57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3180 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3180  lipoprotein, putative  100 
 
 
207 aa  424  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.131862  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3046  hypothetical protein  90.34 
 
 
207 aa  391  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.796041  normal  0.0181531 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1444  hypothetical protein  37.68 
 
 
208 aa  135  5e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.753012  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6815  hypothetical protein  35.9 
 
 
215 aa  123  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655082  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2832  hypothetical protein  37.06 
 
 
183 aa  115  4e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.766034  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2579  hypothetical protein  35.53 
 
 
191 aa  111  9e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.621383 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3138  hypothetical protein  35.75 
 
 
176 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2578  hypothetical protein  35.75 
 
 
176 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.130696  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5803  hypothetical protein  37.04 
 
 
236 aa  101  7e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  1.07973e-05  hitchhiker  0.000892453 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5279  hypothetical protein  32.98 
 
 
233 aa  97.1  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0625  hypothetical protein  32.43 
 
 
240 aa  93.2  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435543  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3534  hypothetical protein  30.96 
 
 
253 aa  93.2  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0808039  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4001  hypothetical protein  32.4 
 
 
250 aa  92.8  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0710  protein of unknown function DUF330  34.08 
 
 
248 aa  92  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3287  hypothetical protein  33 
 
 
178 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.762664 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0710  hypothetical protein  32 
 
 
238 aa  90.1  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0677  hypothetical protein  32 
 
 
239 aa  90.1  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0204159  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2536  hypothetical protein  34.76 
 
 
233 aa  90.1  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0601  hypothetical protein  31.61 
 
 
242 aa  88.6  6e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.391552  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2126  putative lipoprotein  34.59 
 
 
233 aa  88.2  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0863972  normal  0.08915 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0226  hypothetical protein  31.43 
 
 
238 aa  86.3  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3798  hypothetical protein  30.86 
 
 
240 aa  85.1  8e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.860154  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2675  hypothetical protein  32.73 
 
 
243 aa  83.6  2e-15  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.681553  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44160  hypothetical protein  34.22 
 
 
192 aa  83.6  2e-15  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.266274  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2377  putative lipoprotein  31.43 
 
 
256 aa  83.2  3e-15  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0803735  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3375  putative lipoprotein  31.43 
 
 
252 aa  82.8  3e-15  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.203626  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3341  hypothetical protein  31.43 
 
 
239 aa  83.2  3e-15  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.376866  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1153  putative lipoprotein  31.43 
 
 
256 aa  83.2  3e-15  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3383  hypothetical protein  31.43 
 
 
256 aa  83.2  3e-15  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0291  putative lipoprotein  31.43 
 
 
252 aa  83.2  3e-15  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2560  putative lipoprotein  31.43 
 
 
252 aa  83.2  3e-15  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1267  hypothetical protein  31.84 
 
 
264 aa  81.6  7e-15  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0652  hypothetical protein  32.46 
 
 
196 aa  78.6  6e-14  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.049729  normal  0.69496 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2220  protein of unknown function DUF330  28.95 
 
 
197 aa  73.9  1e-12  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.2506e-07 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0578  hypothetical protein  31.25 
 
 
195 aa  73.6  2e-12  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.410916  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5507  hypothetical protein  31.32 
 
 
201 aa  73.9  2e-12  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0600  hypothetical protein  28.67 
 
 
211 aa  72.4  4e-12  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0442544  normal  0.826922 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2680  putative lipoprotein  33.75 
 
 
207 aa  70.9  1e-11  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.208689  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4087  hypothetical protein  25.97 
 
 
188 aa  70.9  1e-11  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00226644  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0516  protein of unknown function DUF330  26.42 
 
 
222 aa  70.1  2e-11  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2417  hypothetical protein  27.23 
 
 
204 aa  68.2  8e-11  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0242841  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2001  protein of unknown function DUF330  27.37 
 
 
196 aa  65.5  5e-10  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.142199  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0529  hypothetical protein  27.23 
 
 
222 aa  64.3  1e-09  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2892  protein of unknown function DUF330  29.93 
 
 
210 aa  62.4  5e-09  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.529816  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6349  hypothetical protein  26.8 
 
 
225 aa  57.4  1e-07  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.238642  normal  0.295075 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0256  hypothetical protein  27.56 
 
 
205 aa  57  2e-07  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3241  protein of unknown function DUF330  25.27 
 
 
199 aa  54.7  9e-07  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1569  hypothetical protein  24 
 
 
209 aa  54.3  1e-06  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.849012  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2634  hypothetical protein  23.65 
 
 
212 aa  53.1  2e-06  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3139  hypothetical protein  33.33 
 
 
200 aa  52.8  4e-06  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.260987  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0404  hypothetical protein  24.49 
 
 
203 aa  51.6  8e-06  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0041  protein of unknown function DUF330  30.43 
 
 
197 aa  51.2  1e-05  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0327  protein of unknown function DUF330  26.26 
 
 
204 aa  51.2  1e-05  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0364  putative lipoprotein  28.06 
 
 
201 aa  50.1  3e-05  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.14709  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0667  hypothetical protein  26.05 
 
 
211 aa  48.9  6e-05  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5821  hypothetical protein  26.32 
 
 
212 aa  43.5  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0514246  normal  0.606405 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2085  hypothetical protein  27.86 
 
 
184 aa  42.7  0.003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.839519  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>