22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3435 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3435    100 
 
 		 888 bp  1760    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00157752  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3217  hypothetical protein  81.18 
 
 		 888 bp  422  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00240946  normal  0.367781 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3904  hypothetical protein  87.36 
 
 		 888 bp  85.7  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000544421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3499  hypothetical protein  84.55 
 
 		 888 bp  83.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000135558  normal  0.669558 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2239  EamA family protein  83.64 
 
 		 888 bp  75.8  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0001908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1863  hypothetical protein  83.64 
 
 		 888 bp  75.8  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000217515  normal  0.404567 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3433  hypothetical protein  91.07 
 
 		 888 bp  71.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000000302271  normal  0.447533 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2514  hypothetical protein  100 
 
 		 852 bp  69.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.292339  normal  0.385218 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0837  threonine and homoserine efflux system  87.32 
 
 		 888 bp  69.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0124814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2830  threonine and homoserine efflux system  87.32 
 
 		 888 bp  69.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0883  threonine and homoserine efflux system  87.32 
 
 		 888 bp  69.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000921417  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0870  threonine and homoserine efflux system  87.32 
 
 		 888 bp  69.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000096225  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00780  threonine and homoserine efflux system  87.32 
 
 		 888 bp  69.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2535  threonine and homoserine efflux system  87.32 
 
 		 888 bp  69.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000316984  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0962  threonine and homoserine efflux system  87.32 
 
 		 900 bp  69.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0232509  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00797  hypothetical protein  87.32 
 
 		 888 bp  69.9  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2829  protein of unknown function DUF6 transmembrane  87.32 
 
 		 888 bp  69.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0520778  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4022  hypothetical protein  89.66 
 
 		 894 bp  67.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.222084  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46700  hypothetical protein  89.66 
 
 		 894 bp  67.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.022597  decreased coverage  0.000000235263 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0196  hypothetical protein  89.36 
 
 		 918 bp  54  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.389436  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1587  threonine and homoserine efflux system  82.35 
 
 		 888 bp  50.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00642491  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1197  hypothetical protein  87.5 
 
 		 888 bp  48.1  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.514706 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>