227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3290 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  82.31 
 
 		 441 aa  772    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  100 
 
 		 441 aa  905    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  80.27 
 
 		 441 aa  757    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3618  outer membrane porin  70.29 
 
 		 441 aa  672    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.088636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2286  outer membrane porin  68.78 
 
 		 447 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.197845  normal  0.381133 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  63.84 
 
 		 447 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  63.84 
 
 		 447 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  63.84 
 
 		 447 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  63.84 
 
 		 447 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3630  porin, putative  65.77 
 
 		 447 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2103  outer membrane porin  66 
 
 		 447 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2214  outer membrane porin  63.27 
 
 		 440 aa  592  1e-168  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0154417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  64.94 
 
 		 446 aa  588  1e-167  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2734  putative porin  60.05 
 
 		 455 aa  524  1e-147  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34191  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32270  putative porin  59.67 
 
 		 448 aa  518  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  44.01 
 
 		 446 aa  354  1e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000158939  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2754  porin, putative  41.06 
 
 		 479 aa  325  1e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2999  outer membrane porin  41.52 
 
 		 449 aa  324  2e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  40 
 
 		 441 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0833  outer membrane porin  40.94 
 
 		 444 aa  302  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.78414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  41.72 
 
 		 447 aa  301  2e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4394  outer membrane porin  40.49 
 
 		 444 aa  300  3e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.461784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0822  outer membrane porin  40.72 
 
 		 444 aa  299  7e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43059  normal  0.142629 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0799  outer membrane porin  40.49 
 
 		 444 aa  298  9e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.230822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51880  basic amino acid, basic peptide and imipenem outer membrane porin OprD precursor  39.39 
 
 		 443 aa  297  3e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286241  normal  0.0103947 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40060  OprD family outer membrane porin  41.78 
 
 		 454 aa  294  2e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  38.93 
 
 		 422 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3987  porin D  38.48 
 
 		 448 aa  285  9e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286909  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43830  OprD family outer membrane porin  40.38 
 
 		 444 aa  283  4.0000000000000003e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  38.41 
 
 		 427 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4665  outer membrane porin  39.86 
 
 		 438 aa  281  1e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109112  normal  0.472139 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  38.03 
 
 		 421 aa  280  5e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  39.73 
 
 		 448 aa  279  6e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1260  outer membrane porin  37.69 
 
 		 425 aa  279  7e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000749415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  38.26 
 
 		 421 aa  279  8e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02020  putative outer membrane porin  39.11 
 
 		 444 aa  277  3e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.485691 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0242  porin  39.17 
 
 		 444 aa  273  3e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40000  OprD family outer membrane porin  41.15 
 
 		 452 aa  273  5.000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0644019  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  37.12 
 
 		 445 aa  269  7e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  37.33 
 
 		 445 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3212  outer membrane porin  39.52 
 
 		 414 aa  263  6e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  35.81 
 
 		 431 aa  260  3e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3977  putative porin  34.69 
 
 		 435 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598863  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  36.26 
 
 		 417 aa  250  3e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29220  putative porin  34.62 
 
 		 435 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.655739 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  34.38 
 
 		 423 aa  247  3e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  36.68 
 
 		 427 aa  246  6e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  36.23 
 
 		 427 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2839  porin  34.88 
 
 		 467 aa  239  5e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4940  outer membrane porin  36.21 
 
 		 439 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.849665  hitchhiker  0.000000184372 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  36.89 
 
 		 415 aa  238  2e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  36.11 
 
 		 411 aa  237  3e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  35.37 
 
 		 409 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0294  outer membrane porin  35.84 
 
 		 439 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02370  putative porin  35.19 
 
 		 452 aa  234  3e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000471352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33410  porin  35.81 
 
 		 472 aa  234  3e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0650483  normal  0.0333404 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0224  outer membrane porin  34.47 
 
 		 420 aa  233  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.79572 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5250  porin, putative  33.18 
 
 		 420 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0268  putative porin  34.5 
 
 		 452 aa  232  1e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7753  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0268  outer membrane porin  35.13 
 
 		 439 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205695 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  34.87 
 
 		 416 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0284  outer membrane porin  35.13 
 
 		 439 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.314228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28400  outer membrane OprD family porin  33.48 
 
 		 425 aa  230  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00818285 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5160  outer membrane porin  33.33 
 
 		 420 aa  230  4e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  34.92 
 
 		 409 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2476  outer membrane protein  33.26 
 
 		 425 aa  229  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  35.97 
 
 		 421 aa  228  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  33.33 
 
 		 417 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1367  outer membrane porin  34.59 
 
 		 468 aa  226  7e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.321453  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0295  outer membrane porin  34.78 
 
 		 428 aa  225  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.258921  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  34.27 
 
 		 421 aa  225  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  34.27 
 
 		 421 aa  225  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  32.96 
 
 		 422 aa  222  9.999999999999999e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  32.11 
 
 		 417 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  32.11 
 
 		 418 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  34.62 
 
 		 421 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  32.52 
 
 		 433 aa  219  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  32.85 
 
 		 417 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0926  outer membrane porin  34.5 
 
 		 459 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  34.7 
 
 		 418 aa  216  7e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  33.57 
 
 		 429 aa  216  8e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0883  outer membrane porin  32.68 
 
 		 459 aa  216  9e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.269158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4295  outer membrane porin  33.49 
 
 		 459 aa  216  9e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0341226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  31.44 
 
 		 417 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  32.8 
 
 		 417 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  31.19 
 
 		 417 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  31.36 
 
 		 413 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2005  outer membrane porin  32.82 
 
 		 447 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  32.07 
 
 		 417 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0064  outer membrane porin  32.67 
 
 		 418 aa  215  1.9999999999999998e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0645144  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  33.56 
 
 		 439 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0922  outer membrane porin  33.49 
 
 		 459 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.535028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  32.33 
 
 		 429 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  32.35 
 
 		 433 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  34.94 
 
 		 418 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  33.18 
 
 		 416 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  32.74 
 
 		 428 aa  213  7e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  33.33 
 
 		 429 aa  213  7e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  33.1 
 
 		 429 aa  212  9e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  33.8 
 
 		 419 aa  212  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>