107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3418 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3038  TraC domain-containing protein  76.39 
 
 		 736 aa  1139    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.35161 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3418  DNA primase domain protein  100 
 
 		 739 aa  1524    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0205684  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3978  virulence-associated E family protein  62.4 
 
 		 744 aa  926    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00795636  normal  0.108518 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1880  virulence-associated E family protein  35.3 
 
 		 835 aa  431  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00331522  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1166  virulence-associated E family protein  45.59 
 
 		 896 aa  348  3e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.67711 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3095  virulence-associated E family protein  35.77 
 
 		 413 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2155  virulence-associated E  36.5 
 
 		 695 aa  253  9.000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00489763  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1984  virulence-associated E family protein  38.48 
 
 		 509 aa  247  6e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1690  virulence-associated E family protein  37.47 
 
 		 489 aa  241  2.9999999999999997e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.879464  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0903  virulence-associated E family protein  31.09 
 
 		 778 aa  240  5.999999999999999e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1196  virulence-associated E family protein  40.06 
 
 		 818 aa  238  3e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1053  virulence-associated E family protein  31.88 
 
 		 815 aa  232  2e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.957725  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1072  virulence-associated E family protein  31.88 
 
 		 815 aa  232  2e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1237  virulence-associated E family protein  37.28 
 
 		 781 aa  220  1e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000496901  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3057  virulence-associated E family protein  31.72 
 
 		 789 aa  215  1.9999999999999998e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00197064  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0384  virulence-associated protein E  37.69 
 
 		 788 aa  214  7e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.469306  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2850  virulence-associated E family protein  37.69 
 
 		 788 aa  214  7e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000089982  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1413  virulence-associated E family protein  36.19 
 
 		 806 aa  206  2e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1612  virulence-associated E family protein  38.59 
 
 		 892 aa  202  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.631807 
 
 
-
 
NC_002936  DET1098  virulence-associated protein E, putative  35.31 
 
 		 789 aa  199  1.0000000000000001e-49  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1865  hypothetical protein  37.31 
 
 		 746 aa  171  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.150258  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2483  hypothetical protein  36.42 
 
 		 848 aa  168  4e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2569  virulence-associated E  32.82 
 
 		 697 aa  160  1e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00313413  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0668  hypothetical protein  31.59 
 
 		 833 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0144  virulence-associated E family protein  29.52 
 
 		 812 aa  154  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0856396 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3094  virulence-associated E  30.09 
 
 		 662 aa  152  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000820429  normal  0.712426 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5640  virulence-associated E family protein  26.68 
 
 		 761 aa  146  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.00000000885028  normal  1 
 
 
 
NC_009485  BBta_4941  hypothetical protein  32.79 
 
 		 736 aa  133  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.670147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2820  hypothetical protein  37.69 
 
 		 275 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2652  hypothetical protein  35.99 
 
 		 813 aa  132  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.442336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1212  virulence-associated E family protein  28.21 
 
 		 725 aa  130  8.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0087  TOPRIM domain-containing protein  36.05 
 
 		 782 aa  124  9e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.417262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2130  TOPRIM domain-containing protein  32.75 
 
 		 277 aa  122  3e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.647312  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0964  hypothetical protein  31.4 
 
 		 278 aa  115  4.0000000000000004e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1360  hypothetical protein  31.16 
 
 		 272 aa  114  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.687971  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0049  DNA primase, putative  31.33 
 
 		 1389 aa  114  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0057  DNA primase TraC  31.11 
 
 		 1557 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0931  hypothetical protein  37.27 
 
 		 818 aa  111  5e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0427  virulence-associated protein E  33.86 
 
 		 476 aa  109  2e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0020  DNA primase TraC  31.45 
 
 		 986 aa  106  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0098  DNA primase  30.48 
 
 		 1255 aa  103  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0404  P-loop ATPase and inactivated derivatives-like protein  27.76 
 
 		 431 aa  102  3e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.233969  normal  0.98615 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a039  DNA primase TraC  27.83 
 
 		 357 aa  100  7e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000018393  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a034  DNA primase TraC  27.83 
 
 		 411 aa  100  8e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000906567  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2983  hypothetical protein  33.22 
 
 		 271 aa  100  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4668  hypothetical protein  27.27 
 
 		 1077 aa  99.4  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1431  P-loop ATPase and inactivated derivatives-like  29.77 
 
 		 400 aa  99  3e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.150716  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2406  TOPRIM domain-containing protein  48.06 
 
 		 797 aa  99  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348772  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0951  DNA primase  45.89 
 
 		 354 aa  96.7  2e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.760511  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0098  hypothetical protein  39.58 
 
 		 950 aa  95.5  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0943  DNA primase  45.89 
 
 		 621 aa  95.5  3e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0834  TOPRIM domain-containing protein  32.7 
 
 		 357 aa  94.4  7e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2008  DNA primase  41.67 
 
 		 955 aa  92.4  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.491105  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4248  hypothetical protein  28.83 
 
 		 1580 aa  90.5  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00909879  normal  0.515927 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0017  cpp22  25.7 
 
 		 408 aa  90.1  1e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.113965  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2244  hypothetical protein  45.89 
 
 		 1495 aa  90.1  1e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2484  primase 2  35.59 
 
 		 953 aa  89.7  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0469  bacteriophage DNA primase  31.34 
 
 		 338 aa  88.2  5e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.419516 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1754  inner membrane protein  39.9 
 
 		 958 aa  87.8  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2366  inner membrane protein  39.9 
 
 		 958 aa  87.8  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0652  TOPRIM domain-containing protein  31.85 
 
 		 326 aa  86.7  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0494563  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1288  inner membrane protein  39.38 
 
 		 953 aa  86.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6521  TOPRIM  29.07 
 
 		 1448 aa  85.5  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3110  plasmid and phage DNA primase  27.36 
 
 		 777 aa  85.5  0.000000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.926213  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_009795  CCC13826_0611  Cpp22  26.72 
 
 		 430 aa  85.5  0.000000000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2243  hypothetical protein  35.33 
 
 		 368 aa  85.1  0.000000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2711  hypothetical protein  28.12 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6616  hypothetical protein  28.72 
 
 		 1448 aa  84.7  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0777828  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2964  bacteriophage P4 DNA primase  28.76 
 
 		 777 aa  83.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000273638 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4783  zinc-binding domain protein, primase-helicase family  31.82 
 
 		 890 aa  81.3  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6195  hypothetical protein  30.84 
 
 		 523 aa  81.3  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.374342  normal  0.646771 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3707  P4 alpha zinc-binding domain protein  36.17 
 
 		 681 aa  80.9  0.00000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0381  inner membrane protein  31.36 
 
 		 890 aa  80.9  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.401126 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3269  P4 family phage/plasmid primase  31.89 
 
 		 775 aa  79.7  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3548  P4 alpha zinc-binding domain protein  32 
 
 		 681 aa  79.7  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.88149  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0309  inner membrane protein  40.62 
 
 		 955 aa  77.8  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2480  hypothetical protein  28.05 
 
 		 303 aa  77.8  0.0000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3699  P4 alpha zinc-binding domain protein  35.56 
 
 		 678 aa  77.8  0.0000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.482092  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0113  hypothetical protein  40.62 
 
 		 950 aa  77  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1053  P4 family phage/plasmid primase  28.38 
 
 		 777 aa  75.9  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0710  P4 family phage/plasmid primase  32.45 
 
 		 775 aa  75.1  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4007  protein of unknown function DUF927  30.08 
 
 		 899 aa  74.7  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40670  DnaG-like primase protein  40.57 
 
 		 128 aa  74.7  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.144153  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0043  P4 family phage/plasmid primase  29.41 
 
 		 777 aa  74.3  0.000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4012  D5 family nucleoside triphosphatase  27.03 
 
 		 777 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1504  hypothetical protein  30.89 
 
 		 326 aa  72  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48867  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4847  bacteriophage P4 DNA primase  28.93 
 
 		 776 aa  71.2  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.645663  normal  0.521901 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3284  P-loop ATPase and inactivated derivatives-like protein  28.65 
 
 		 748 aa  70.9  0.00000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.832553  normal  0.553227 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0933  hypothetical protein  34.68 
 
 		 218 aa  68.2  0.0000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5333  P-loop ATPase and inactivated derivatives-like protein  27.94 
 
 		 749 aa  66.6  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.300834 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0320  putative nucleoside triphosphatase, D5 family  27.89 
 
 		 777 aa  65.5  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.382888 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3860  D5 family nucleoside triphosphatase  28.47 
 
 		 763 aa  63.5  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.503803  normal  0.0447982 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0945  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  31.82 
 
 		 273 aa  63.9  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.550543  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2642  zinc-binding domain of primase-helicase family  28.37 
 
 		 895 aa  63.9  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.740754  hitchhiker  0.00000000000696733 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0890  D5 family nucleoside triphosphatase  31.82 
 
 		 763 aa  63.2  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2368  protein of unknown function DUF927  28.23 
 
 		 878 aa  62.4  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.124807  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4842  hypothetical protein  31.72 
 
 		 615 aa  58.9  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3324  hypothetical protein  31.72 
 
 		 615 aa  58.9  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4191  primase 2  31.72 
 
 		 615 aa  58.9  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3881  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  31.37 
 
 		 929 aa  57  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>