More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3088 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3223  ABC transporter, periplasmic binding protein  73.23 
 
 		 539 aa  828    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.680403  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3088  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein, putative  100 
 
 		 542 aa  1107    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.118464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2958  extracellular solute-binding protein  91.16 
 
 		 543 aa  1012    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18670  extracellular solute-binding protein  74.21 
 
 		 587 aa  843    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3755  extracellular solute-binding protein  52.95 
 
 		 557 aa  524  1e-147  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2659  extracellular solute-binding protein  37.23 
 
 		 535 aa  319  7.999999999999999e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34340  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  37.33 
 
 		 562 aa  288  2e-76  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144528  normal  0.124622 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0295  extracellular solute-binding protein family 5  37.34 
 
 		 558 aa  275  1.0000000000000001e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0939  extracellular solute-binding protein family 5  35.34 
 
 		 532 aa  260  4e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0469  extracellular solute-binding protein family 5  34.22 
 
 		 554 aa  244  3e-63  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.232879  normal  0.208856 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34390  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  34.37 
 
 		 542 aa  238  2e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.256824  normal  0.563037 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3603  extracellular solute-binding protein family 5  32.36 
 
 		 542 aa  238  2e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3479  extracellular solute-binding protein family 5  32.25 
 
 		 541 aa  231  2e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2311  extracellular solute-binding protein family 5  30.16 
 
 		 562 aa  228  3e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.34367  normal  0.0804809 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0507  extracellular solute-binding protein family 5  31.95 
 
 		 537 aa  226  8e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0428  extracellular solute-binding protein family 5  30.73 
 
 		 537 aa  222  9.999999999999999e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0031  extracellular solute-binding protein family 5  31.35 
 
 		 547 aa  204  3e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.255435  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1057  extracellular solute-binding protein  32.33 
 
 		 557 aa  204  4e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.553694 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  32.1 
 
 		 551 aa  200  5e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7175  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  31.59 
 
 		 543 aa  197  4.0000000000000005e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4174  extracellular solute-binding protein family 5  31.24 
 
 		 545 aa  195  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2115  extracellular solute-binding protein  31.83 
 
 		 511 aa  195  2e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.435863  normal  0.188347 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0033  extracellular solute-binding protein family 5  32.99 
 
 		 547 aa  192  9e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3479  extracellular solute-binding protein  32.59 
 
 		 546 aa  190  5e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.116614  normal  0.0951056 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05550  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  33.66 
 
 		 550 aa  189  7e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.163393  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5184  ABC-type transporter, substrate binding protein  31.38 
 
 		 550 aa  190  7e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.532866  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3157  extracellular solute-binding protein  32.25 
 
 		 541 aa  187  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.821676 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4820  extracellular solute-binding protein  30.24 
 
 		 556 aa  187  4e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.161411 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2767  extracellular solute-binding protein  31.66 
 
 		 555 aa  187  5e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4456  extracellular solute-binding protein family 5  30.65 
 
 		 545 aa  184  3e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4854  putative ABC transporter (substrate binding protein)  30.06 
 
 		 554 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1599  extracellular solute-binding protein family 5  29.31 
 
 		 535 aa  176  8e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.525219 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4832  putative ABC transporter (substrate binding protein)  33.71 
 
 		 551 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264059  normal  0.92248 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6171  4-phytase  31.11 
 
 		 546 aa  171  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1266  extracellular solute-binding protein  31.11 
 
 		 546 aa  171  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.335203  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6565  extracellular solute-binding protein  31.11 
 
 		 546 aa  171  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0953437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2382  peptide ABC transporter  30 
 
 		 560 aa  169  9e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4320  extracellular solute-binding protein family 5  29.11 
 
 		 554 aa  168  2e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1779  extracellular solute-binding protein family 5  28.17 
 
 		 547 aa  162  1e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2749  extracellular solute-binding protein family 5  30.52 
 
 		 550 aa  162  2e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.954537  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0241  extracellular solute-binding protein family 5  30.19 
 
 		 551 aa  159  2e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.161576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12220  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.58 
 
 		 550 aa  157  4e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2530  putative ABC transporter  25.96 
 
 		 553 aa  153  7e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.745103 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3498  extracellular solute-binding protein family 5  28.71 
 
 		 560 aa  149  9e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.716688 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2033  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  27.34 
 
 		 530 aa  141  3e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2173  extracellular solute-binding protein family 5  24.96 
 
 		 544 aa  130  8.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2494  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  25.85 
 
 		 532 aa  128  2.0000000000000002e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0259695  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2543  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  25.85 
 
 		 532 aa  128  2.0000000000000002e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0657942  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  27.8 
 
 		 529 aa  128  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24440  extracellular solute-binding protein  26.8 
 
 		 601 aa  125  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0804  nickel ABC transporter, nickel-binding protein, putative  30.19 
 
 		 526 aa  125  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  30.1 
 
 		 562 aa  124  3e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0754  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  30.19 
 
 		 526 aa  125  3e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0218  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  27.37 
 
 		 559 aa  124  4e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0231  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  27.23 
 
 		 555 aa  124  4e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.38 
 
 		 396 aa  124  4e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.274162  normal  0.302095 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.02 
 
 		 575 aa  124  5e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.019765  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0241  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.23 
 
 		 575 aa  123  7e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0248  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  27.02 
 
 		 575 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  25.93 
 
 		 534 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  24.73 
 
 		 535 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0205  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.97 
 
 		 575 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  27.42 
 
 		 529 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0273  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  29.86 
 
 		 525 aa  121  3e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5080  oligopeptide-binding protein OppA  27.51 
 
 		 575 aa  120  6e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0245  oligopeptide-binding protein OppA  27.51 
 
 		 575 aa  120  7e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0551474  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1961  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.69 
 
 		 513 aa  120  9e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.386989 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  26.62 
 
 		 515 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3845  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 		 564 aa  119  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.267838  normal  0.0712114 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2372  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  25.83 
 
 		 532 aa  117  6.9999999999999995e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0266  extracellular solute-binding protein family 5  27.72 
 
 		 575 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  26.8 
 
 		 575 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0631  extracellular solute-binding protein family 5  26.23 
 
 		 631 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00116155  normal  0.250691 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0139  extracellular solute-binding protein  28.6 
 
 		 502 aa  115  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.184027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0208  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 		 575 aa  114  3e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  25.33 
 
 		 559 aa  114  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7613  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  26.74 
 
 		 526 aa  114  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  26.5 
 
 		 558 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0351  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  24.54 
 
 		 532 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4354  extracellular solute-binding protein family 5  27.72 
 
 		 497 aa  113  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148655  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  26.78 
 
 		 524 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  26.08 
 
 		 529 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  25.62 
 
 		 565 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3619  extracellular solute-binding protein  29.27 
 
 		 495 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.43082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6651  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 		 498 aa  111  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.45162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  25.74 
 
 		 516 aa  110  9.000000000000001e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2761  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  27.85 
 
 		 524 aa  110  9.000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0902479  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2017  extracellular solute-binding protein  25.67 
 
 		 523 aa  109  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0245155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.4 
 
 		 525 aa  109  1e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0584  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.89 
 
 		 528 aa  109  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.542939  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1771  extracellular solute-binding protein family 5  28.91 
 
 		 547 aa  109  1e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0816  extracellular solute-binding protein family 5  28.57 
 
 		 496 aa  109  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0887  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 496 aa  109  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.545524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.05 
 
 		 566 aa  109  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.70881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0207  extracellular solute-binding protein  25.98 
 
 		 567 aa  108  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  25.14 
 
 		 521 aa  108  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0402  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.44 
 
 		 528 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.882442  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0422  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.44 
 
 		 528 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537378  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4250  peptide ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.56 
 
 		 528 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.146199 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1030  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  25.22 
 
 		 534 aa  108  2e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.180664  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>