More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3239 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3239  tolR protein  100 
 
 		 148 aa  298  1e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24442  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4061  biopolymer transport protein ExbD/TolR  70.75 
 
 		 149 aa  214  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.603451  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04990  TolR-like protein  65.52 
 
 		 147 aa  204  4e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0118688  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4538  TolR protein  62.68 
 
 		 146 aa  190  7e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51740  TolR protein  62.68 
 
 		 146 aa  190  7e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101841  hitchhiker  0.0000169267 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4198  protein TolR  58.22 
 
 		 150 aa  175  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.843588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3995  protein TolR  57.53 
 
 		 150 aa  173  8e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3974  tolR protein  56.16 
 
 		 154 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0054859  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1413  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.16 
 
 		 154 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.039355  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1220  biopolymer transport protein TolR  57.53 
 
 		 150 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.336788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1249  biopolymer transport, TolR  57.53 
 
 		 150 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4404  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.64 
 
 		 153 aa  169  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0822226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1275  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52 
 
 		 150 aa  163  8e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.146064  normal  0.370968 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36660  TolR protein  52.05 
 
 		 150 aa  159  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0583237  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1701  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.27 
 
 		 148 aa  139  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0404269  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.41 
 
 		 148 aa  125  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.55 
 
 		 145 aa  122  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.66 
 
 		 144 aa  121  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0564  protein TolR  45.32 
 
 		 150 aa  121  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.434395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2531  biopolymer transport protein  44.59 
 
 		 142 aa  120  5e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000400528  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1855  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.66 
 
 		 144 aa  120  9e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2733  protein TolR  42.66 
 
 		 145 aa  119  9e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0139663  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.93 
 
 		 154 aa  119  9.999999999999999e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1783  protein TolR  41.96 
 
 		 144 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000043737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  41.96 
 
 		 144 aa  116  9e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  41.96 
 
 		 144 aa  116  9e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.96 
 
 		 144 aa  116  9e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2088  tolR protein  41.26 
 
 		 145 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00030908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2192  biopolymer transport TolR  44.44 
 
 		 142 aa  115  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0164726  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2370  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.56 
 
 		 144 aa  115  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000201992  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2533  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.56 
 
 		 144 aa  115  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432796  normal  0.100758 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2231  TolR protein  43.88 
 
 		 148 aa  114  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.56 
 
 		 144 aa  114  5e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000781876  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2566  biopolymer transport TolR  39.86 
 
 		 145 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208666  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2941  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.56 
 
 		 140 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000159512  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0725  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.36 
 
 		 145 aa  111  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.154388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1392  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.43 
 
 		 142 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000255119  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.86 
 
 		 142 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00381179  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0863  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.44 
 
 		 138 aa  108  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0638904  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2442  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.86 
 
 		 144 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000689995  normal  0.227653 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2750  tolr protein  39.86 
 
 		 144 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1531  hypothetical protein  42.36 
 
 		 151 aa  107  5e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1452  hypothetical protein  42.36 
 
 		 151 aa  107  5e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  44.29 
 
 		 146 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  40 
 
 		 139 aa  107  7.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.88 
 
 		 139 aa  105  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  39.29 
 
 		 139 aa  105  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02686  Biopolymer transport protein  39.29 
 
 		 139 aa  105  3e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00153637  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3121  protein TolR  41.84 
 
 		 142 aa  103  9e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0412  TolR  42.03 
 
 		 147 aa  103  9e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.127174  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1762  protein TolR  42.03 
 
 		 147 aa  103  9e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0244  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.61 
 
 		 149 aa  103  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4429  protein TolR  40.6 
 
 		 173 aa  102  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.681247 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2719  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.86 
 
 		 151 aa  102  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.746273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.13 
 
 		 149 aa  100  5e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1567  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.06 
 
 		 149 aa  99.4  1e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00086349 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2733  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 		 153 aa  100  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3381  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.3 
 
 		 143 aa  100  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000113024 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1251  biopolymer transport protein TolR  40.97 
 
 		 152 aa  99.4  2e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.134636  normal  0.986212 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3514  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.14 
 
 		 151 aa  99.4  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.262132  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  42.38 
 
 		 138 aa  99  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  38.69 
 
 		 139 aa  98.2  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1729  tolR protein  43.7 
 
 		 141 aa  98.6  3e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.03 
 
 		 149 aa  98.2  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1135  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.56 
 
 		 152 aa  97.8  4e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3453  biopolymer ExbD/TolR family transporter  39.29 
 
 		 176 aa  97.4  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1908  ExbD/TolR family protein  37.14 
 
 		 141 aa  97.1  8e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0066  protein TolR  41.79 
 
 		 136 aa  96.3  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.659052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2977  TolR protein  40.15 
 
 		 144 aa  96.3  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0065  TolR protein  41.79 
 
 		 136 aa  96.3  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0122118  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2135  biopolymer transport, TolR  40.58 
 
 		 167 aa  96.7  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2589  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.51 
 
 		 158 aa  95.5  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.382062  hitchhiker  0.000000237185 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0371  biopolymer ExbD/TolR family transporter  38.57 
 
 		 176 aa  95.9  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2454  biopolymer ExbD/TolR family transporter  38.57 
 
 		 176 aa  95.9  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2641  biopolymer ExbD/TolR family transporter  38.57 
 
 		 176 aa  95.9  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0684  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.06 
 
 		 154 aa  95.5  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.508331  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1230  biopolymer ExbD/TolR family transporter  38.57 
 
 		 176 aa  95.9  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0575  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.13 
 
 		 143 aa  95.1  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3058  biopolymer transport TolR  40.58 
 
 		 152 aa  94.7  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0312035  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.86 
 
 		 147 aa  94.7  4e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4434  protein TolR  42.96 
 
 		 147 aa  94.7  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620039  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2367  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.74 
 
 		 162 aa  94.4  5e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0617  ExbD/TolR family transport energizing protein  36.36 
 
 		 142 aa  94  6e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.843085  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0520  ExbD/TolR family transport energizing protein  36.36 
 
 		 142 aa  94  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1803  biopolymer ExbD/TolR family transporter  36.36 
 
 		 142 aa  94  6e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.831218  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1930  biopolymer ExbD/TolR family transporter  36.36 
 
 		 142 aa  94  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2212  biopolymer transport TolR  35.34 
 
 		 140 aa  94  6e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000948089  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2064  ExbD/TolR family transport energizing protein  36.36 
 
 		 142 aa  94  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132783  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1092  ExbD/TolR family transport energizing protein  36.36 
 
 		 142 aa  94  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0800  ExbD/TolR family transport energizing protein  36.36 
 
 		 140 aa  94  7e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0711  putative biopolymer transport protein  39.55 
 
 		 140 aa  94  7e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0310861 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.57 
 
 		 144 aa  93.6  7e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2418  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.86 
 
 		 144 aa  93.2  9e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1699  ExbD/TolR family TonB system transport protein  37.12 
 
 		 150 aa  92.8  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3630  biopolymer ExbD/TolR family transporter  36.99 
 
 		 146 aa  92.8  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1641  protein TolR  37.12 
 
 		 150 aa  92.8  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0620  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.86 
 
 		 151 aa  93.2  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2239  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.03 
 
 		 140 aa  92.8  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.71 
 
 		 166 aa  92  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2026  biopolymer ExbD/TolR family transporter  35.61 
 
 		 142 aa  92.4  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.597145  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>