More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3076 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3076  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 193 aa  400  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2933  regulatory protein, TetR  90.67 
 
 		 193 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  63.02 
 
 		 193 aa  250  9.000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0962  TetR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 200 aa  216  2e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4221  TetR family transcriptional regulator  53.19 
 
 		 206 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.360052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1606  TetR family transcriptional regulator  52.66 
 
 		 206 aa  207  9e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0686792  normal  0.0717181 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5954  TetR family transcriptional regulator  52.13 
 
 		 206 aa  204  5e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.419182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3964  TetR family transcriptional regulator  52.13 
 
 		 206 aa  204  5e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4403  TetR family transcriptional regulator  52.13 
 
 		 206 aa  204  5e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1702  TetR family transcriptional regulator  53.48 
 
 		 311 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4292  TetR family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 206 aa  199  3e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3824  TetR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 206 aa  197  6e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.472754 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2231  TetR family transcriptional regulator  50.78 
 
 		 194 aa  193  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.558633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3100  putative transcriptional regulator  50 
 
 		 194 aa  191  4e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209779  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1408  TetR family transcriptional regulator  50.27 
 
 		 200 aa  189  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2293  TetR family transcriptional regulator  50.27 
 
 		 247 aa  189  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.887651  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1493  TetR family transcriptional regulator  50.27 
 
 		 200 aa  189  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1058  TetR family transcriptional regulator  50.27 
 
 		 200 aa  189  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0527  TetR family transcriptional regulator  50.27 
 
 		 200 aa  189  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.474473  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0974  TetR family transcriptional regulator  50.27 
 
 		 200 aa  189  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.543907  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0121  TetR family transcriptional regulator  50.27 
 
 		 200 aa  189  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36300  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 194 aa  188  5e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.564712  normal  0.0790295 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  49.2 
 
 		 200 aa  187  8e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0476  TetR family transcriptional regulator  47.94 
 
 		 196 aa  187  9e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.146337 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1100  TetR family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 194 aa  186  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0669836  normal  0.61487 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0287  TetR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 200 aa  186  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000147212 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0261  TetR family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 198 aa  184  7e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00036521 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3760  TetR family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 198 aa  184  7e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2475  TetR family transcriptional regulator  49.22 
 
 		 197 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000212819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0268  transcriptional regulator, TetR family  48.19 
 
 		 198 aa  180  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4395  transcriptional regulator, TetR family  46.6 
 
 		 196 aa  179  2e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.724029  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0162  TetR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 201 aa  179  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0262  TetR family transcriptional regulator  47.94 
 
 		 198 aa  179  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000117006 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0272  TetR family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 198 aa  178  4e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0264  TetR family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 198 aa  178  4e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0272  TetR family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 198 aa  178  4e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001314  transcriptional regulator  44.85 
 
 		 199 aa  177  9e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4468  TetR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 198 aa  176  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05195  transcriptional regulator  45.88 
 
 		 195 aa  175  3e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0378  TetR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 202 aa  175  4e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1201  transcription regulator protein  48.4 
 
 		 209 aa  174  5e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.871194 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0016  TetR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 206 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.951687  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1045  transcriptional regulator, TetR family  46.28 
 
 		 222 aa  170  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1388  regulatory protein, TetR  45.36 
 
 		 196 aa  170  1e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1137  transcriptional regulator, TetR family  45.74 
 
 		 209 aa  169  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13929  normal  0.961099 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1014  TetR family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 212 aa  151  5e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1351  TetR family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 212 aa  150  1e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009832  Spro_2203  TetR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 206 aa  146  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0627793  hitchhiker  0.000036044 
 
 
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NC_009524  PsycPRwf_1097  TetR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 196 aa  145  3e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1547  TetR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 199 aa  145  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.58457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1906  TetR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 199 aa  145  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1534  transcriptional regulator, TetR family  40.51 
 
 		 199 aa  145  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.239413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1737  transcriptional regulator, TetR family  40.51 
 
 		 199 aa  145  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.151738  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1607  TetR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 199 aa  145  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2564  TetR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 199 aa  142  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000186036  normal  1 
 
 
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NC_009708  YpsIP31758_1763  TetR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 199 aa  142  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139552  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1872  TetR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 199 aa  142  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0047199  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1991  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 199 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000115862  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1841  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 199 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.170954  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1980  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 199 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00264568  hitchhiker  0.00106159 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1726  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 199 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.716564  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1549  TetR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 199 aa  137  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2361  transcriptional regulator, TetR family  39.49 
 
 		 199 aa  137  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000141293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1860  TetR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 199 aa  136  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0204447  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1797  TetR family transcriptional regulator  39.89 
 
 		 199 aa  135  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0497705  normal  0.0268872 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1242  transcriptional regulator, TetR-family  38.22 
 
 		 190 aa  132  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01619  predicted DNA-binding transcriptional regulator  41.42 
 
 		 171 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000798557  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01609  hypothetical protein  41.42 
 
 		 171 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000476829  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3088  transcriptional regulator of TetR family protein  36.87 
 
 		 198 aa  109  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.119848 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1025  transcriptional regulator, TetR family  31.91 
 
 		 192 aa  100  1e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 215 aa  96.3  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0064  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 210 aa  95.9  4e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 196 aa  93.6  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0208  TetR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 191 aa  88.6  5e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 196 aa  86.3  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4743  TetR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 212 aa  84.3  9e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5288  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 186 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  33.15 
 
 		 193 aa  83.2  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5462  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 212 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1980  transcriptional regulator, TetR family  28.96 
 
 		 206 aa  83.6  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5400  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 212 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00236367 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0316  TetR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 176 aa  82.8  0.000000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0809  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 		 214 aa  82.4  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 212 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4778  transcriptional regulator, TetR family  27 
 
 		 227 aa  82  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0545614  normal  1 
 
 
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NC_010515  Bcenmc03_4870  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 186 aa  81.6  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.318456  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25370  Transcriptional regulatory protein, TetR  31.33 
 
 		 209 aa  81.3  0.000000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3438  transcriptional regulator, TetR family  25.95 
 
 		 190 aa  81.3  0.000000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.547681  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3409  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 212 aa  80.1  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012560  Avin_18450  transcriptional regulator, TetR family  32.12 
 
 		 179 aa  80.1  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011369  Rleg2_0480  transcriptional regulator, TetR family  32.96 
 
 		 205 aa  79.3  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.318214 
 
 
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NC_007005  Psyr_2754  regulatory protein, TetR  28.25 
 
 		 219 aa  79  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.396057  normal  0.0231562 
 
 
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NC_007298  Daro_1527  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 212 aa  79  0.00000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009439  Pmen_0971  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 200 aa  77.8  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.325702 
 
 
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NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 190 aa  77.8  0.00000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007493  RSP_1435  TetR family regulatory protein  33.14 
 
 		 219 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009049  Rsph17029_0083  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 219 aa  77  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.201393  normal  1 
 
 
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NC_008463  PA14_53410  transcriptional regulator  29.1 
 
 		 196 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.733487  normal  0.037637 
 
 
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NC_013422  Hneap_1603  transcriptional regulator, TetR family  28.74 
 
 		 213 aa  75.1  0.0000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009656  PSPA7_4681  transcriptional regulator  29.17 
 
 		 196 aa  74.7  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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