More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3334 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 302 aa  616  1e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  93.05 
 
 		 302 aa  568  1e-161  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  75.25 
 
 		 300 aa  476  1e-133  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  67.46 
 
 		 322 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  70.85 
 
 		 304 aa  414  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  66.44 
 
 		 313 aa  388  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  66.1 
 
 		 305 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  66.44 
 
 		 305 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  65.41 
 
 		 307 aa  384  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  66.44 
 
 		 316 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  65.41 
 
 		 307 aa  384  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  65.07 
 
 		 307 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  65.07 
 
 		 307 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  60.47 
 
 		 312 aa  368  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  65.42 
 
 		 322 aa  364  1e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  61.36 
 
 		 306 aa  359  4e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  58.22 
 
 		 313 aa  344  1e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  55.14 
 
 		 299 aa  337  1.9999999999999998e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 297 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 297 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 297 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  50.18 
 
 		 297 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  48.41 
 
 		 297 aa  300  1e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  50.69 
 
 		 305 aa  300  1e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 305 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 307 aa  280  2e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 307 aa  280  2e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 305 aa  278  6e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 305 aa  278  6e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 305 aa  273  3e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 298 aa  261  1e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  42.35 
 
 		 317 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  41.99 
 
 		 317 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  41.99 
 
 		 317 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 317 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 317 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 317 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 317 aa  251  7e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 300 aa  251  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 310 aa  241  2e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 298 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5168  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 298 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4125  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0971923 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4776  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3391  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.279491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3330  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.718277 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2806  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 296 aa  211  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 302 aa  206  3e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 300 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 300 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 295 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 295 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 295 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 300 aa  189  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 300 aa  189  5e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 295 aa  189  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 300 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 300 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 300 aa  185  6e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 300 aa  185  6e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 300 aa  185  6e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  37.84 
 
 		 300 aa  185  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 300 aa  185  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 300 aa  185  6e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 300 aa  185  6e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 305 aa  185  7e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.57 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4128  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 315 aa  182  6e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 298 aa  179  5.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2537  transcription regulator transcription regulator protein  37.2 
 
 		 297 aa  177  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.566586 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 300 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  32.65 
 
 		 308 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  32.65 
 
 		 308 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  32.65 
 
 		 308 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  32.65 
 
 		 308 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  32.65 
 
 		 308 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 298 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 298 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 294 aa  159  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2812  transcriptional regulator, LysR family  35.57 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.260123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18480  transcriptional regulator  34.47 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2406  transcriptional regulator, LysR family  35.57 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.237707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 297 aa  155  6e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4244  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.291884 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.53 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>