178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3421 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3421  repressor protein c2  100 
 
 		 243 aa  503  1e-141  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000122682  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3033  transcriptional repressor pyocin R2_PP  74.9 
 
 		 243 aa  374  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.593643  normal  0.0855736 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1929  peptidase S24/S26 domain-containing protein  36.41 
 
 		 215 aa  132  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0221761  hitchhiker  0.0000000154774 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  36.99 
 
 		 216 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  37.16 
 
 		 216 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  0.000000000000607321 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  36.99 
 
 		 216 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  34.33 
 
 		 218 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4132  repressor protein c2, putative  34.55 
 
 		 217 aa  112  5e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3869  peptidase  34.55 
 
 		 218 aa  112  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0571  repressor protein c2  35.18 
 
 		 215 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.72773  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3399  XRE family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 221 aa  107  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1853  putative prophage repressor  32.72 
 
 		 221 aa  107  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0159907  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4603  peptidase  34.67 
 
 		 229 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2248  repressor protein C2  32.02 
 
 		 236 aa  106  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000124176  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2829  XRE family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 240 aa  106  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1456  phage repressor protein  42.14 
 
 		 240 aa  106  4e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.817013  normal  0.84573 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2750  phage repressor protein  42.14 
 
 		 240 aa  106  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01954  hypothetical protein  32.87 
 
 		 221 aa  106  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2501  peptidase S24 and S26 domain protein  48.48 
 
 		 224 aa  105  6e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.241026  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  37.36 
 
 		 230 aa  105  9e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0293  prophage repressor  45.38 
 
 		 237 aa  104  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.830345 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1607  putative prophage repressor  31.9 
 
 		 221 aa  102  6e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.385994  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2713  transcriptional regulator, XRE family  45.26 
 
 		 222 aa  101  9e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1970  XRE family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 229 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.118852  normal  0.0462481 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2812  peptidase  34.2 
 
 		 216 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.354301 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0617  peptidase S24, S26A and S26B  40.91 
 
 		 225 aa  101  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2924  repressor protein  33.18 
 
 		 231 aa  99.8  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  4.38721e-16 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1733  XRE family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 222 aa  98.6  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000886349 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1308  XRE family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 229 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3443  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 228 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400113  unclonable  9.66468e-17 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 204 aa  90.5  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  35.94 
 
 		 220 aa  90.1  3e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1083  peptidase, S24 family  39.84 
 
 		 133 aa  89  6e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.501278  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3102  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 240 aa  87  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0669048  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  34.65 
 
 		 216 aa  81.3  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1815  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  37.39 
 
 		 207 aa  80.5  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.50082  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4010  repressor protein cI  35.16 
 
 		 234 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895282  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3550  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  31.14 
 
 		 235 aa  74.3  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000497465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 209 aa  73.2  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3660  putative prophage repressor  39.08 
 
 		 232 aa  68.6  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000108036  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2211  putative repressor protein encoded within prophage CP-933O  26.74 
 
 		 212 aa  66.2  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000372098  hitchhiker  7.21375e-19 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3556  repressor protein CI  24.07 
 
 		 235 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.860167  hitchhiker  9.00539e-18 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0989  S24 family peptidase  30 
 
 		 239 aa  61.2  0.00000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1339  putative prophage repressor  26.92 
 
 		 219 aa  60.5  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00520189 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1439  SOS-response transcriptional repressor, LexA  30.87 
 
 		 201 aa  60.1  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0773  SOS-response transcriptional repressor, LexA  33.12 
 
 		 213 aa  59.7  0.00000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000913387  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0322  helix-turn-helix/peptidase S24-like domain-containing protein  25.24 
 
 		 213 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.274392  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1577  peptidase S24-like domain-containing protein  26.19 
 
 		 216 aa  58.2  0.0000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555461  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0580  repressor protein C2  26.19 
 
 		 238 aa  58.2  0.0000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3151  Repressor lexA  32.58 
 
 		 154 aa  54.3  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.662921  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1773  putative prophage repressor  35.42 
 
 		 224 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000495428  hitchhiker  0.00108243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4068  Cro/CI family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 234 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0144241  unclonable  0.00000065299 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1758  transcriptional repressor, LexA family  31.39 
 
 		 201 aa  53.1  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000113097  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1204  LexA repressor  31.72 
 
 		 212 aa  53.5  0.000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.000092857  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2490  SOS-response transcriptional repressor, LexA  31.39 
 
 		 201 aa  53.1  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0572  repressor LexA  33.85 
 
 		 244 aa  52.8  0.000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0263209 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1572  SOS-response transcriptional repressor, LexA  28.66 
 
 		 217 aa  52.4  0.000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2454  LexA repressor  31.54 
 
 		 237 aa  51.2  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.212024  normal  0.397716 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1772  putative prophage repressor  32.09 
 
 		 217 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000601077  decreased coverage  0.000377038 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0427  SOS-response transcriptional repressor, LexA  27.15 
 
 		 243 aa  51.6  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000783758  normal  0.159781 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2805  transcriptional repressor, LexA family  32.58 
 
 		 208 aa  50.4  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000318976  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1808  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 235 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630846  normal  0.212121 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3666  XRE family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 217 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100264  decreased coverage  0.0000000000010366 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1142  SOS-response transcriptional repressor, LexA  32.31 
 
 		 201 aa  50.8  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00201645  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3249  LexA repressor  32.31 
 
 		 236 aa  50.1  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.633502  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3234  SOS-response transcriptional repressor, LexA  28.48 
 
 		 216 aa  50.1  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0168509 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4467  hypothetical protein  32.14 
 
 		 135 aa  49.7  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0818586 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1617  LexA repressor  26.87 
 
 		 203 aa  49.3  0.00005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2543  LexA family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 204 aa  49.3  0.00005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0539699  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2809  LexA repressor  31.54 
 
 		 234 aa  49.3  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.33074  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1729  LexA repressor  30.56 
 
 		 233 aa  49.3  0.00005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3974  LexA repressor  31.86 
 
 		 219 aa  49.7  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2558  LexA repressor  34.06 
 
 		 224 aa  49.3  0.00006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.031889  normal  0.0134465 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0020  SOS-response transcriptional repressor, LexA  32.81 
 
 		 199 aa  49.3  0.00006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000309012  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1364  LexA repressor  26.49 
 
 		 203 aa  48.9  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000105475  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1011  putative phage repressor  40 
 
 		 218 aa  48.9  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.763396  unclonable  0.00000301408 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1177  LexA repressor  26.49 
 
 		 203 aa  48.5  0.00008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000269483  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0780  putative phage repressor  24.37 
 
 		 240 aa  48.9  0.00008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00131571  decreased coverage  0.000230988 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3985  hypothetical protein  30.95 
 
 		 135 aa  48.5  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2839  LexA repressor  31.54 
 
 		 235 aa  48.5  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.485445 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1874  LexA repressor  30.23 
 
 		 228 aa  48.1  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.879574  normal  0.093957 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1008  repressor lexA  33.07 
 
 		 204 aa  48.5  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000183008  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24460  hypothetical protein  29.73 
 
 		 138 aa  47.8  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4496  LexA repressor  30 
 
 		 232 aa  48.1  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1232  transcriptional repressor, LexA family  30.07 
 
 		 209 aa  48.1  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0893  SOS-response transcriptional repressor, LexA  33.07 
 
 		 207 aa  47.8  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0167  LexA repressor  32.56 
 
 		 241 aa  47.8  0.0002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.139348  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0770  SOS-response transcriptional repressor, LexA  32.5 
 
 		 217 aa  47.8  0.0002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.953907  normal  0.283902 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4562  SOS-response transcriptional repressor, LexA  30.71 
 
 		 227 aa  47  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.547089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3097  hypothetical protein  30.48 
 
 		 140 aa  47.8  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000190515 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0885  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  37.8 
 
 		 243 aa  47  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1781  putative prophage repressor  29.03 
 
 		 194 aa  47  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000051926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1135  LexA repressor  28.47 
 
 		 241 aa  47  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.725643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0970  XRE family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 212 aa  46.6  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0257991  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2238  SOS-response transcriptional repressor, LexA  28.76 
 
 		 228 aa  46.6  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.778697  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0927  SOS-response transcriptional repressor, LexA  29.2 
 
 		 206 aa  47  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1495  LexA repressor  31.78 
 
 		 222 aa  46.6  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000262911  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1693  SOS-response transcriptional repressor, LexA  28.03 
 
 		 215 aa  46.6  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.026271  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2148  transcriptional repressor, LexA family  28.76 
 
 		 230 aa  46.6  0.0004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03030  SOS response transcriptional repressor, RecA-mediated autopeptidase  25.75 
 
 		 228 aa  46.6  0.0004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.0000000274718  hitchhiker  1.62281e-36 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>