 aa  57  0.0000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000116235  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>