More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3089 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3089  nickel ABC transporter, permease protein  100 
 
 
316 aa  619  1e-176  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.175953  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2959  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  96.52 
 
 
316 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18680  ABC transporter, inner membrane permease component  83.86 
 
 
318 aa  508  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.158207  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3222  ABC transporter, permease protein  80.06 
 
 
316 aa  498  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.31 
 
 
319 aa  358  7e-98  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34320  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  46.52 
 
 
316 aa  291  9e-78  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0646934 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0940  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.71 
 
 
338 aa  270  2.9999999999999997e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0444198 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.6 
 
 
315 aa  264  1e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.37 
 
 
319 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4175  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.37 
 
 
314 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.41 
 
 
321 aa  243  1.9999999999999999e-63  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.166437  normal  0.409342 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4828  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.34 
 
 
328 aa  243  3e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00770957  normal  0.0433123 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.09 
 
 
314 aa  240  2e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.41 
 
 
311 aa  224  2e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0364256  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.37 
 
 
314 aa  219  3.9999999999999997e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.2 
 
 
336 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.353707  normal  0.0409254 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1267  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.2 
 
 
336 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.2 
 
 
336 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.23 
 
 
312 aa  211  1e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.74 
 
 
319 aa  207  2e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4853  putative ABC transporter (permease protein)  39.81 
 
 
314 aa  206  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.370011 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.99 
 
 
316 aa  206  3e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.112233  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7203  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  39.02 
 
 
348 aa  206  4e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0566155  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7174  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  41.42 
 
 
314 aa  206  5e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.281542  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  38.19 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.19 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.819891  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.19 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.18 
 
 
306 aa  198  9e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
332 aa  197  2.0000000000000003e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.191743 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.81 
 
 
317 aa  196  3e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000398499 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.79 
 
 
319 aa  196  3e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.923467  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.35 
 
 
310 aa  196  5.000000000000001e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.122408 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1056  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.37 
 
 
315 aa  196  6e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.586464 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.1 
 
 
308 aa  194  2e-48  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.9 
 
 
329 aa  194  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0558965  normal  0.0907281 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.13 
 
 
324 aa  193  3e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2383  dipeptide ABC transporter  39.6 
 
 
323 aa  193  3e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.58 
 
 
345 aa  191  1e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1798  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.74 
 
 
306 aa  191  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.340847  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.87 
 
 
313 aa  191  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0803  nickel transporter permease NikB  37.62 
 
 
314 aa  190  2e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.226349  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.22 
 
 
306 aa  191  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0655426  normal  0.0792402 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.46 
 
 
316 aa  190  2e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.137804  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0753  nickel transporter permease NikB  37.62 
 
 
314 aa  189  5e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.62 
 
 
309 aa  189  7e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05560  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  41.27 
 
 
337 aa  188  8e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0332044  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
313 aa  188  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.81 
 
 
318 aa  187  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.22 
 
 
306 aa  188  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333133  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5290  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  36.16 
 
 
307 aa  186  3e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.728282  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3959  nickel transporter permease NikB  36.89 
 
 
314 aa  186  4e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03326  nickel transporter subunit  36.89 
 
 
314 aa  186  4e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03279  hypothetical protein  36.89 
 
 
314 aa  186  4e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0238  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  36.89 
 
 
314 aa  186  4e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3844  nickel transporter permease NikB  36.89 
 
 
314 aa  186  4e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0239  nickel transporter permease NikB  36.89 
 
 
314 aa  186  4e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3676  nickel transporter permease NikB  36.89 
 
 
314 aa  186  4e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3761  nickel transporter permease NikB  36.89 
 
 
314 aa  186  5e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
320 aa  186  5e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.663455  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4817  nickel transporter permease NikB  36.57 
 
 
314 aa  186  6e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  34.51 
 
 
336 aa  186  7e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0350  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  34.63 
 
 
310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5710  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.85 
 
 
313 aa  185  1.0000000000000001e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.50651  normal  0.713971 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3480  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.48 
 
 
313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.73 
 
 
316 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.66 
 
 
307 aa  183  3e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.089816 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
308 aa  182  4.0000000000000006e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.2 
 
 
318 aa  182  5.0000000000000004e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.589805  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4833  putative ABC transporter (permease protein)  37.09 
 
 
333 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.428785 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.91 
 
 
314 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0845824 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.96 
 
 
356 aa  181  1e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.4442 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  36.05 
 
 
314 aa  181  1e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1600  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  36.96 
 
 
313 aa  181  1e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0644  oligopeptide ABC transporter, permease protein  34.6 
 
 
314 aa  180  2e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  33.92 
 
 
336 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7614  nickel transporter permease NikB  37.42 
 
 
314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
315 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.15 
 
 
327 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303852  normal  0.27124 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  33.92 
 
 
336 aa  179  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
307 aa  179  4e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00227736  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.63 
 
 
336 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0330  nickel-transporting ATPase  34.51 
 
 
334 aa  179  4e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0802428 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.63 
 
 
336 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2531  ABC transporter permease  35.5 
 
 
330 aa  179  4.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.15 
 
 
327 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1299  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.67 
 
 
307 aa  179  4.999999999999999e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10735  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  33.63 
 
 
339 aa  179  5.999999999999999e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.42 
 
 
313 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1187  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
304 aa  179  5.999999999999999e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.127096  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  34.22 
 
 
336 aa  179  7e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  33.63 
 
 
336 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.42 
 
 
313 aa  178  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  33.63 
 
 
336 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6075  nickel transporter permease NikB  37.94 
 
 
319 aa  178  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.63 
 
 
336 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.33 
 
 
313 aa  178  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  33.63 
 
 
336 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.66 
 
 
317 aa  178  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.650589  normal  0.092891 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  33.63 
 
 
339 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>