More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3196 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 304 aa  614  1e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  82.21 
 
 		 298 aa  512  1e-144  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  57 
 
 		 298 aa  352  2.9999999999999997e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  55.63 
 
 		 309 aa  350  2e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17760  Transcriptional regulator, LysR family  57.68 
 
 		 299 aa  349  3e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  57 
 
 		 298 aa  345  5e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  55.78 
 
 		 297 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  55.1 
 
 		 297 aa  339  4e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 297 aa  338  7e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  53.24 
 
 		 305 aa  334  9e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0883  LysR family transcriptional regulator  52.72 
 
 		 294 aa  332  3e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  53.58 
 
 		 299 aa  332  4e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 294 aa  332  5e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 294 aa  332  5e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 294 aa  332  5e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 294 aa  332  5e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 294 aa  332  5e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 294 aa  332  5e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1997  LysR family transcriptional regulator  54.61 
 
 		 298 aa  329  4e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4096  transcriptional regulator, LysR family  51.88 
 
 		 308 aa  322  4e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 323 aa  321  9.000000000000001e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  53.58 
 
 		 313 aa  321  9.000000000000001e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 294 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 294 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 294 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6823  LysR family transcriptional regulator  51.88 
 
 		 308 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 294 aa  318  7e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 294 aa  315  6e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 294 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  50.69 
 
 		 299 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0979  LysR family transcriptional regulator  51.54 
 
 		 307 aa  310  2e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0231  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 300 aa  303  3.0000000000000004e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 297 aa  298  9e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0401  transcriptional regulator, LysR family  50.51 
 
 		 299 aa  291  8e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0508531  normal  0.660201 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1711  transcriptional regulator, LysR family  48.81 
 
 		 300 aa  284  1.0000000000000001e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.530913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 297 aa  283  2.0000000000000002e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1454  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 296 aa  281  1e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.508797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 294 aa  278  6e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 296 aa  276  3e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 296 aa  276  4e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  43.92 
 
 		 305 aa  275  6e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 294 aa  275  8e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 294 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 294 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 294 aa  267  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 314 aa  246  4e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  43.25 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 344 aa  215  8e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.41 
 
 		 295 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 323 aa  209  5e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 307 aa  206  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  38.62 
 
 		 297 aa  205  8e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2367  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 312 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  32.65 
 
 		 289 aa  203  4e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 320 aa  202  4e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 289 aa  202  7e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 297 aa  201  9e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3454  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 310 aa  201  9e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  34.04 
 
 		 290 aa  201  9e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  33.33 
 
 		 288 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 289 aa  200  3e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  32.99 
 
 		 289 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 289 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 289 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 292 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 335 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4684  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 323 aa  197  1.0000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.52 
 
 		 305 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2286  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 291 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2545  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  32.64 
 
 		 289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0526  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 292 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 292 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 292 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3131  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 309 aa  196  4.0000000000000005e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 310 aa  196  4.0000000000000005e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2283  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.95602  normal  0.350255 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 303 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 293 aa  195  7e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 304 aa  195  7e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 299 aa  195  8.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 299 aa  195  8.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 292 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 305 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 305 aa  195  9e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 305 aa  195  9e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 295 aa  193  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 294 aa  192  4e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 293 aa  192  5e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>